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串联质谱蛋白质鉴定关键计算问题.pdf17页
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第 8 卷第 1 期 信息技术快报
Vol.8 No.1Information Technology Letter Jan. 2010
串联质谱蛋白质鉴定的关键计算问题
付岩 贺思敏 孙瑞祥 王乐珩
摘要: 蛋白质鉴定是蛋白质组学研究的基础问题,而利用串联质谱搜索蛋白质序列数据库是目前蛋白质鉴
定最成功和最常用的方法。蛋白质鉴定软件本质上是一个信息检索系统,具有检索系统的共性,但与文本
或多媒体检索相比,又有其非常特殊之处,比如对检索结果进行可靠性评估是蛋白质鉴定必不可少的一步,
而这对于其它检索问题往往是不需要的。本文综述蛋白质鉴定搜索引擎中的关键计算问题及其研究进展,
包括数据库搜索匹配打分、鉴定结果可靠性统计评估、蛋白质修饰鉴定等,并对我们自己研制的蛋白质鉴
定搜索引擎 pFind做简要介绍。
关键词:生物信息学;蛋白质鉴定;质谱;信息检索;pFind
2001年 2 月,人类基因组计划Human Genome Project, HGP组织和美国 Celera 公司分
别在《自然(Nature)》和《科学(Science)》上公布了人类基因组工作草图及初步分析结果。
人类基因组测序工作的基本完成,标志着后基因组时代的到来,生命科学的研究在寻找新的
生长点。2001 年 4 月在美国成立了以国际合作研究蛋白质组为主要任务的人类蛋白质组组
织Human Proteome Organization, HUPO,随后各种蛋白质组计划相继展开,包括美国主导
的人类血液蛋白质组计划,中国主导的人类肝脏蛋白质组计划,德国主导的人类脑蛋白质组
计划等等。同时,针对其它各种生物体的蛋白质组研究也在世界各地广泛开展起来 。中国
政府将蛋白质科学列为《国家中长期科学与技术发展纲要》四个重大科学计划之一,作为我
国 2006 年到 2020 年期间生命科学的研究主题。
“蛋白质组” Proteome一词最早是由威金斯(Wilkins)等人
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【求助】关于质谱溶剂的问题~急！
本人做DMF（二甲基甲酰胺）降解代谢途径，它是有机溶剂，现在想用气质了解中间产物，可是样品DMF水溶液中有盐份（Nacl,磷酸盐），怕用气质会堵管子，怎么样可以除去盐分上气质，请高人指点怎么做预处理。
做液液分配或者过固相萃取柱 Originally posted by seagu1008 at
本人做DMF（二甲基甲酰胺）降解代谢途径，它是有机溶剂，现在想用气质了解中间产物，可是样品DMF水溶液中有盐份（Nacl,磷酸盐），怕用气质会堵管子，怎么样可以除去盐分上气质，请高人指点怎么做预处理。 如果你只是想定性分析的话，我觉得可以用油泵减压蒸馏，蒸出一些液体进行分析，或者用其它非水溶剂进行萃取（该溶剂不溶解盐类）。如果需要定量的话此法不行。 过一下离子交换柱 就行
var cpro_id = 'u1216994';
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＞＞＞烃A是一种重要的基本化工原料，用质谱法测得其相对分子质量为28．..
