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关于在目的基因片段中插入内含子的问题
我想将一个真菌的A基因内含子B完整插入C基因中（也是此真菌含有的），观察内含子对C的影响，我想请教虫友们，在C基因转录成mRNA时，这个内含子B会被正常的剪切掉吗？还是变成了mRNA？
Splicing是一个很复杂的过程，受到多方面因素的调节：除了众多参与的splicing factor之外，还有本身的顺序结构。特别包括Splicing regulatory element (SRE) 等。SRE又根据所在位置不同包括两大类：外显子中的——exonic splicing enhancers (ESEs), exonic splicing silencers (ESSs)；内含子中的 intronic splicing enhancers (ISEs), intronic splicing silencers (ISSs)。
你的情况无法下结论。但感觉很可能不被剪接而成为成熟mRNA的一部分了。最终要等到你试了才知道。 这样的事情很难说，内含子的切除不仅与DNA序列有关，而且与splicing蛋白质和调控的splicing蛋白质的反式因子也有关系。内含子的切除是在RNA水平，intron是转录出来在RNA前体中，但是在RNA成熟过程中被切掉了的核苷酸序列及其对应的脱氧核苷酸序列，不是根本不转录的DNA序列！所以，intron是否会被切除与RNA前体的三维空间结构也同样密切相关。
楼主可以有两个方法解决问题：
1.用生物信息学方法就行基因注释，预测内含子。
预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站
具体请参见：
薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组DNA序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html&&的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html&&,PromoterScan（启动子区域预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan&&的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net&&下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org&&进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org&&.
生物信息学参考书：
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank
下载后即可阅读。
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版）
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank
下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。
楼主可以用BioEdit或者DNAstar进行ORF预测。
启动BioEdit，选择File--&Open...,打开所要分析的DNA序列文件（碱基序列），如果不知道你的DNA序列文件（碱基序列）是哪一种格式，则选择对话框中&All Files&，BioEdit能够自动转换为其作支持的文件格式，但是有时可能有异常，建议DNA序列文件（碱基序列)使用FASTA格式。而后点击文件名称（对话框左边的你的DNA序列文件（碱基序列）的自取名字），选择Edit----&Search----&Find Next ORF,搜索时根据菜单上的Options----&Prefernce----&ORFs，设定起始密码子、终止密码子，order letter codes 等参数，搜索出来ORF后，选择Sequence-----&Nucleic Acids----&Translate -----&Selection,程序会将翻译出的DNA序列标注上氨基酸，成为蛋白质序列。然后通过选择复制，把获得的文件保存下来。
至于格式转换，DNAstar就能够进行文件格式转换。
预测ORF时结合上面写的：GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html&&的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html&&,PromoterScan（启动子区域i预
测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan&&的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net&&下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org&&进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org&&.这部分参见：薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，
DNAstar也可以进行ORF预测，具体请见网上的DNAstar软件使用说明。
用BioEdit或者DNAstar进行ORF预测。
启动BioEdit，选择File--&Open...,打开所要分析的DNA序列文件（碱基序列），如果不知道你的DNA序列文件（碱基序列）是哪一种格式，则选择对话框中&All Files&，BioEdit能够自动转换为其作支持的文件格式，但是有时可能有异常，建议DNA序列文件（碱基序列)使用FASTA格式。而后点击文件名称（对话框左边的你的DNA序列文件（碱基序列）的自取名字），选择Edit----&Search----&Find Next ORF,搜索时根据菜单上的Options----&Prefernce----&ORFs，设定起始密码子、终止密码子，order letter codes 等参数，搜索出来ORF后，选择Sequence-----&Nucleic Acids----&Translate -----&Selection,程序会将翻译出的DNA序列标注上氨基酸，成为蛋白质序列。然后通过选择复制，把获得的文件保存下来。
