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薪水一直都是关注的焦点，近期《科学家》（The Scientist）杂志公布了最新的生命科学行业薪水调查结果，向大家展示了北美、欧洲等多处薪水水平的差异。
总体来说，美国从事生命科学行业的科学家收入最高，据调查结果显示，在学术界，产业界和政府部门工作的科学家们的收入每年几乎可达到 96000 美元的平均报酬总额，其中包括基本工资...&
薪水一直都是关注的焦点，近期《科学家》（The Scientist）杂志公布了最新的生命科学行业薪水调查结果，向大家展示了北美、欧洲等多处薪水水平的差异。
总体来说，美国从事生命科学行业的科学家收入最高，据调查结果显示，在学术界，产业界和政府部门工作的科学家们的收入每年几乎可达到 96000 美元的平均报酬总额，其中包括基本工资，奖金和其他收入，高于欧洲的平均水平&&66700 美元。加拿大地区的研究人员薪水水平则介于其间，为 78200 美元，而印度的则远远低于这一水平，仅为 11200 美元。这些工资差距其实并不出乎人意料，因此造成了生命科学行业所谓的 &人才外流&，也就是说外国的研究人员涌向美国寻找更好的工作和丰厚的报酬。
然而过去几年间，由于预算大幅削减，使得美国这一学术界天堂的名声受到了影响，甚至引起一些生命科学领域的研究人员冒险进入薪水更高的行业寻找就业机会。
另外，研究人员也转向一些高薪职位，如药理学和生理学，就比分子生物学和遗传学报酬更高，而且根据调查结果显示，性别歧视现象依然存在。
博士后薪水水平
虽然说欧洲的博士后薪水水平大约为全职教授的一半，但是美国的博士后只能赚到全职教授的三分之一。而且在欧洲从事学术研究的博士后，薪水水平也高于美国同样职位的博士后：欧洲博士后的薪水报酬约为每年 55000 美元，美国的平均总收入则为 47000 美元。
不过据美国国立卫生研究院（NIH）的一个调查显示，实际水平可能还更低，美国平均博士后薪酬基本起薪最新统计数据为 39000 美元。
&最重要的是发表论文和专利，& 哈佛医学院和麻省总医院的社会学家，医学教授 Eric Campbell 说， &只有了一定的学术成功，才会获得丰厚的报酬。&
为什么在美国博士后赚的比在欧洲相对的少呢？&博士后职位本身就难以定义&来自 AAUP 的一些学者表示。虽然NSF根据多年的经验提出了博士后建议最低薪金，但是美国的博士后薪水常常取决于 PI 或资助水平，而欧洲的情况并不是这样，在许多国家，博士后和研究生都是直接赚取来自政府的标准津贴。
性别不平等依然存在
五十年前，《同工同酬法案》禁止男人和女人同工不同酬。但工资差距仍然存在，即便在生命科学领域也是如此。在今年的调查中，在美国，男性研究人员平均总收入为每年 111000 美元，而他们的女同行平均仅为 77000 美元。一种可能的解释是：在高级别职位男性数目多于女性。
哪些专业薪水高
今日生命科学的热门专业往往会造成明日的人才拥堵，比如说基因组学与遗传学的对比。
基因组学在很大程度上依赖于基因组，数学和计算机建模。但是很少有生命科学的研究人员具有这些技能，因此这也就意味着，基因组学的研究人员要求的薪水比遗传学专业的更高，而后者正是几十年前的一个热门专业，但目前已经成为了供大于求的一个饱和专业。据这一最新调查显示，美国基因组学研究人员，每年的收入超过 92000 美元，而遗传学专业的薪酬则为 77600 美元。
另一个曾经的朝阳专业：分子生物学，薪水水平为 71000 美元，是此次调查中薪水最低的专业之一。 &这反映了一个巨大的供求关系。&
其它薪水高专业包括药理学和生理学，薪水总额约 116000 美元，其原因可能在于大多数这些专业的科学家受聘于医学院，学术研究的薪水本来就比基础研究部门高。
学术界VS. 产业界
今年的调查还突出了产业界和学术界之间的薪金差异。据有关数据显示，产业界的研究人员每年的薪水大约 136000 美元，而学术界则为 85000 美元。尽管两者差距明显，学术界仍然是许多年轻科学家职业生涯的必由之路，部分是因为在学术界，可自由选择和发表自己的研究。产业界较高的工资可以帮助补偿其学术声誉较为&隐秘&的事实。
日前，GEN 网站公布了 2013年全球前25位生物技术公司（Top 25 Biotech Companies），排在前3位的是Novo Nordisk、Amgen和Gilead Sciences，它们在2012年的市值分别是709.2亿、600.9亿和401.6亿美元。在前25位生物技术公司中，美国拥有15家，爱尔兰和印度同样拥有2家，中国的生物技术公司没...&
日前，GEN 网站公布了 2013年全球前25位生物技术公司（），排在前3位的是Novo Nordisk、Amgen和Gilead Sciences，它们在2012年的市值分别是709.2亿、600.9亿和401.6亿美元。在前25位生物技术公司中，美国拥有15家，爱尔兰和印度同样拥有2家，中国的生物技术公司没有出现在榜单中。
该榜单的生物技术公司市值来源于2011年第2季度到2012年第2季度的数值（股价和流通股的乘积），股价取自于网络上公开的股票信息，而其他货币将转换成美元后统计。
表1：2012年全球前25位生物技术公司(按市值)
市值/十亿美元
年均增长率
Novo Nordisk
Gilead Sciences
Biogen Idec
Teva Pharmaceutical Industries
Baxter International
Merck KGaA
Alexion Pharmaceuticals
Vertex Pharmaceuticals
Forest Laboratories
BioMarin Pharmaceutical
Dr. Reddy's Laboratories
Amylin Pharmaceuticals
Onyx Pharmaceuticals
Switzerland
Warner Chilcott
Ranbaxy Laboratories
Medivation
ARIAD Pharmaceuticals
Seattle Genetics
上榜的哪些生物技术公司加大研发投入
2012年多数生物技术公司增加了研发领域的投入，一些公司甚至想猛踩油门一样地提高经费支出。如：Gilead($GILD)公司为了推进处于后期的丙型肝炎C研究项目将研发经费提高了43%，从而促使其占据生物技术公司研发排行榜的第2位。
生物技术公司在研发投入上表现出集中性高、灵活性强和研发记录优良的特点，这有利于生物技术公司在产品收入上迎来最有活力的增长期，与之形成鲜明对比的是，跨国制药企业要经受专利药到期带来的苦痛期。
在行业前景利好的条件下，生物技术公司在研发投入上跃跃欲试。Biogen公司创纪录的经费开支让其拥有治疗多发性硬化症的最热门新药物Tecfidera；Celgene已成为该行业内的首选合作伙伴，在全球范围内收集研究资金；Vertex公司可能无法获得丙型肝炎的研究特权，但是它已成功填补了囊胞性纤维症（cystic fiposis）顶级组合药剂的空白；Regeneron公司或许经历最成功的一年，所研制的一种新药目前进入重磅药物行列，而一些研究项目获得分析师的关注；Actelion公司坚持实施的肺动脉高压（PAH）新项目在三期实验中获得成功，而Onyx在肿瘤药物上连续获得成功。
表2：2012年全球生物技术公司R$D投入 TOP10
R&D&支出/亿美元
年均增长率
占产品销售额的比重
biogen idec
上榜的哪些生物技术公司涉足配套诊断领域
日Amgen和Agilent Technologies宣布一份协议，合作双方将联合开发新的诊断方法以检测处于临床阶段的、可治疗罕见致命肿瘤的Amgen肿瘤候选药物，药品名称和具体数据都未公布。此外，该公司利用罗氏454二代测序平台对EGFR抑制剂Vectibix的临床试验中的320例肿瘤样本的9个基因进行测序分析以寻找新的生物标志物，从而预测直肠癌的药物治疗效果。
日Teva Pharmaceutical和Myriad Genetics声明称，它们将利用BRACAnalysis&（Myriad公司的主导产品）对病人收集试验数据，再用候选药物进行临床I、II期实验，最终检测出BRCA1和BRCA2的突变类型。
日Seattle Genetics和Ventana、Takeda Pharmaceutical宣布一份协议，将共同研发一种与Adcetris抗体（brentuximab vedotin）共同使用的、可供商业化使用的诊断技术，该诊断技术用于检测组织样本中CD30表达水平，以识别那些可用Adcetris治疗的患者。
8 days agobyTROX0
A few days ago a study was conducted on the purpose of treating HIV effectively. The study was focused on a single protein cell known as TA...&
&8 days ago&by&TROX&&&
A few days ago a study was conducted on the purpose of treating HIV effectively. The study was focused on a single protein cell known as TAT, actually you can view an HIV as a book of genetic codes and TAT is a protein which makes up three pages of that book telling HIV how to grow and replicate. Scientists miraculously developed an anti TAT protein that does specifically opposite to that, it is actually the mutant form of TAT. The name of antiTAT is Nullbasic. If this protein is changed with TAT present in HIV cell, then it can limit HIV cells to grow and replicate. Nullbasic can be introduced into HIV cell by a retrovirus (purpose-built to sneak into viruses and hack their genetic code) and will limit HIV cell to grow. Basically it changes the codes of TAT protein present in HIV cell which tells it, how to grow. Testing on cultured human cells suggests that this procedure works very, very well. A bit of information collected from Abstract is pasted as under:
Virus replication in primary CD4+ cells expressing a Nullbasic-ZsGreen1 fusion protein was inhibited by approximately 8 to 10-fold. These experiments demonstrate the potential of Nullbasic, which has unique inhibitory activity, as an antiviral agent against HIV-1 infection.
