口袋妖怪三周目玩家需要返回未皛镇来到小镇挑战赤爷和小健。接下来玩家将挑战捕获各种神兽然后冲浪来到联盟挑战，挑战联盟后玩家三周目就结束了

来到未白鎮，往右边走3周目正式开始。

来到新大陆往前走进入个小镇

左边是赤爷，右边的是小健没什么用，就是刷级的

继续向前走。注那男的是看个体和努力的。

与兰斯对话后进入对战兰斯的精灵：60级的双弹瓦斯和阿伯怪，还有65的多刺菊石兽and狡猾天狗

打败兰斯后可捕捉70级的X神。

回到刚刚的小镇往右走来到沙漠。

沙漠可是个刷防御的好地方但要小心三地鼠，它是加速度的

继续在沙漠中潜行然后发現银河团，进入上面洞穴

镇星精灵：62的叉字蝠和海牛兽，65的电击魔兽68的毒骷蛙。

打败他后可捕捉70级的Y神

然后再向下走出洞来到另一個小镇。

然后向下走发现火箭队。

坂木精灵：85级的超铁暴龙和烈咬陆鲨87级的尼多王，88级的天蝎王和流氓鳄以及90级的黑暗裂空座。

打敗后可捕捉黑暗裂空座

出来后向右走，先别管研究所向再向右边走看到下方有句向下走来到和平镇

左边的房子里睡觉可捕50的达克莱伊，右边的可捕50的克雷瑟琳娜

右边的研究所上方有80级的Z神。

然后回到村口往右走再向上走进入等离子团研究所

与研究所内的源治对话进叺战斗。
源治精灵：85级的七夕青鸟、烈咬陆鲨、血翼飞龙、刺龙王、暴鲤龙

打败他后可捕捉50级的盖诺赛克特。

然后回到天空之路往右邊的河冲浪。

进洞后扫完小兵到最顶层进洞

与赤木对话后进入对战。
赤木精灵：85级的暴雪王和叉字蝠87级的暴鲤龙，88级的壶壶和玛狃拉90级的黑暗神。

打败他后可以捕捉50级的黑暗神

出洞后往左边冲浪，直到看见上方有路时往上方冲一直冲到联盟途中会看见下方有条路，那条路没什么用只是刷级用的。

第一个兰斯：鬼灯、天蝎、M老喷、三头龙、黑暗鸦。

第二个镇星：火神虫、双斧战龙、毒骷蛙、M吙鸡，流氓鳄、Y神

第三个，赤木：黑鲁加、玛狃拉、班吉拉、暴鲤龙、黑暗神、叉字蝠

第四个，坂木：超铁暴龙、尼多王、大针蜂、龍王蝎、流氓鳄、黑暗裂空座

第五个，盖奇思：龙王蝎、Z神、雷希拉姆、丘雷姆、捷克罗姆、盖诺赛克特