西汉初年阿克陶县境分属疏勒國、蒲犁国、依耐国管辖。西汉神爵二年(公元前60年)汉王朝在乌垒城(今轮台东野云沟附近)设西域都护府，阿克陶属其管辖

魏、蜀、吴三國时期，曹魏承袭东汉设西域戊己校尉阿克陶仍属魏国管辖。司马炎统一中国建立晋朝后，在西域推行政令当时阿克陶县境随疏勒國归属晋朝。

唐显庆三年（658年）设立疏勒都督府，阿克陶受其管辖

唐开成五年（840年），喀喇汗王朝建立其境域包括阿克陶大部分地方。西辽康国元年 （1134年）阿克陶随东喀喇汗王朝归属西辽。成吉思汗二十年（1226年）天山南部属察合台领地阿克陶受其统辖。

元至正七姩（1347年）察合台后裔秃黑鲁帖木儿被拥立为汗，建立东察合台汗国阿克陶是东察合台汗国总管忽歹达的领地之一。

明正德九年（1514年）阿克陶属叶尔羌汗国。清康熙十七年（1678年）准噶尔部开始统治阿克陶。

清乾隆二十四年清朝平定大小和卓之乱阿克陶先后受喀什噶爾和叶尔羌参赞大臣管辖。清光绪九年(1883)委任南疆各道府厅州县和官吏，阿克陶分属英吉沙尔直隶厅、疏勒直隶州和莎车府蒲犁分防厅管轄

民国时期，今阿克陶县分别由英吉沙县、蒲犁县、疏附县、乌恰县管辖

1949年9月新疆和平解放后，今玉麦乡为英吉沙县六区今皮拉勒鄉和巴仁乡为英吉沙县七区，今克孜勒陶乡为英吉沙县八区今恰尔隆乡为当时的蒲犁县恰尔隆四区，今布伦口乡为当时蒲犁县布伦口五區和乌恰县波斯坦铁热克区的两个乡今奥依塔克镇为当时疏附县塔什米力克区的奥依塔克乡，今喀热开其克乡为疏附县乌帕区的居鲁克巴什乡

1954年8月，阿克陶建县由喀什专区的英吉沙县、疏附县、蒲犁县和乌恰县析置组成，隶属于克孜勒苏柯尔克孜自治区（1955年10月克孜勒苏柯尔克孜自治区改称为克孜勒苏柯尔克孜自治州）。1956年2月英吉沙县巴仁七区又划归阿克陶县管辖。1977年1月阿克陶县划归喀什地区管轄，1980年7月又恢复原行政归属

2016年，阿克陶县辖11乡、2镇、2场、119个村委会、556个村民小组、1个社区管委会、9个社区居委会

农区乡镇场有7个：玉麥乡、阿克陶镇、皮拉勒乡、巴仁乡、加马铁热克乡、喀热开其克乡、托塔依农场；牧区乡镇场有8个：奥依塔克镇、克孜勒陶乡、布伦口鄉、恰尔隆乡、库斯拉甫乡、木吉乡、塔尔塔吉克民族乡、阿克塔拉牧场。  

阿克陶县位于中国的西部边陲新疆维吾尔自治区西南部，帕米尔高原东部塔里木盆哋西部边缘，地处东经73°26′05″～76°43′31″北纬37°41′28″～39°29′55″之间。西部、西南部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦接壤国境线长380多公裏，其中未定国界170多公里县境东西长。