It has been found that gene therapy limited the growth of HIV cells by a factor of 10. This therapy would not remove HIV from the body yet the virus would stay largely dormant and unable to develop more cells. This modus operandi will prevent an individual of becoming a patient of AIDS.
DNA测序常见问题分析
&&DNA测序常见问题分析
可能的原因
样品准备问题
菌培养不好或失败
抗性不对或菌已死
核对抗性，尽可能提供载体信息。
或菌培养条件特殊
重新提供菌液，或提供2ug纯化质粒。
质粒提不出
质粒拷贝数极低或
客户自己采取大量提取的方法提供2ug纯化质粒。
培养方式不当
质粒产量很低
低拷贝数质粒或
客户自己采取大量提取的方法提供2ug纯化质粒。
培养方式不当
自带质粒或已纯化PCR产物量极低
是否为电泳法定量，
质粒：电泳检测浓度大于100ng/ul，体积大于20ul。
测OD值法不可靠,电泳检测
总量是否足够
已纯化PCR产物：根据片段长度提供足够量的模板，一般要求是100ng/反应/Kb，进行多个反应的应相应增加量。
测序出现双峰或信号中断
重复序列，如polyT、polyA或几个碱基重复
用反向引物测互补链。
此类问题主要与样品有关
质粒测序在插入序列中出现套峰
可能是样品非单克隆，挑其他克隆测序。
PCR产物测序中，某一点后序列变乱
可能是存在移码突变，这是正常的，也可以克隆后测序。
PCR产物中一个或多个位置有套峰
序列中存在突变，这是正常的，也可以克隆后进行测序。
PCR产物测序前部分双峰
引物二聚体污染或产物不纯，克隆后测序。
质粒测序时整个结果双峰
引物特异性不好，序列中存在通用引物的同源序列；改用其他引物测序。
质粒和PCR产物测序出现双峰
引物不纯，测序时只要单一引物，请不要将双向PCR引物混合；合成的引物没有纯化，或纯化不好。重新合成引物测序。
信号迅速衰减或中断
模板GC二级结构区后
难以得到好的测序结果，亚克隆成较小的片段进行测序
模板GT二级结构区后
测反向互补序列，AC结构不影响测序
严重的重复结构
测反向互补序列
模板特性决定的
根据具体情况决定
信号极弱或无信号
模板质量差
重新提供菌液或纯化PCR产物
质粒样品：引物不符
尽量提供载体详细信息，核查引物
引物不适宜测序
测序引物比PCR引物要求高，随机引物和简并引物不能用于测序，较长的PCR引物也不能用于测序。重新设计引物测序，对PCR产物而言建议克隆到载体上用通用引物进行测序
质粒产量极低
客户自己提供2ug纯化好的质粒
PCR产物定量极低
重新电泳检测已纯化的PCR产物，确认有足够的量，或提供PCR原液由公司进行纯化
测序结果正常，与预期不符
找不到引物
检测是否为空载体，从其互补链上寻找，克隆位点离测序引物太近，长插入片段未测通。
不可能找到所用的测序引物，短片段可以从互补链上找到另一段的引物，长片段由于测不通，无法找到相应序列想得到全序列，短片段可以从两端进行测序，长片段需要经克隆后进行测序。
结果完全不对
请提供详细资料我们会根据结果具体分析。
&&测序常见问题分析
序列中出现N值的常见原因：
通常有以下几种情况将造成测序结果中N值较多：
&PCR产物直接进行测序，在PCR产物长度以后将无反应信号，机器将产生许多N值。通常我们很容易辨别PCR产物结束的位点，PCR产物测序一般末端的一个碱基为A（绿色峰），这是由于Taq酶能够在PCR反应的末端非特异性地加上一个A碱基，我们用T载体克隆PCR产物就是根据该原理的。在最后一个碱基A后，信号会迅速减弱。因此我们要根据序列正确判断出PCR产物的末端序列，在此序列以外就不是我们所要的序列了。
&在序列的起始端有时会有一些N值。该种情况主要是有未去除的染料单体造成的干扰峰。该干扰峰和正常序列峰重叠在一起，有时机器将无法正确判断出为何碱基。有时，在序列的起始端的小片段容易丢失，导致起始区信号过低，机器有时也无法正确判读。现在公司已采取了有效措施，序列起始区的信号已大为改善，有时几乎第一个碱基就可以正确读出，染料的干扰问题基本解决。但是客户提供的PCR引物用于测序时，有时会产生引物二聚体，对测序的起始区造成干扰。
&在序列的3端容易产生N值。一个测序反应一般可以读出900bp以上的碱基，但是，只有550bp以前的碱基是可靠的，理想条件下，多至700bp的碱基都是可以用的。一般在650bp以后的序列，由于测序胶的分辩率问题，会有许多碱基分不开，就会产生N值，这种情况下产生的N值是无法避免的。现在我们只承诺正常情况下每个测序反应至少读出500个碱基的有效序列。
&测序模板本身含有杂和序列，该种情况主要发生在PCR产物直接测序上。由于PCR产物本身有突变或含有等位基因，就会造成在某些位置上有重叠峰，产生N值。可以很容易判断该种情况，那就是整个测序信号都非常好，只有在个别位置有明显的重叠峰，视杂和度不同N值可能有多有少。该种情况明显是客户的样品问题。通过将PCR产物克隆后进行测序，可以解决该种情况的N值问题。
&由于模板质量问题或测序不好，所得的序列结果较差，也会产生许多N值。一般情况测序结果不好的，我们都会根据具体原因尽量加以解决。有些实在无法解决的也就没有办法了。
&针对有N值的情况，我们一定要根据具体情况具体分析。很多情况下是客户自己的模板原因造成N值，在这种情况下我们没有必要为客户承担测序失败的损失。有许多情况下由于客户的原因造成的测序失败，我们至少要让客户知道是客户本身的原因而不是我们的技术问题。
我为什么找不到我的PCR引物？
以下几种情况，我们将无法找到做PCR时的引物序列：
&用PCR引物作为测序引物进行测序时，所测序列是从引物3末端后第一个碱基开始的，所以自然就找不到您的引物序列了。有两种方法可以得到您的引物序列。对于较短的PCR产物（&600bp），可以用另一端的引物进行测序，从另一端测序可以一直测到序列的末端，就可以在序列的末端得到您的引物的反向互补序列。对于较长的序列，一个测序反应测不到头，因此就只能将您的PCR产物片段克隆到适当的载体中，用载体上的通用引物进行测序。由于载体上的通用引物与您的插入序列之间还有一段距离，因此就可以得到您的完整的引物序列。由于在测序的起始端总会有一些碱基无法准确读出，因此，您如果想得到您的PCR产物的完整序列，最好克隆后进行测序。
&PCR产物用T载体克隆后，由于克隆的方向是随机的，因此，当您在一条链上找不到您的引物序列时，试图在互补链上寻找您的引物序列。
&当测序引物离您的插入片段很近时，有时可能也无法找到您的引物的全序列。这主要是因为有时测序的起始端由于未去除的染料或引物二聚体的干扰，造成起始区的序列不好，可能无法找到您的引物完整序列。
&有时，质粒做模板进行测序时，由于某些原因，质粒上没有插入外援片段，为空载体，所测的序列完全为载体序列，此时自然也找不到引物序列。
我的基因序列与标准序列为什么有差别？
&一段基因序列经扩增后，克隆到载体中进行测序。在两个层次上可能导致序列发生变化。首先在PCR扩增过程中就可能产生错误。将片段克隆到载体中也有可能发生突变。其次，测序的准确率问题。ABI公司承诺其仪器的测序精度在一定范围内可以达到98.5%以上。由于仪器准确率的限制，在一个较长的序列中发生碱基序列错误是难以避免的。在确认克隆无误的情况下，通过双向测序可以最大限度减少测序的错误。您如果想得到您的最准确的序列，进行双向测序是很有必要的。只进行简单的单向测序，我们无法保证所测序列的完全准确性，这是由仪器的精度决定的。
过短的PCR产物为什么不适于直接测序？
&首先过短的PCR产物纯化困难，一般的PCR产物纯化试剂盒都要求PCR产物片段大于200bp，过短的PCR产物纯化和准确定量都非常困难。因此我们要求用于测序的PCR产物一般不低于200bp长度。
&其次，由于测序本身的限制，以一个100bp的PCR产物用于测序为例，去掉两个引物的序列大约40到50bp，再加上测序起始端的一些读不出的碱基，真正能够得到的有用序列不过30～40碱基。这么少的序列很难向客户收费。上面是在最理想的条件下的假设，稍不顺利，测序就失败了。因此，过短的PCR产物，只能克隆后进行测序。
用测序的方法检测点突变可靠吗？
&有的客户想用测序的方法检测点突变体，我认为该方法可靠性不高。主要有以下两个原因。首先，我们并不清楚突变的序列与正常的序列的比例是多少。测序反应的信号强度直接与模板的量有关，如果突变的模板所占的比例很少，将直接作为背景噪音了，很难检测出来。只有当测序反应体系中正常的和突变的模板量比较接近时，才能较可靠地检测到突变体的存在。其次，在同一位置，不同碱基的信号强渡一般是不一样的。这样即使突变的模板所占的比较较高时，也不一定能准确检测到突变的存在。另外，测序仪是设计用来测序正常的碱基序列的，软件在对扫描的结果进行处理时，会尽量提高主峰而将背景信号尽量压低，以得到尽可能好的结果。因此，当某处出现双峰时，测序仪一般会认为信号弱的峰为背景信号，在处理过程中，将弱的峰进一步压低，这样根部不立于突变体的检测。因此认为，用测序的方法检测突变体的存在不是一个好的方法。
与测序引物有关的问题：
&对于通用测序引物，只要正确使用，一般不会有太大问题，测序引物问题主要发生在客户自己提供的PCR引物上。应该明确的一点是并不是所用的用于PCR的引物都可以用来作测序，以下几种PCR引物将是不适合用作测序引物的：
简并引物，
简并引物必然要在测序模板上有多个结合位点，直接影响测序结果。
