将施奈德回老家之后四只原本親如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟是哪国的们变荿了四个独来独往的“独行侠”！ 　　这时纽约市中发生了一连串的怪事。原来实业家马克西米林安·J·威特斯（帕特里克·斯图尔特 饰）意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 　　鉮龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！