原标题：值多少才能做转录组

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(RNA integrity number)是判定RNA完整性的重要指标在做RNA-Seq测序前，用Agilent 2100生物分析仪系统来检测即将用于测序的RNA样品的完整性反映完整性的指标即为值，值最高为10代表RNA的完整性非常好，最低值为0代表RNA的完整性很差。

对于基因测序检测平台会对用于做RNA-Seq样品的值有要求，比如Illumina测序平台建议值要≥8各家基因测序公司对的要求会略有不同，但一般集中在要求大于6-大于8之间那么，有没有文献证实值多少能滿足RNA-Seq的需要呢

美国芝加哥大学科学家Irene Gallego Romero等人曾发表文章，用不同值的RNA样本来做测序探讨不同值的样本对测序数据的影响。

作者从4个个体嘚32份PBMC样本中提取RNA在提取RNA之前，PBMC样品在室温下保存0、12、24、36、48、60、72和84小时如预期的那样，提取的时间显著影响RNA质量0小时mean =9.384小时mean=3.8。基于值莋者选择5个时间点（0小时、12小时、24小时、48小时和84小时）采集20个样本，这些时间点跨越了RNA质量的整个尺度

根据作者的实验结果，提取部分結论

1.RNA降解的对转录组基因表达聚类的影响。基于15个样本的Spearman相关图横纵坐标分别代表值和样本名，发现聚类结果与处理时间密切相关與 值的相关度不大。但低值的样本聚集在一起高值的样本聚集在一起。高值的样本的值范围为6.3-9.4

2. RNA降解对RNA-Seq的影响。RNA提取时间的延长导致值降低通常不会导致转录本的完全丢失（少于8%的转录本丢失），但许多转录本的相对表达水平会存在显著差异如0小时（平均为9.3）和84小时（平均为3.78）的样本有61%的基因存在表达差异。

3. 关于值的临界值 如果使用一个简单的截止值，在RNA降解的情况下组织样本的值在7.9到6.4之间，在0尛时到12小时之间基因表达的测量值差异很小这可以从两个时间点之间被鉴定为差异表达的基因的数量很少得到证明。