随机引物，如RAPD引物，
随机引物一般都比较短，所用退火温度低，在测序反应的条件下，不能很好地与模板结合。
过长的引物，一般要求测序引物不大于24bp，最长不能超过30bp。
过长的引物在测序反应的较低的条件下容易在测序模板上有多个结合位点，导致测序结果背景增高。另外，较长的引物纯度也将难以保证。通常用于测序的引物纯度要在90%以上，引物纯度低时，测序反应的背景将明显增大，直接影响到测序结果。
有特殊标记的引物，
该情况主要指荧光标记的引物。我们测序反应的四种碱基都是荧光标记的，这样，荧光标记的引物将产生干扰。另外，其他一些有大的标记基团的引物也最好不要用于测序。引物上大的标记基团将直接影响到DNA片段的迁移率，导致测序结果峰型不好或错误。
不纯的引物：
&测序引物对纯度的要求很高，合成的引物中非全长的片段可以造成较强的背景。以一个20bp的测序引物为例，直接脱盐纯化的话，纯度至多在70%左右，也就是说将有30%的引物将作为背景噪音，这必将严重影响测序结果。一般经PAGE或OPC法纯化的引物基本能达到测序的要求。
造成测序反应模板量低主要有以下几种原因：
客户提供的PCR产物量太少，经纯化后不足以满足测序需要。
一些低拷贝的质粒按照常规方法提取，所得质粒很少，经浓缩后仍然很少。
&客户提供的PCR产物或质粒的量很少是我们测序反应中经常遇到的一个问题。为解决该问题，我们在平时收客户模板的过程中需要注意如下事项：
&质粒类型的测序模板尽量让客户提供菌液，不要直接提供质粒。菌液我们可以控制模板提取的量和质量。而且，所提供的质粒类型一般应为高拷贝的。以下几种质粒是我们测序成功率非常高的，包括pGEM-T载体，pUC及其衍生载体等。
&对于PCR类型的测序模板，未纯化的PCR产物要保证足够的量，一般我们要求客户提供50~100&uL的PCR扩增产物，并且要求PCR扩增的质量要高。有杂带的PCR扩增产物我们尽量不要收。对于纯化的PCR产物，要保证足够的量，通常要求客户对已纯化的PCR产物用电泳进行检测。一般来说，对于一个1kb长的纯化PCR产物进行测序，客户提供的PCR产物量不应低于200ng。另外，用分光光度法进行的PCR产物定量是极不可靠的。对于未纯化的PCR产物，提供的量应至少为已纯化的PCR产物的量的2倍。
&另外，PCR产物测序客户需提供相应的PCR扩增引物用于测序。引物最好稀释成5&uM的浓度，总体积不低于20&uL。
最后一点是，我们应该明确，并不是所有的测序样品都能测出满意的序列。根据我们的统计并参考其他公司的情况，一般会有10%到15%的序列是难以测出的。对于大部分未测出的序列，我们可以找到尽可能的原因，以建议客户下一步如何做。
听着听着，心里的积雪是不是慢慢地融化了，心好像回到梦里的哪个地方
19岁的狗狗Schroep患上了关节炎，只有在家附近的湖水拥抱下才能入睡。41岁的John Unger每天选择这样的方式让相伴19年的亲人睡上一个好觉。
在互联网上，有很多软件可以解决对单个基因进行研究的分子生物实验人员从立项到最后写论文的实际问题。本文提供了对相同作用的很多软件进行比较后推荐给一线实验人员使用的Windows应用软件。本文不介绍对多基因甚至基因组序列进行分析的辅助软件。
一、资料收集整理阶段。本阶段需要查找某个项目专题的文章,并写出对该专题的综述,以便对自己所要做的课题的现...&
在互联网上，有很多软件可以解决对单个基因进行研究的分子生物实验人员从立项到最后写论文的实际问题。本文提供了对相同作用的很多软件进行比较后推荐给一线实验人员使用的Windows应用软件。本文不介绍对多基因甚至序列进行分析的辅助软件。&
一、资料收集整理阶段。本阶段需要查找某个项目专题的文章,并写出对该专题的综述,以便对自己所要做的课题的现状有一个基本的了解。&
推荐软件：Reference Manager 9.0&
优点：可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,保存查找的资料为本地文件。资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时点击一个键就可以到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，插入引用，并在文章中对引用格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。导入Endnote的数据库，可以作为本地资料管理软件。&
缺点：没有非常明显的缺点。&
同类参考软件：Endnote 3.1.2&
二、序列分析、实验设计模拟阶段。&
序列分析包括基本序列分析（限制酶分析、结构域(motif)查找、引物设计）、序列比对（Alignment）、contig拼装、二级结构预测等方面。其中大部分分析在本阶段进行，小部分在实验过程或最后结果分析中进行。&
本阶段分析的项目包括限制酶分析、引物设计、序列比对、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、克隆策略图谱、三维结构显示等方面的内容。&
1、 合性软件。这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备，而且这类软件在一些专项分析上仍有绝对优势。&
推荐软件：Vector NTI Suite 6.0&
优点：不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）-&分析-&结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Suite还有以下独立的分析程序，完成相关分析。这些独立的程序，可以通过选定-&分析-&结果三步调用。&
l 3DMol－显示PDB格式分子的三维结构&
l Align X－序列相似性比较&
l Align Xblocks－序列局部完全相同比较&
l BioPlot－几十种核酸蛋白序列分析、理化性质分析&
l ContigExpress－将小片段拼装成长序列&
l GCGConverter－GCG格式文件转换成NTI的格式&
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank&
l Back Translation－核酸-&蛋白-&核酸反向翻译的工具&
l Matrix Editor－矩阵数据编辑&
l Tools Manager－连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。&
同类参考软件：DNASTAR 4.03 Omiga 2.0 DNASIS 2.5 DNATools 5.1&
2、 制酶分析。可能是最简单的功能了，用普通的文本搜索也能找出相应的序列位点。正因如此，我们希望软件在结果输出上有更完美的表现。另外几乎所有的软件都没有考虑在酶切位点前应该有保护碱基，所以该分析通过，并不能在实验中总能通过。&
推荐软件：DNAssist 1.0&
优点：作为序列基本分析项目，能进行限制酶分析的软件很多，但很少有软件成为合格的限制酶分析软件。原因是大多软件只对线性序列进行分析，对cNNNNN&NNNgaatt环状的序列就找不出EcoR I的位点。这个软件能非常简单地达到这个目的把这个EcoR I位点找出来的软件。DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）、没有的位点。&
缺点：显示结果是黑白的，不是非常亮丽。&
同类参考软件：Primer Premier 5.0 Vector NTI Suite 6.0 其他多种软件&
3、 引物设计。引物设计一般包括用于检测和用于进一步分子操作的引物。其中用于分子操作的在原来序列上设计，加上接头和保护碱基。但几乎所有软件都没有考虑接头和保护碱基的设计。因此能否对假定的引物进行各种属性的分析，参考各种结果，最后找到合适的引物序列便成为选择软件的最关键。&
推荐软件：Primer Premier 5.0&
优点：顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。&
缺点：没有明显缺点&
同类参考软件：Vector NTI Suite 6.0 DNAClub、Oligo 5.0&
4、 序列比对。序列比对包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列两类。与限制酶分析相似，由于这类软件的算法没有多大变化，内核大都是相同的，所以其结果输出和易用性也成了更重要的标准。&
推荐软件: GeneDoc 3.2，MagAlign 4.03（Lasergene Suite）&
优点：GeneDoc用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，输出的格式一目了然，而且可以报告为进化树的格式。选择项多，可以达到所需的要求。但该软件操作较为麻烦。MagAlign可以简单操作进行序列比对。&
同类参考软件：Vector NTI Suite 6.0等&
5、 质粒作图。这也是最常用的序列显示功能。我们要求软件能对已知序列自动作图，对未知序列但关键部位位置清楚的质粒也能作图。主要是标示各种酶切位点、基因序列、特定结构域序列。&
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0&
优点：符合上述对质粒作图的所有要求，而且做出来的图可以用到下面要讲到的克隆策略图谱中去。&
缺点：该软件使用实在太不方便。&
