氨基酸序列同源性分析-技术前沿-新闻中心-国家标准物质网
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氨基酸序列同源性分析
【来源/作者】王杰 【更新日期】 10:51:14
进行序列同源性比较，是为了评估新表达蛋白质的结构与已知致敏原结构相似的程度。这一信息将提示该蛋白质是否具有潜在致敏性。应搜索比较所有新表达蛋白质的结构与所有已知致敏原结构的序列同源性。
在搜寻中应使用不同的运算法则，例如：FASTA或BLASTP，以预测所有结构上的相似之处。对邻近的相同氨基酸片段进行逐步搜寻的策略，也可用于确定代表线性抗原表位的序列。邻近氨基酸的搜寻规模应以科学原理为依据，为了最终减少假阴性或假阳性结果①。应采用已经经过认证的搜寻和评估程序，以产生有生物学意义的结果。如果在一个含80个或更多的氨基酸片段中，新表达的蛋白质与已知的致敏原之间有相同氨基酸的比率高于35％(FAO／WHO 2001)，或符合其他科学上合理的标准，就有可能发生IgE交叉反应。应报告在比较新表达的蛋白质与已知致敏原在序列同源性中所获得的信息，以便进行科学的个案评估。序列同源性的搜寻有一定局限性。尤其是这种对比仅限于公共数据库和科学文献中已知的致敏原序列。这种比较对发现能与IgE抗体特异结合的非邻近抗原表位的能力有很大限制。序列同源性阴性，提示新表达的蛋白质不是已知的致敏原，而且与已知的致敏原也不太可能产生交叉反应。如果结果显示不存在明显的序列同源性，该结果就应随同其他评估新表达蛋白质致敏可能性的策略中列出的数据一起考虑。如适当，还应进一步研究(第4条款和第5条款)。序列同源性阳性则提示新表达的蛋白质有可能会引起过敏。如果要进一步考虑该产品，应使用经过鉴定的对该致敏原过敏者的血清进行评估。
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同源性比对！！！
如题，我在那次比上面找到9个同种不同属的某段基因，用megalign进行比对保守序列，但是9个居然都没有相似序列产生，随后将此转化为氨基酸序列比对，还是找不到。请高手指点……，不吝赐教。
补充：序列没有问题。
我在“那次比”是NCBI.笔误无怪！:sweat: 你是比对的同一基因或者是同一基因家族的相同的序列片段吗？ 把基因序列贴出来看看吧。 : Originally posted by robustli at
你是比对的同一基因或者是同一基因家族的相同的序列片段吗？ 是的，全序列，13700BP。
var cpro_id = 'u1216994';
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E-mail： & QQ：8835100内源性氨基酸的含量测定 - 药学 - 小木虫 - 学术 科研 第一站
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内源性氨基酸的含量测定
本人做血浆中内源性氨基酸的含量测定，用液质的方法，没有衍生化，但是不知道线性怎么做，没有空白基质，而且存在基质效应，有这方面经验的请帮忙解答一下，大恩不言谢。
可以采用模拟血浆进行检测，用模拟血浆进行线性和质控的分析。模拟血浆的提取回收率要与真实血浆的提取回收率接近才行。模拟血浆的成分为：文献报道有用3%牛血清白蛋白的生理盐水作为人替代血浆的 基质效应最好得消除，以免影响测定，绝对基质效应应在85~115%之间 : Originally posted by zhangxuan200 at
可以采用模拟血浆进行检测，用模拟血浆进行线性和质控的分析。模拟血浆的提取回收率要与真实血浆的提取回收率接近才行。模拟血浆的成分为：文献报道有用3%牛血清白蛋白的生理盐水作为人替代血浆的 请问您看到的相关文献是中文还是英文的，希望帮我提供一下文献，我自己也会查一下的，谢谢:hand: 姜浩，江骥，胡蓓，等． HPLC/MS /MS 法测定人血浆中内源性
脲嘧啶及二氢脲嘧啶［J］． 药学学报， ) : 854 －858．
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The results showed that in comparison with the reported L1 sequence,the nucleotide sequence homology of the cloned L1 gene was from 99.20%～99.93%,while its putative amino acid sequence homology was as high as 99.80%～100%.
所克隆的L1基因与报道的相应核苷酸序列同源性为99.20%~99.93%,氨基酸序列同源性高达99.80%~100%。
Sequence analysis of positive clone showed that the nucleotide sequence homology of PStV-Hongan shared 94.6~98.8%,amino acid sequence homology shared 96.2~99.3% with other PStV strains.
该株系cp与PStV其它株系核苷酸序列同源性为94.6%-98.8%,氨基酸序列同源性为96.2%-99.3%。
Sequence analysis indicated that there is more than 94% nucleotide homology with TS、HN2002、TFI、96-133、Purdue、 Purdue-115、PUR46-MAD、 FS772/70 and TOM strains of TGEV. The amino acid sequence homology was not less than 91% which indicated that the M gene conservatism was very high between different TGEV isolated strains.