至于格式转换，DNAstar就能够进行文件格式转换。
预测ORF时结合下面操作：GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html&&的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html&&,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan&&的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net&&下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org&&进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org&&.这部分湘江：薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，
DNAstar也可以进行ORF预测，具体请见网上的DNAstar软件使用说明。
DNAstar中的SeqMan软件包也可以用于序列拼接。启动：DNAstar中的SeqMan，选择File---&New，建立一个新文件，在Unassembled Sequences窗口，既然要拼接DNA序列，肯定不止一个文件，把它们都建在在Unassembled Sequences窗口下的大的对话框里，自己对每一个文件七个文件名。然后选择窗口上端的“add Sequence”按键，选择要拼接的各个文件，或者就选Add All键。窗口上有个&Trim Ends&，点击打开，拉下菜单，在里面选项里选择一些优化的选项选择严谨度。退出对话框，再点击Unassembled Sequences窗口右边的Options按键，打开Options菜单，显示转配前的全部选择一览表，单击Scan All，可以自行根据对话框内的各种提示调整设定或者使用默认设定，为调整好的话，程序会有提示。设定好之后退出Options菜单，返回Unassembled Sequences窗口界面，点击左上角的Assemble按键，Unassembled Sequences窗口立即消失，报告窗口会显示装配进度。
拼装完毕后，点击Contig----&Alignment View观看信息，在Alignment of&&Contig窗口中。
如果输入的序列信息DNAstar无法识别，可以用DNAstar的文件转换功能转换文件格式后再拼接序列。
具体操作可以参考网上的最新版本的DNAstar程序与对应软件说明。
不过到底预测能够有准确，就不好说了。:D:D:D
2.简单得多的方法：表达出mRNA，用凝胶电泳和质谱测定分子量，对比一下可能有内含子和没有内含子的mRNA序列的情况。这样很容易解决问题，对比翻译出来的内含子和没有内含子的mRNA的序列对应的肽序列也可以。:P : Originally posted by 凌波丽 at
这样的事情很难说，内含子的切除不仅与DNA序列有关，而且与splicing蛋白质和调控的splicing蛋白质的反式因子也有关系。内含子的切除是在RNA水平，intron是转录出来在RNA前体中，但是在RNA成熟过程中被切掉了的核苷酸 ... 对于您的回复，我还有一些疑惑，一是，i我之前大致看了些intron切除原理，我插入的内含子两端符合GU-AG规则，而且又是同种菌，识别机制会变化吗？您说的其与三维结构有关，能给我些资料吗？我不太清楚如何查找相关内容。
二是，表达出RNA不稳定，我能不能反转成cDNA，通过PCR，跑胶测定我的插入后的RNA与之前的有无差异？感谢您的回复~:) : Originally posted by ssssllllnnnn at
Splicing是一个很复杂的过程，受到多方面因素的调节：除了众多参与的splicing factor之外，还有本身的顺序结构。特别包括Splicing regulatory element (SRE) 等。SRE又根据所在位置不同包括两大类：外显子中的——e ... 按照您的意思，我插入的是完整的内含子片段增长了C基因的顺序结构，是会影响到我的C基因转录成熟RNA的过程，尤其是RNA剪接对吗？ : Originally posted by 两点小雨 at
按照您的意思，我插入的是完整的内含子片段增长了C基因的顺序结构，是会影响到我的C基因转录成熟RNA的过程，尤其是RNA剪接对吗？... 我不知道，要看拼接部位顺序等。我怀疑不会被剪接，而直接成为最终产物。
鉴别方法很简单,就用普通RT-PCR便可：
引物位于原来C基因两段，同样也在“新C基因两侧”，比较RT-PCR大小就行了。有三种可能：1、一种产物、不被剪接：C-B-C；2、一种产物、被剪接：C；3、两种产物、剪接与不剪接同时存在：C、C-B-C。当然也可能出现新的剪接类型。
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求助：想知道一段基因中的内含子和外显子
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这个帖子发布于8年零74天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
RT，想知道一段pre－mRNA中的内含子和外显子，应该怎么检索或者用什么软件分析，谢谢各位大虾
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Ensembl里头homo的intron/exon
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谢谢楼上的，我打开了Ensembl主页，但是并没有找到你说的那个homo，能否给个链接呢？thx very much
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Blat和Sim4,其它的也挺多的.