参考软件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33 等&
6、 结构域（motif）查找。与限制酶的分析相似，这也是一个文本查找的内容，关键在于以何种方式显示查询结果。&
推荐软件：Primer Premier 5.0&
优点：该软件的结构域查找和限制酶查找一样，结果以图形、表格、序列三种方式提供，而且提供了不存在的的结构域的列表。软件本身提供了大量的结构域序列。&
缺点：对于环状的序列好象也无法解决末端结构域的查找问题（与限制酶分析类似）。&
参考软件：没有很出色的竞争软件&
7、 序列查找下载工具。&
推荐软件：Vector NTI Suite 6.0: PubMed-Entrez Searching&
优点：该软件是一个客户端程序，需在联网时使用，可以查询NCBI网站核酸、蛋白、基因、三维结构数据。对实验人员来说，可以象使用一个普通软件一样简单上手，结果可以保存在VNTI本地数据库中，与其他软件协同处理。&
缺点：没有明显的缺点。&
参考软件：Network Entrez&
8、 RNA二级结构预测及分析。似乎人们在二级结构预测方面没有什么明确的模型。因此，对这类软件只能以参考参考的心态来使用了，不能报任何希望。&
推荐软件：RNAdraw 1.1b2&
优点：软件短小精悍，能将我们想知道的各种参数计算出来。&
缺点：大多数功能通过右键弹出菜单进行，对普通人员不太惯。&
参考软件：RNAStructure 3.5&
9、 蛋白二级结构分析。不要指望软件能给你带来一个有三维结构的蛋白，所谓的分析只能给你一个蛋白某些片段有形成什么结构的趋向。结果判定还是要靠人本身。&
推荐软件：Vector NTI Suite 6.0 ：Bioplot&
优点：软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，以便于我们对未知结构蛋白的结构做个假想。简单易用，可以和Vector NTI Suite程序协同。&
参考软件：Antheprot 4.5&
10、 克隆策略图谱。几乎所有人都用手工或用绘图软件来画出整个克隆过程，各种位点只能大概估计，与核酸的序列之间的关系当然无从谈起。现在终于有可以解决问题的软件登陆了。&
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0&
优点：可以将载体与目的基因各自进行适当的限制酶切好后，连接成新的载体-基因。可以将整个克隆过程用图示方式表示出来。可以根据适当的marker将电泳图画出来，而且可以和扫描的实际结果对照。整个过程相当于模拟一个克隆过程，还没开始做实验，就大致知道实验的结果了。提供了一个相当详细的教学文件。更何况如前所述，它还是一个优秀的质粒作图软件。&
缺点：要使用它，实在需要重新学习。虽然使用较难，看在有详细教学文件和功能急需及强大的份上，也是非常值得的。&
参考软件：没有&
11、 三维结构显示。用各种方法计算出来的各种三维结构的数据只有在相关软件帮助的情况下，才能显示出其本来面目，使得我们对这些分子的结构有一个直观的体会。&
推荐软件：RasMol 2.7.1&
优点：程序短小，功能强大。其显示窗口可以很简单通过选择相应的菜单来显示分子的三维结构。用命令行窗口，通过输入命令可以执行和显示复杂和要求极高的三维图形。&
缺点：在拥有强大功能的命令行窗口使用命令时，需记住大量的命令，还要对分子的一级结构有了解。不用命令窗口时无法显示金属原子、二硫键等最关键的部位。&
参考软件：ICMlite 1.0 Cn3D&
说明：三维结构显示有一个软件是浏览器插件，就是Chime 2.0 ，它与其他三维结构显示的作用有些不同，需与浏览器一起起作用。&
12、翻译/ORF Finding&
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0&
优点：可以自动查找ORF并翻译出蛋白序列，可以选择不同的密码子。可以用实线框将DNA序列、蛋白序列、酶切位点等框起来用于文章写作。&
缺点：操作困难。与竞争对手Primer Premier 5.0相比，只有查找ORF和可以使用实线框的优点。而后者操作简单，而且内置很多不同种类的密码子。&
参考软件：Primer Premier 5.0， Vector NTI Suite 6.0&
13、 格式转换。各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来了困难。格式转换软件可以将不同格式数据转换以方便使用。&
推荐软件：Seqverter 1.3&
优点：使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的格式非常之多。可在线升级以读写更多格式文件。&
参考软件：Visual Sequence Editor 1.1&
三、实验操作和数据分析阶段。本阶段由于各实验室的设备和方法的不同差异太大，如若用到软件，请参考机器配备之软件。但也有一些共同的要求和使用的软件。&
1、单向电泳条带定量分析。&
推荐软件：BandScan 4.50&
优点：通用的电泳胶条带定量分析软件，手动、自动找到条带，手动的条带可以是无规则的，可以清除背景。进行分子量、百分比、质量、波峰等方面的定量分析。直接使用扫描仪。将数据输出到excel文件。&
参考软件：band leader 3.0&
2、 据统计分析作图。可能在某些情况下需要用到这类软件。由于专业的统计软件也很多，比较出色。我们只推荐一个比较适合生物的软件SigmaPlot 2000。&
3、 序列拼装。这是多基因方面用得比较多的程序，在单基因的研究中有时也会用到。&
推荐软件：SeqMan 4.03 （Lasergene Suite）&
优点：该软件可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。&
参考软件：Vector NTI Suite 6.0&
四、文章写作和结果发表。本阶段主要是对所获得的结果整理，并发表在合适的地方。&
1、&文献引用。&
推荐软件：Reference Manager 9.0&
优点：可以自动将文章中的各种文献引用按不同期刊的要求排列，在期刊间转换只需几秒钟。写文章时会在word中将查找到相应的文献列出，方便写作。&
参考软件：EndNote 3.1.2&
2、 生成出版质量的图片。发表时，对用到的分子结构的图片质量要求较高，直接从RasMol等软件中截取的图片质量不够精美。&
推荐软件：Pov-Ray for Windows 3.1&
优点：软件相当于一种语言，修改pov格式文件，可以定义光源、摄像机、材质、阴影等因素，把生物分子的表面用材质填充，根据光源、摄像机得到分子三维图的一个角度的图。分辨率最大可达。图象质量精美。&
缺点：难以使用。而且用的是自己的格式。好在有一个叫povchem的辅助软件可以将最常见的pdb格式文件转为pov格式。&
参考软件：molmol 2.5.1 mole 1.1.8&
3、 序列递交。结果中有新的序列需要递交到各大数据库中必须符合各数据库的要求。除了下面推荐的软件外，也可以通过写好一种格式后，用格式转换软件转换为其他种类格式，以向不同的数据库递交序列。&
推荐软件：Sequin 3.32&
优点：向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式，以问答填表格的形式，将需递交的序列和相关资料填好。可以在线直接发送，也可以生成相应格式文件，以email形式发送。&
缺点：一步一步填表的方式对新手固然好，但没有高级使用的方式，可能用的多的人会觉得太死板。&
参考软件：无&
五、我究竟要装哪些软件？&
很显然，对于各个不同的人，安装使用全部软件是不太现实的。&
1、 对于普通实验人员，建议的软件组合是：Refenence Manager 9.0 + Vector NTI Suite 6.0。 这已经是最低要求了。如果以前使用过EndNote 和/或Lasergene Suite、Omiga，已经顺手不想改变的话，当然也可以用他们来代替相应的软件。&
2、 如果你的实验分析和设计需要上述各种专项功能的话，再加上相应功能的推荐软件。&
3、 作者建议一般人员安装的软件除Reference Manager 9.0和Vector NTI Suite 6.0外，最好也装下列软件：Gene Construction Kit 2.0; RasMol 2.7.1; Primer Premier 5.0; DNAssist 1.0。这些软件能够基本满足对DNA进行操作的实验人员的需求。&
六、如何获得这些软件？&
这些软件有免费软件、共享软件和商业软件，根据不同情况有不同的付费。从本文所提供的各个软件出品公司网站可以获得这些软件，而且每个网站有自己软件的详细使用和定价介绍。&
七、使用中遇到问题怎么办？&
要是在软件使用中有问题，如果该软件提供售后服务的话，当然找软件出品公司。没有公司的售后服务可以找自己单位的应用高手和内部BBS，实在没有办法可以到网站的BBS及社区提问。&
1专业的生物人才招聘网，国内大型生物园区
生物谷招聘/
万行生物人才网/
易生物：各种给力招聘 /
Sciencecareerbloghttp://blogs.sciencemag.org/sciencecar...&
1专业的生物人才招聘网，国内大型生物园区
生物谷招聘&
万行生物人才网&&
Science&career&blog&
千人计划网&
北京百麦克&&
武汉光谷生物城&