序列分析显示SC-Y株与GenBank中登录的TS、TFI、Purdue、Purdue-115、PUR46-MAD、96-133、HN2002、FS772／70、TO14株M基因核苷酸序列同源性达94％以上，氨基酸序列同源性达91％以上，表明不同毒株M基因保守性较高。
Comparison of the homologies of the 3ABC genes showed that there was 97% nucleotide sequences homology and 96.3% deduced amino acid sequence homology between FMDV/O/CC strain and TW/99 strain.
核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性比较发现 ,FMDV/ O/ CC株和 FMDV/O/ TW/ 99株 3 ABC基因亲缘关系密切。 核苷酸同源性为 97% ,推导氨基酸序列同源性为96.3 %。
The cDNA sequence homology and amino acid sequence homology is 84.23% and 88.89% respectively compared with the PPO5 gene of Anopheles gambiae.
Ad PPO与冈比亚按蚊 PPO5基因的核酸和氨基酸序列同源性分别达 84 .2 3%和 88.89%。
Strain C9001 shared 86.4 %-99.8 % nucleotide homology and 88.0 %-99.8 % amino acid homology with other strains.
C9001株与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86.4%～99.8%之间,氨基酸序列同源性在88.0%～99.8%之间。
The VP7 gene shared a higher nucleotide and amino acid homology with the porcine G5 strain C134 (88.6% and 95.2%, respectively) and the human G5 strain MCR% and 94% respectively ).
该毒株与猪的G5型C134毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88·6%和95·4%,与非洲发现的人的G5型毒株MRC3105核苷酸和氨基酸的同源性为89·9%和94%,与巴西发现的IAL-28毒株核苷酸和氨基酸的同源性为87·2%和93·3%。
The amino acid homology among Ch
T21 and Ch
T40 was 100%.
Ch T11、Ch T2 1、Ch T4 0与其它HEV株相应氨基酸序列同源性在 95.8 97.9% ,它们之间的氨基酸同源性则为 10 0 %。
The nucleotide homology of UL49 gene between Bartha_K61 and Kaplan and Ea strain was 98.9 % and 94.1 %,respectively. The deduced amino acid homology of UL49 gene was 96.7 % and 87.2%,respectively.
同源性分析显示,PRVBartha_K61株UL49基因序列与国外Kaplan株、国内Ea株相应基因的核苷酸同源性分别为98.9%和94.1%,推导的氨基酸序列同源性分别为96.7%和87.2%。
The homologies of the sxDuIFN-α, DuIFN-α in GenBank and BDIFN-α nucleotide sequences were 99.3% and 99.1%, respectively, and amino acid homology was 97.9% among them.
该基因与GenBank公布的鸭α干扰素基因(X84764,AB128861)的核苷酸序列同源性分别为99.3%和99.1%,氨基酸序列同源性均为97.9%。
The PfSSP2 antigens of P.falciparum isolates FCC1/HN, 3D7, DD2, FCR3, HB3A, K1, Thai814, Thai838, Thai842, Thai947 and 7G8 exhibited 33 amino acid substitutions and 1 region of amino acid additions, with over 95.7% homology in the overall amino acid sequences.
序列分析表明,我国恶性疟原虫FCC1/HN株与国外的3D7、DD2、FCR3、HB3A、K1、Thai814、Thai838、Thai842、Thai947及7G8株PfSSP2的氨基酸序列在33个位点存在氨基酸替代,1处氨基酸序列增加; 各株间PfSSP2的氨基酸序列同源性都在95.7%以上。
Results The homologies of nucleotide sequences of amplified flhA,flhB_2 and fliR genes to those reported were 100%,99.9% and 99.9%,and those of the deduced amino acid sequences were 100%,100% and 99.8%,respectively.
结果问号钩体56601株flhA、flhB2和fliR基因扩增片段的核苷酸序列与报道的相应序列同源性分别为100%、99·9%和99·9%,氨基酸序列同源性分别为100%、99·8%和100%。
Both the nucleotide and amino acid sequences identities of UL31 and UL32 genes of PRV Ea strain and PRV Ka strain are more than 98.2%, whereas the amino acid identities of UL33 and UL34 genes are 95.7% and 94.8%, respectively.
PRV Ea株UL31和UL32基因与PRV Ka株核苷酸与氨基酸序列同源性都很高,在98%以上; 而UL33和UL34基因与Ka株的氨基酸序列同源性较低,分别为95.7%和94.8%。
The comparison of the gene with white-tailed deer and red deer PrP gene revealed that the homogeneity of their nucleotide and putative amino acid sequences were 97.4 % and 97.9 %, as well as 98.1 % and 97.7 %, respectively.