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GENSCAN软件是由Chris Burge（research group of Samuel Karlin, Department of Mathematics, Stanford University）开发的。主要用于预测多种生物体基因组序列上的完整基因的结构，包括内含子、外显子及其位置。 biosino为此软件开发了ＷＥＢ界面，以方便使用。
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关于丁香园一个基因可以编码多个蛋白
　　除了我们在原核生物中提到的重叠基因外，一般认为一个编码区产生一种特定的多肽或蛋白质。但我们也知道，在真核生物中，一个编码区包括多个内含子和外显子，一般情况下，在断裂基因初级转录本的剪接中，总是把所有的内含子剪掉，然后将外显子依次地连接起来。因此，一种断裂基因只能产生一种成熟的mRNA，合成一种多肽。但后来发现许多断裂基因在其转录本剪接中，通过不同的剪接方式从一个基因产生多种不同的多肽或蛋白质。生物体通过这种选择性剪接(alternative
splicing)来调控基因的表达，产生不同的蛋白质以适应不同的环境需要。
　　选择性剪接的原理是这样的：在某个组织里是利用某些外显子，而在另一组织里，可能选择另外一些外显子来组成成熟的mRNA，或者，某些内含子并不剔除而是被当作外显子，这样就可能产生了完全不同的mRNA和蛋白质，甚至打破了内含子与外显子的界定，从而产生不同的蛋白质。选择性剪接实际上是在内含子/外显子水平上对基因表达的调控。
　　大部分高等真核基因通过这种选择性剪接方式产生多种蛋白质，例如在小鼠淀粉酶基因(amylase gene)中有两个启动子，其间相隔约2850bp，以及4个外显子。在唾腺(salivary gland)细胞中，第一个启动子被使用，在最终转录物(mRNA)中，外显子L被剪切掉，留下S、2和3三个外显子。然而在肝(liver)细胞中，使用的是第二个启动子，因而外显子S与被排除在外，结果肝细胞中的mRNA含有L、2和3三个外显子(图7-13)。
图7-18 小鼠淀粉酶在不同组织中mRNA的选择性剪接
　选择性剪接也可以利用同一个启动子产生两种不同的蛋白质。例如大鼠肌细胞中两种不同形式肌钙蛋白T(troponin
T)α，β的产生就是如此。基因中有5个外显子，但在每种肌钙蛋白中仅含有其中的4个(图7-14)。
图7-19　肌钙蛋白T基因的选择性剪接
　　那么RNA是怎样进行选择性剪接的呢？不同剪切位点的选择是由于一些组织或基因特异的蛋白结合到正在延伸的RNA转录物上，从而为新的mRNA转录本选择了特异的剪切连接方式。这种蛋白(SR蛋白)是以组织非常特异的方式表达的，如在某些组织里是完全缺乏的，而在另一些组织里却是大量表达的。
　　通过选择性剪接可产生多种不同的多肽，这打破了"一个基因，一条多肽"，"一个顺反子，一条多肽"的概念。这种调控方式调控的不是哪个基因表达或不表达，而是一个基因中的哪些外显子表达。这样，基因里有基因，基因本身变化基因，使得基因的定义变得似是而非，这又使我们回到了从前的疑惑：基因到底应该怎样定义?
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以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。生物 内含子和外显子是由碱基构成的吗？_百度知道
生物 内含子和外显子是由碱基构成的吗？
我有更好的答案
DNA上的内含子会被转录到前体RNA中，脱氧核糖核甘酸结构包括碱基。所以他们是由脱氧核糖核甘酸组成，但RNA上的内含子会在RNA离开细胞核进行转译前被剪除，在成熟mRNA被保留下来的基因部分被称为外显子含子和外显子都是基因（DNA序列）
内含子 和外显子都是具有遗传效应的DNA片段吗？
非编码区和内含子是基因基因是有遗传效应的DNA片断所谓遗传效应就是对蛋白质合成有直接或间接影响具有转录各类RNA对基因表达由直接间接影响的部分，有遗传效应的DNA片段包括能够直接指导或间接调控蛋白质合成的碱基序列。因此但是无论是非编码区还是编码区对于生物性状的正常表达来说都是不可或缺的，因此都是基因的一部分，也就都有遗传效应。
是，它们都是dna的组成，都是基因的部分
外显子是基因组DNA中出现在成熟RNA分子上的序列。外显子被内含子隔开，转录后经过加工被连接在一起，生成成熟的RNA分子。信使核糖核酸(mRNA)所携带的信息参与指定蛋白质产物的氨基酸排列。 内含子是真核生物细胞DNA中的间插序列。这些序列被转录在前体RNA中，经过剪接被去除，最终不存在于成熟RNA分子中。内含子和外显子的交替排列构成了割裂基因。在前体RNA中的内含子常被称作“间插序列”。
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出门在外也不愁哪位高手知道选择性剪接中的内含子保留和外显子遗漏,.._百度作业帮
哪位高手知道选择性剪接中的内含子保留和外显子遗漏,..
参考：朱玉贤,李毅,郑晓峰.现代分子生物学(第三版)[M].高等教育出版社.2007.第97页.}