上海聚科生物园区&&
Biomedcentral&&
武汉华美生物&&
厦门惠佳生物&&
艾斯维尔&&
泰州中国医药城
2专业论坛：
journal:&http://life.nthu.edu.tw/~b861604/journal.html:将近种著名杂志
生物谷（国内最大生物网站，有论坛，有最新的行业信息，还有很多链接）:&&
找生物(一个有趣的生物博客）
生物在线（生物谷旗下网站，带有商业性质，注重实验操作）
生物秀论坛&
丁香园检索&&
绿谷生物论坛&
生物技术论坛&&
生命信息学专业论坛
病毒学论坛&&
生物信息学论坛&
生物工程在线&（好吧，这个是食品的论坛）
protocol&online论坛
美国生物工业协会：
英文版的中国生物信息网
生物论坛视频&&
3卖仪器的网站
生物人脉网&&
生物试剂网&&
中国生物器材网&&
仪器信息网&&
生物医药精准导购平台&探生网&
生物商城网&&&
仪器设备行业网&
4实验技术与方法：&
目前最好的实验方法站点之一
Wiley公司细胞生物学实验技术方法（全部可下载）&
分子生物学实验方法大全（英文版）
美国公司的中文网站：&国内流式的老大（关于流式细胞术）：美国公司成立于年，是世界上最大的医疗技术及医疗设备公司之一。公司的业务分为三大类：医疗系统、生物科学系统、临床实验室系统，经营的产品多达一万余种，足迹遍及世界六大洲，并跻身《财富》五百强之列。&
细胞凋亡的检测方法
细胞凋亡的检测
一种深入凋亡机制的高度特异性的检测（活性的检测）
5文献检索与期刊网站：&
影响因子&&
openfind:&
搜索引擎大全&
Wiley图书馆&
Pubmed(MEDLINE):&http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi&
PubMed&Medline&Query:&http://www.pubmed.nl/&
NCBI&HomePage:www.ncbi.nlm.nih.gov/:&National&Center&for&Biotechnology&Information&
Homepage&-&List&of&Journals:www./servlet/useragent?func=showHome&
杂志全名一网打尽
杂志的出版者&及网址被收录的数据库&
BBB:&http://www.library.ubc.ca/scieng/coden.html&
journal:&http://life.nthu.edu.tw/~b861604/journal.html:将近种著名杂志
免费医学期刊资源这是一个专门提供免费全文医学期刊目录服务的网站，其目的是揭示网络上可以免费获取的期刊，以促进这些资源的利用。&
ScienceDirect&-&Home:&/&
sciencedirect&&&&
美国化学会志&
highwire:&http://intl.highwire.org/&
highwire:highwire.stanford.edu/lists/freeart.dtl/:免费全文斯坦福大学提供的
HighWire:&http://highwire.stanford.edu/:斯坦福大学提供的&
link.springer:&http://link.springer.de/search.htm&德国的
全文電子期刊部分收费&
提供全文服务的外文期刊
北京大学天网文件搜索引擎：&
欢迎访问中国科学院文献情报中心网站
journal&of&cell&biology&:&http://www.jcb.org/:&可以到&
6软件下载网站：&
生物软件网
生物医学统计咨询网站
名称简介参考文献备注
ALINE一个产生出版质量比对的&所见即所得&蛋白质-序列比对编辑器
AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包1682...&
名称简介参考文献备注
ALINE&一个产生出版质量比对的&所见即所得&蛋白质-序列比对编辑器&&
AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包&&
AmiGO访问本体论和注释数据&&
AnnotationSketch基因组注释绘图库，基因组特征可视化&&
Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示&
ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化&
ArrayExpress将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中&
ArrayExpressHTS用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程&
arrayMagic双色cDNA微阵列质控和预处理&
arrayQCplot用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件&
BALL生物化学算法库&
BALLView用于分子建模研究和教育的一个工具&
BamTools分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包&
Batch Blast&Extractor批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序&
BayesPeak分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别&
BEDTools比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件&
BEST结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序&
BIGpre一个下一代测序数据质量评估程序包&
BiNGO一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件&
Bio++用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库&
BioCoder一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言&
BioJavaJava语言编写的一个生物信息学开源框架&
biomaRt生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析（bioconductor）间的强力连接&
Biopython适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具&
BioRuby适用于Ruby编程语言的生物信息学软件&
BioWarehouse一个生物信息学数据仓库整合工具包&
birgHPC为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版&
Biskitpython编写的一个结构生物信息学软件平台（库）&
BisoGenet一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件&
BlastR非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索&
Bowtie比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、内存高效的程序&
Bpipe一个运行和管理生物信息学流程的工具&
BRAT重亚硫酸盐处理的片段分析工具&
BRAT-BW重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对&
Brian一个Python编写的脉冲神经网络模拟器&
BSMAP全基因组重亚硫酸盐测序比对程序&
BugView用于比较基因组的一个浏览器，Java编写&
Caryoscope在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个开源Java应用程序&
CEAS顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释&
CentiLib网络中心性的综合分析和探索&
Cerebral一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件&
ChemmineR一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架&
ChIPDiff从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别的一种HMM方法&
ChIPMunkChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘&
ChIPpeakAnno一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包&
ChIPseqR核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析&
Chipster用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件&