与白尾鹿(Odocoileusvirginianus)和麋鹿(Cervuselaphus)的PrP基因相比,其核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性分别为97.4%、97.9%和98.1%、97.7%。
The homology of the deduced amino acid sequences were 98.9%, 94.1% and ~93.7% , correspondingly.
相应的氨基酸序列同源性分别为98.9%、94.1%、93.7%。
The nucleotide sequence identity of Loop1 region between the isolated strain and CLL, RI261 and Toronto A26/61 strains is 100%, 100% and 83.8%, and the nucleotide sequence identity of Loop2 region between the isolated strain and CLL, RI261 and Toronto A26/61 strains is 88.1% , 88.1% and 99.3%, and amino acid identity is 93.6%, 93.6% and 98.6%.
Loop2与CLL株、RI261株和Toronto A26/61株核苷酸序列同源性分别为88.1%、88.1%和99.3%,推导的氨基酸序列同源性分别为93.6%、93.6%和98.6%。
The results showed that the nucleotide sequence identity of ORF3a gene between D971 and CU-T2,D1466,DE072,M41,GA/99,UK/66 is from 83% to 89% and amino acid identity is from 77% to 91%,the nucleotide sequence identity of ORF 3b gene between D971 and the above six strains is from 85% to 95% and amino acid identity is from 72% to 96%.
与国内外部分 IBV毒株序列比较表明 :D9713a基因与 CU- T2、D14 6 6、DE0 72、M4 1、GA/99和 UK/6 6的 3a基因核苷酸序列同源性在 83%～ 89%之间 ,氨基酸序列同源性为 77%～ 91% ,其中与 CU- T2毒株的同源性最低 (分别为 83%和 77% ) ;
There was 93%, 93%, 94% and 96% nucleotide identity over the entire genome between SMV-HZ and SMV G2, G7, N, Y5 respectively, and the amino acid identity over the ORF between them was 97%, 96%, 98% and 98%.
SMV-HZ与G2、G7、N和Y5的基因组核苷酸全序列同源性分别为93％、93％、94％和96％，编码的多聚蛋白氨基酸序列同源性分别为97％、96％、98％和98％。
The deduced goose IFN protein share amino acid identity with duck IFN protein,93.72 % homology with duck IFN-α,93.29?
氨基酸序列同源性分别为IFN_α93.72%I、FN_γ93.29%。
The ORF1 of the cloned genomes shared more than 97.8% nucleotide identities and more than 98.0% deduced amino acid identities with other PCV-2 isolates, while the ORF2 has 90%～98% nucleotide sequence identity and 87%～99.1% amino acid identity.
ORF1的核苷酸同源性高达 97 8%以上 ,氨基酸同源性大于 98% ; ORF2的核苷酸同源性较低 ,为 90 %～ 98%不等 ,推导的氨基酸序列同源性介于 87%～ 99 1%。
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【求助/交流】人的同源性
哪种动物与人类的同源性最接近？牛，猪，大鼠还是？
猩猩科，黑猩猩属，黑猩猩吧
有些人都主张把黑猩猩划到人科，人属里面 除了大猩猩这类的之外，牛，猪，大鼠这三种哪个与人类同源性最接近？ 我感觉，与人的同源性顺序应该是：牛>猪>大鼠 当然是类人猿啊，这是人类最近的朋友。 这个应该不能单单从一点来比较吧！ 可以根据血红蛋白的氨基酸序列相似度来比较，也可以从抗原方面来比较，也可以从大脑的结构来比较。 我做过肌细胞生成素基因的序列分析，小鼠（大鼠也差不多吧？）与人的最近
另外，一般说起哺乳纲动物分目，灵长目与啮齿目挨得比较近，比较靠前，偶蹄目一般在最后（PS：这个理由极其不充分） 这个可以根据基因序列的同源性来比较，常用于选择的序列是线粒体完全基因组，序列对比的软件也很多，可以构成系统发生树，这样就可以得出它们之间的进化距离了 其实是猪最近！！ 猪是比较近的。 应该是大鼠>猪>牛吧，自己感觉，呵呵！ 也就是说大鼠和人最接近？ 没开玩笑
真的是猪 现在很多临床用新药开发都是用小型猪做的实验动物，就是因为猪在生理生化等各项指标上与人最相近，比起大小鼠有显著优越性
而且临床上的烧伤病人的植皮开始使用小猪皮，移植成功率较高且成本低，来源不受限制，已经被推广使用 Originally posted by 暮寒 at
现在很多临床用新药开发都是用小型猪做的实验动物，就是因为猪在生理生化等各项指标上与人最相近，比起大小鼠有显著优越性
而且临床上的烧伤病人的植皮开始使用小猪皮，移植成功率较高且成本低，来源不受限制， ... 哈哈哈，谢谢！！
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