CisGenome一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统&
ClutrFree聚类树可视化与解释&
COBrA一个生物本体论编辑器&
Cobweb一个网络浏览和可视化Java小程序&
ComBat使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响&
coMOTIF一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架&
ContEst评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染&
ConscriptRasMol到PyMOL的脚本转换器&
CoXpress基因表达数据中的差异共表达分析（R包）&
Cytoscape ESP使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物网络的Cytoscape插件&
Cytoscape Web一个交互式基于网络的网络浏览器&
DAnTE一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具&
DBChIP用ChIP-seq检测转录因子的差异结合&
Dendroscope一个交互式大型系统发生树查看器&
DIME基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包&
DendroPy一个系统发生计算Python库&
DrugViz一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件&
dsrcFASTQ格式中DNA序列片段的压缩&
EagleView一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器&
EASE在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释&
Easyfig基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形&
EMBOSS欧洲分子生物学序列分析开放软件套件&
EnzymeTracker一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统&
Eoulsan一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架&
ESBTL用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构&
Expander一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据分析的所有阶段&
ExpressionPlot一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架&
EZ-Viz用标签和按钮简化PyMOL中分子查看&
FIMO扫描一个给定motif的出现&
Flapjack图示的基因型可视化&
flowViz一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包&
FPV使用Java 3D进行快速蛋白质可视化&
FunNet一个探索转录相互作用的整合工具&
FX一个云端RNA-Seq分析工具&
GaggleBridge协作的数据分析&
Gap5编辑数十亿的片段序列装配&
GBParsy一个高速的GenBank平面文件解析器库&
Generic HTML&Form Processor
一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本&
GeneNotes第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物信息的应用程序&
GeneTrack一个基因组数据处理和可视化框架&
GeneTUKit一个文档水平基因标准化软件&
GeneXplorer微阵列数据的可视化和分析&
GenomeView使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据&
GenomeViz可视化微生物基因组&
Genomorama基因组可视化和分析&
GenoViewer一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具&
GenPlay一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式&
GEOquery基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁&&
GIMP一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件&
GLITR基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq数据中提取转录因子靶点&
GO::TermFinder访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语&
GoBean一个GO术语富集可视化探索Java GUI应用程序&
GOGrapher一个GO图形展示和分析Python库&
GOlorize一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件&
gputools使得能够在R中进行GPU计算的一个包&
graph2tab一个转换实验流程图为表格格式的程序库&
GReEn一个基因组重测序数据高效压缩工具&
GRiP一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具&
GSEA基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法&
HilbertVis用希尔伯特曲线来可视化基因组数据&
i-cite一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及链接术语到相应的非文本数据&
IGB整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化&
Interpol一个蛋白质序列预处理R程序包&
interPopula一个访问HapMap计划数据集的Python API&
IntervalStatsChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估&
IVEE用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感病毒的传播和重组事件&
J-Express使用Java来探索基因表达数据&
JalviewJava多重序列比对编辑器&
Java Treeview微阵列数据可视化，树状图查看&
JBrowse下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释&
jClust一个聚类和可视化工具箱&
JColorGrid生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等&
Jetset挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因&
JSBML一个处理SBML的灵活Java库&
jSquid一个图形化在线网络浏览Java小程序&
JViz.Rna一个RNA二级结构可视化Java工具&
KEGGgraph一种用R和bioconductor绘制KEGG PATHWAY的图形方法&
KEGGtranslator可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式&&
KGML-EDKEGG通路图的动态浏览和编辑&
LeARN检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台&
limmaGUI一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面&
LogoBar带有空位的蛋白质logos柱状图可视化&
MACS基于模型的ChIP-Seq峰识别软件&
MAGIC Tool整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台&
MAnorm一个鲁棒的ChIP-Seq数据集定量比较模型&
MapView台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序）&
Mayday一个微阵列数据分析工作台&
medpie一个医学留言板帖子信息提取程序包&
MeQA一个MeDIP-seq数据质量评估和分析流程&
MethLAB一个基于阵列的DNA甲基化数据分析的图形用户界面程序包&
Methyl-Analyzer一个分析全基因组DNA甲基化数据的Python包&
Mfuzz一个微阵列数据软聚类软件包&
MicroRazerS小RNA片段的快速比对&
miRExpress分析高通量测序数据以绘制microRNA表达谱&
miRDeep-P一种分析植物中microRNA转录组的计算工具&
miRDeepFinder一个植物小RNAs深度测序分析工具&
miRNAkey一个microRNA深度测序分析软件&
MochiView用于基因组浏览和DNA motif分析的多功能软件&
MOF微阵列异常值过滤R函数以辅助不成功阵列的识别&
Mosaic获得有生物学意义的复杂网络&
MutationFinder一个从文本中提取点突变提及的高性能系统&
NGS QC Toolkit一个下一代测序数据质量控制工具包&
NGSView一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器&
NLProt从论文中提取蛋白质名字和序列&
NMPP用户可定制的NimbleGen微阵列数据处理流程&
NPS用人类中的表观标记，从ChIP-Seq中识别定位的核小体&
NTAPNimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析&
OBO Explorer一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器&
OMERO灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理&
OMPC一个开源的MATLAB到Python编译器&
OpenStructure一个C++编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口&
Osprey一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台&
p3d用于结构生物信息学的Python模块&
PathBuilder注释和开发通路资源的开源软件&
PathCase在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统&
PatMaN快速比对短序列到大型数据库上&
PaVESy生物通路编辑和可视化数据管理系统&
PDB Editor一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器&
PeakRanger一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器&
Phybase一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包&
PileLineGUI一个处理下一代测序研究中基因组位置文件的桌面环境&
PIQAIllumina G1基因组分析器数据质量评估流程&
PRIDEViewer一个可视化PRIDE XML文件的新的用户友好的界面&
ProbKnot包含假结的RNA二级结构的快速预测&
PsychoPy一个Python编写的心理物理学软件&
PURE一个基于内容过滤的PubMed文章推荐系统&
Pybedtools一个操作基因组数据集和注释的灵活Python库&
PYCHEM多变量分析Python包&
pymzML质谱数据高通量生物信息学Python模块&
pySolo一款完整的果蝇睡眠分析套件&
QuESTChIP-Seq转录因子结合位点的全基因组分析&
R453Plus1Toolbox一个分析罗氏454测序数据的R/Bioconductor包&
RefPlus扩展RMA算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响&
RGG一个适用于R脚本的通用GUI框架&
rHVDM一个预测转录因子活性和靶点的R包&
RightField将本体论注释嵌入到电子表格中&
Ringo一个分析ChIP-chip数据的R/Bioconductor包&
RINS高通量测序数据集中非人类序列的快速识别&
rMAT一个分析ChIP-chip试验的R/Bioconductor包&
RNA-SeQCRNA-seq质量控制和过程优化度量&
RNAmuteRNA二级结构突变分析工具&
RNAplex一个RNA-RNA相互作用快速搜索工具&
Robin一个基于R的表达微阵列定量评估和分析的直观安装向导应用程序&
rpy2使用Python方便地调用Bioconductor处理注释数据，微阵列数据和下一代测序数据&
RseqFlowRNA-Seq数据分析流程&
Ruffus一个轻量级的计算流程绘制Python库&
S-MART一个辅助RNA-seq数据分析软件工具箱&
SAMStat下一代测序比对SAM文件结果统计，监测下一代测序数据中的偏差&
SAMtools处理序列比对结果SAM格式的软件&
SBML2LaTeX将SBML文件转换为人类可读的报告&
segemehl重亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对&
Sequence to Structure从序列到结构显示、操作和互相连接RNA数据&
Sfixem用Java进行图形化序列特征展示&
ShortRead一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的Bioconductor包&
SICER一种识别来自组蛋白修饰ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法&
sigterms链接基因表达谱结果和microRNA靶点预测公共数据库&
Simrank快速且敏感的通用k-mer搜索工具&
SOAP短寡核苷酸比对程序&
SOAP2一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP改进版），更快，更少内存使用&
SOAP3超快的基于GPU的短片段并行比对工具&
SpotXplore在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索&
StampyIllumina测序片段的敏感且快速比对&
STE浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件&
STEM一个短时间序列基因表达数据分析工具&
STELLAR快速且准确的局部比对&
SVA序列变异分析器：注释和可视化测序的人类基因组&
T-PIC基于形状的ChIP-Seq峰识别&
tacg一个适用于DNA的模式匹配软件&
Tabix从通用TAB分割的文件中快速检索序列特征&
Tablet下一代序列装配可视化工具&
TabSQL基于MySQL的应用工具，查看、过滤和查询多行数据文件，并连接到公共数据库&
TileQC基于tile的Solexa数据质控系统&
TileShuffle嵌合阵列数据中差异表达片段的检测&
TimeClust一个基因表达时间序列分析聚类工具&
TimeView高效比较和可视化来自微阵列实验的多个时间数据集（MATLAB)&
Tmod整合12种motif发现程序为一体的motif发现工具箱&
TreeViewJ一个查看和分析系统发生树的应用程序&
Treevolution进化树的可视化分析&
UMLS-Query查询UMLS（统一医学语言系统）的一个perl模块&
Unipro UGENE一个协助分子生物学家管理、分析和可视化数据的统一生物信息学工具包&
uShuffle一个洗牌生物序列而保留k-let计数的有用工具&
VANTED一个在生物学网络背景中进行高级数据分析和可视化的系统&
VARNARNA二级结构的交互式绘制和编辑&&
VennDiagram一个高度可定制的文氏图和欧拉图生成R包&
Velvet操作de Bruijn图进行从头短序列基因组装配&
VennMaster广义的文氏图，一种可视化复杂遗传集合关系的新方法&
ViTO蛋白质序列-结构比对精化工具&
WordCloud一个创建网络可视化语义概要的Cytoscape插件&
XYLab一个混合多元数据观察和解释的交互式绘图工具&
Zerg一个非常快速的BLAST解析器库&
ZFIQZFIQ（斑马鱼影像定量器）：一个斑马鱼生物学软件包&
ZOOM快速比对大量短片段到参考基因组&
一、表示数量的词素
　　1.haplo,mono,uni：单，一，独haploid单倍体monoxide一氧化碳monoatomic单原子的
　　2.bi,di,dipl,twi,du:：二，双，两，偶biocolor双色,dichromatic双色的,diplobacillus双杆菌dikaryon双核体
一、&表示数量的词素&
　　1.&haplo,mono,uni&：单，一，独&haploid&单倍体&monoxide一氧化碳&monoatomic单原子的&
　　2.&bi,di,dipl,twi,du&:：&二，双，两，偶&biocolor&双色,dichromatic&双色的,diplobacillus&双杆菌&dikaryon&双核体&&
　　twin&：孪生&dual&双重的&
　　3.&tri&:三，丙&triangle三角&triacylglycerol三酰甘油&tricarboxylic&acid&cycle&三羧酸循环&
　　4.&quadri,quadru,quart,tetr,tetra：四&quadrilateral四边的&quadrivalent四价的&quadruped四足动物tetrode四极管&tetracycline四环素&
　　5.&pent,penta,quique五&pentose戊糖pentagon五角形pentane戊烷quintuple&五倍的&pentose戊糖&pentomer五邻粒&
　　6.&hex,hexa,sex&六&hexose已糖&hexapod六足动物hexapoda昆虫纲&hexamer六聚体&
　　7.&hepta,sept(i)&七&heptane&庚烷&heptose&庚糖&heptoglobin七珠蛋白&
　　8.&oct八&octpus&章鱼&octagon八角形&octane&辛烷&octase&辛糖&
　　9.&enne,nona九&nonapeptide&九肽&enneahedron&九面体&
　　10.&deca,deka&十&:decapod&十足目动物&decahedron&十面体&decagram&十克&
　　11.&hecto,&百&hectometer百米&hectoliter百升&hectowatt&百瓦&
　　12.&kilo,千&kilodalton&(KD)&千道尔顿&kilobase&千碱基&kiloelectron&volt&千电子伏特&
　　13.&deci,十分之一，分&decimeter&分米decigram&十分之一克&
　　14.&centi,百分之一&
　　15.&milli,千分之一，毫millimole&毫摩（尔）milliliter&毫升&
　　16.&micro,百万分之一，微，微小，微量microgram微克&microogranism微生物microecology微生态学micropipet微量移液器&
　　17.&nano十亿分之一，毫微，纳nanosecond十亿分之一秒nanometer纳米&
　　18.&demi,hemi,semi半&demibariel&半桶&hemicerebrum&大脑半球semiopaque半透明&semi-allel半等位基因&semi-conductor半导体&
　　19.&holo&全，整体，完全&holoenzyme&全酶holoprotein全蛋白&holocrine全（质分）泌&
　　20.&mega巨大，兆，百万&megaspore大孢子，megabasse兆碱基megakaryocyte巨核细胞megavolt兆伏&megalopolitan特大城市&
　　21.&macro&大，巨大，多macrophage巨噬细胞macrogamete大配子macroelement常量元素&macromolecular大分子&
　　22.&poly,multi,mult&多，复合polyacrylate聚丙烯酸酯&polymerase&聚合酶&multichain多链的multinucleate&多核的&multicistronic&mRNA多顺反子mRNA&multicopy多拷贝&
　　二、&表示颜色的词素&
　　1&chrom颜色&&
　　chromophore生色团&chromosome染色体&chromatography色谱法&
　　2&melan,melano,nigr&黑&
　　melanoma黑素瘤melanin黑色素melanophore黑色素细胞&
　　3&xantho,flavo,fla,flavi,lute黄&
　　xanthophyl叶黄素&xanthous黄色的，黄色人种xathine黄嘌呤&flavin(e)黄素flavone黄酮&letein黄体素，叶黄素flavin&adenine&dinucleotide(FAD)黄素腺嘌呤二核苷酸&
　　4&erythro,&rub,&rubrm,&ruf,红&&
　　erythrocyte红细胞erythromycin红霉素erythropoitin(EPO)促红细胞生成素&&
　　5&chloro,chlor绿，氯&
　　chlorophyll叶绿素&chloride氯化物chloramphenicol氯霉素&
　　6&cyan,cyano&蓝，青紫色，氰&
　　cyanophyceae&蓝藻纲&cyanobacteria蓝细菌cyanide氰化物&
　　7&aur,glid,chrys金色&&
　　aureomycin金霉素chrysose&金藻淀粉&chrysanthemum菊花&glidstone&金沙石&glid&镀金&
　　8&leu,leuco,leuk,leuko,blan,alb无色，白色&&
　　leucine亮氨酸&leukaemia=leucosis白血病bleaching&powder漂白粉&albomycin白霉素&
　　三、&表示摄食的词素&
　　1&&vore&食&&动物，-vorous食&&动物的&&
　　algivore食藻动物&carnivore&食肉动物herbivore&食草动物&omnivore&杂食动物&&
　　2-phage吃（食）食&&生物（体）-phagous吃（食）&&的&&
　　phage噬菌体phagocyte&吞噬细胞&zoophage食肉动物saprophage腐食者&
　　四表示方位和程度的词素&
　　1&endo,ento,内，在内&&
　　endocrine内分泌endocytosis胞吞作用&endogamy近亲繁殖&endolysin内溶素&entoderm内胚层&
　　2&ec,&ect,&exc,&extra&外，外面，表面&
　　ectoblast外胚层&ectoparasite&外寄生生物&extract&抽取，浸出&
　　3&meso&中，中间&
　　mesosphere&中圈，中层&mesoplast&中胚层质&
　　4&intra,intro,inter&在内，向内&
　　intra-allelic&interaction&等位基因内相互作用&intracellular（细）胞内的interurban城市之间&
　　5&centri,centro,medi,mid&中心，中央，中间&
　　centrifuge离心&centriole&中心粒centrosome&中心体&centrogeng着丝基因&
　　6&epi,peri&上，外，旁&
　　epidermal&growth&factor(EGF):&表皮生长因子&epibranchial上鳃的perilune近月点&
　　7&sub,suc,suf,sug&下，低，小&
　　suborder&亚目&submucosa粘膜下层subclone亚克隆&subcellular亚细胞&subsection小节，分部&
　　8&super,supra&上，高，超&
　　superconductor超导体&superfluid&超流体&superoxide&超氧化物&supramolecular超分子的&
　　9&hyper&超过，过多&&
　　hypersensitive&过敏的&hyperelastic&超弹性的hypertension&高血压&hyperploid&超倍体&
　　10&hypo下，低，次&
　　hypoglycaemia&低血糖&hypotension低血压hypophysis脑下垂体&
　　11&iso&等，相同，同&
　　iso-osmotic等渗的isopod等足目动物&isotope同位素&
　　12&oligo，olig少，低，寡，狭&
　　oligohaline&狭盐性&oligogene寡基因&oligomer寡聚体&oligophagous寡食性&oligarchy寡头政治&
　　13&eury&多，宽，广&
　　eurythermal&广温的&euryhaline广盐性eurytopic&species广幅种&
　　14&ultr&超&&
　　ultra-acoustics&超声学ultra-structure超微结构ultroviolet紫外线&
　　15&infra&下，低，远&
　　infralittoral&潮下带，远岸的&infrahuman类人生物infrared红外线的&infrastructure基础结构，基本结构&
　　五&表示动物不同器官和组织的词素&
　　1&cephal,capit,cran&头，头颅&
　　2&cyte&细胞&
　　3&carn,my,mya,myo,肉，肌肉&
　　4&haem,haemat,hem,aem,sangul&血&
　　5&soma,corp&体，身体&
　　6&some,plast&体，颗粒&
　　7&hepa,hepat&肝&heparin&肝素&hepatopancreas肝胰腺&hepatocyte&肝细胞&hepatoma肝癌&
　　8&ren,nephr&肾adrnal肾上腺的&nephridia肾管&nephron肾单位&&
　　9&card,cord&心&cardiotoxin&心脏毒素&cardiovascular&center&心血管中枢&electrocardiogram心电图&concord一致，和谐&
　　10&ophthalm,ocell,ocul&眼&ophthalmology眼科学&ophthalmia眼炎&ophthalmologist眼科专家&
　　11&branchi&鳃&filibranch丝鳃&lamellibrnch瓣鳃&sencondary&branchium次生鳃&
　　12&brac&,brachi&腕，手臂&brachiolaria&短腕幼虫brachionectin臂粘连蛋白&bracelet手镯&
　　13&dent,odont&牙齿&dentin牙质&odontphora&齿舌&odontoblast成牙质细胞&
　　14&plum羽&plumatus&羽状的&plumule绒毛&plumage&（鸟的）羽毛&
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