烃A是一种重要的基本化工原料，用质谱法测得其相对分子质量为28．如图是以A为原料合成药物中间体E和树脂K的路线．已知：I．II．（1）A中官能团的结构简式是______．（2）B→C的化学方程式为______．（3）E的分子式为C4H8O．下列关于E的说法正确的是______（填字母序号）．a．能与金属钠反应b．分子中4个碳原子一定共平面c．一定条件下，能与浓氢溴酸反应d．与CH2=CHCH2OCH2CH3互为同系物（4）G→H涉及到的反应类型有______．（5）I的分子式为C4H6O2，其结构简式为______．（6）J→K的化学方程式为______．（7）写出与E具有相同官能团的所有同分异构体的结构简式：______（不考虑顺反异构，不考虑-OH连在双键碳上的结构）．
题型：填空题难度：中档来源：海淀区二模
A的相对分子质量为28，能发生加成反应，应为CH2=CH2，B为BrCH2CH2Br，结合信息Ⅰ可知C为CH2=CHBr，D为CH2=CHMgBr，E为CH2=CHCH2CH2OH，A和水发生加成反应生成F为CH3CH2OH，G为CH3CHO，由信息Ⅱ可知H为CH3CH=CHCHO，I为CH3CH=CHCOOH，J为CH3CH=CHCOOCH3，K为，（1）由以上分析可知A为CH2=CH2，含有的官能团为，故答案为：；（2）B为BrCH2CH2Br，C为CH2=CHBr，B生成C的方程式为BrCH2CH2Br+NaOH△醇CH2=CHBr+NaBr+H2O，故答案为：BrCH2CH2Br+NaOH△醇CH2=CHBr+NaBr+H2O；（3）E为CH2=CHCH2CH2OH，含有C=C，能发生加成反应，含有-OH，能与Na发生反应生成氢气，与CH2=CHCH2OCH2CH3结构不同，不是同系物，分子中只有3个C原子在同一个平面上，故答案为：ac；（4）由信息Ⅱ可知G→H涉及到的反应类型有加成反应、消去反应，故答案为：加成反应、消去反应；（5）由以上分析可知I为CH3CH=CHCOOH，故答案为：CH3CH=CHCOOH；（6）J为CH3CH=CHCOOCH3，含有碳碳双键，可发生加聚反应，反应的方程式为，故答案为：；（7）E为CH2=CHCH2CH2OH，与E具有相同官能团的所有同分异构体为，故答案为：．
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据魔方格专家权威分析，试题“烃A是一种重要的基本化工原料，用质谱法测得其相对分子质量为28．..”主要考查你对&&有机物的合成，有机物的推断&&等考点的理解。关于这些考点的“档案”如下：
现在没空？点击收藏，以后再看。
因为篇幅有限，只列出部分考点，详细请访问。
有机物的合成有机物的推断
有机物的合成:有机合成过程主要包括两个方面，其一是碳原子骨架的变化，例如碳链的增长和缩短、链状和环状的互相转化；其二是官能团的引入和消除、官能团的衍变等变化。解答有机物的合成相关题目的方法:考查有机合成实质是根据有机物的性质，进行必要的官能团反应，从而达到考查官能团性质的目的。因此，要想熟练解答此类问题，须掌握如下知识： (1)官能团的引入：&&&&在有机化学中，卤代烃可谓烃及烃的衍生物的桥梁，只要能得到卤代烃，就可能得到诸如含有羟基、醛 基、羧基、酯基等官能团的物质。此外，由于卤代烃可以和醇类相互转化，因此在有机合成中，如果能引入羟 基，也和引入卤原子的效果一样，其他有机物都可以信手拈来。同时引入羟基和引入双键往往是改变碳原子骨 架的终南捷径，因此官能团的引入着重总结羟基、卤原子、双键的引入。 ①引入羟基（-OH） A. 醇羟基的引入：烯烃与水加成、卤代烃水解、醛（酮）与氢气的加成、酯的水解等。 B. 酚羟基的引入：酚钠盐过渡中通入CO2，的碱性水解等。 C. 羧羟基的引入：醛氧化为酸（被新制Cu(OH)2悬浊液或银氨溶液氧化）、酯的水解等。 ②引入卤原子：烃与卤素取代、不饱和烃与HX或X2加成、醇与HX取代等。 ③引入双键：某些醇或卤代烃的消去引入C=C键、醇的氧化引入C=O键等。 (2)官能团的消除： ①通过加成消除不饱和键。 ②通过消去、氧化或酯化等消除羟基（-OH） ③通过加成或氧化等消除醛基（-CHO） (3)官能团间的衍变：&可根据合成需要（或题目中所给衍变途径的信息），进行有机物官能团的衍变，以使中间物向产物递进。常见方式有以下三种： ①利用官能团的衍生关系进行衍变：如以丙烯为例，看官能团之间的转化： 上述转化中，包含了双键、卤代烃、醇、醛、羧酸、酯高分子化合物等形式的关系，领会这些关系，基本可 以把常见的有机合成问题解决。 ②通过某种化学途径使一个官能团变为两个，如 ③通过某种手段，改变官能团的位置：如：(4)碳骨架的变化： ①碳链增长：若题目中碳链增长，课本中目前的知识有：酯化反应、氨基缩合反应、不饱和结构与HCN的加 成反应、不饱和化合物间的聚合，此外常由信息形式给出，例如羟醛缩合反应、卤代烃与金属钠反应等。 例如：&& ②碳链变短：碳链变短的形式有烃的裂化裂解，某些烃（如烯烃、苯的同系物）的氧化、羧酸及盐的脱羧反应等。 例如：&③链状变环状：不饱和有机物之间的加成，同一分子中或不同分子中两个官能团互相反应结合成环状结构。 例如，－OH与－OH间的脱水、羧基和羟基之间的反应、氨基和羧基之间的反应等。 ④环状变链状：酯及多肽的水解、环烯的氧化等。当然，掌握上述相关知识后，还要分析要合成的有机物的结构，对比官能团与所给原料的官能团的异同，展开联想，理清衍变关系。同时深入理解并充分运用新信息要注意新信息与所要求合成的物质间的联系，找出 其结合点或共同性质，有时根据需要还应从已知信息中通过对比、分析、联想，开发出新的信息并加以利用。 有机物推断的一般方法： ①找已知条件最多的，信息量最大的。这些信息可以是化学反应、有机物性质（包括物理性质）、反应条件、实验现象、官能团的结构特征、变化前后的碳链或官能团间的差异、数据上的变化等等。 ②寻找特殊的或唯一的。包括具有特殊性质的物质（如常温下处于气态的含氧衍生物--甲醛）、特殊的分子式（这种分子式只能有一种结构）、特殊的反应、特殊的颜色等等。 ③根据数据进行推断。数据往往起突破口的作用，常用来确定某种官能团的数目。 ④根据加成所需的量，确定分子中不饱和键的类型及数目；由加成产物的结构，结合碳的四价确定不饱和键的位置。 ⑤如果不能直接推断某物质，可以假设几种可能，结合题给信息进行顺推或逆推，猜测可能，再验证可能，看是否完全符合题意，从而得出正确答案。 推断有机物，通常是先通过相对分子质量，确定可能的分子式。再通过试题中提供的信息，判断有机物可能存在的官能团和性质。最后综合各种信息，确定有机物的结构简式。其中，最关键的是找准突破口。 根据反应现象推知官能团:①能使溴水褪色，可推知该物质分子中可能含有碳碳双键、三键或醛基。 ②能使酸性高锰酸钾溶液褪色，可推知该物质分子中可能含有碳碳双键、三键、醛基或为苯的同系物。 ③遇三氯化铁溶液显紫色，可推知该物质分子含有酚羟基。 ④遇浓硝酸变黄，可推知该物质是含有苯环结构的蛋白质。 ⑤遇I2水变蓝，可推知该物质为淀粉。 ⑥加入新制氢氧化铜悬浊液，加热，有红色沉淀生成；或加入银氨溶液有银镜生成，可推知该分子结构有-CHO即醛基。则该物质可能为醛类、甲酸和甲酸某酯。 ⑦加入金属Na放出H2，可推知该物质分子结构中含有-OH或-COOH。 ⑧加入NaHCO3溶液产生气体，可推知该物质分子结构中含有-COOH或-SO3H。 ⑨加入溴水，出现白色沉淀，可推知该物质为苯酚或其衍生物。 根据物质的性质推断官能团:能使溴水褪色的物质，含有C=C或CC或-CHO；能发生银镜反应的物质，含有-CHO；能与金属钠发生置换反应的物质，含有－OH、－COOH；能与碳酸钠作用的物质，含有羧基或酚羟基；能与碳酸氢钠反应的物质，含有羧基；能水解的物质，应为卤代烃和酯，其中能水解生成醇和羧酸的物质是酯。但如果只谈与氢氧化钠反应，则酚、羧酸、卤代烃、苯磺酸和酯都有可能。能在稀硫酸存在的条件下水解，则为酯、二糖或淀粉；但若是在较浓的硫酸存在的条件下水解，则为纤维素。 (4)根据特征数字推断官能团 ①某有机物与醋酸反应，相对分子质量增加42，则分子中含有一个－OH；增加84，则含有两个－OH。缘由－OH转变为-OOCCH3。 ②某有机物在催化剂作用下被氧气氧化，若相对分子质量增加16，则表明有机物分子内有一个－CHO（变为－COOH）；若增加32，则表明有机物分子内有两个－CHO（变为－COOH）。 ③若有机物与Cl2反应，若有机物的相对分子质量增加71，则说明有机物分子内含有一个碳碳双键；若增加142，则说明有机物分子内含有二个碳碳双键或一个碳碳叁键。 根据反应产物推知官能团位置:①若由醇氧化得醛或羧酸，可推知－OH一定连接在有2个氢原子的碳原子上，即存在-CH2OH；由醇氧化为酮，推知－OH一定连在有1个氢原子的碳原子上，即存在； 若醇不能在催化剂作用下被氧化，则－OH所连的碳原子上无氢原子。 ②由消去反应的产物，可确定－OH或－X的位置 ③由取代反应产物的种数，可确定碳链结构。如烷烃，已知其分子式和一氯代物的种数时，可推断其可能的结构。有时甚至可以在不知其分子式的情况下，判断其可能的结构简式。 ④由加氢后碳链的结构，可确定原物质分子C=C或CC的位置。 根据反应产物推知官能团的个数:①与银氨溶液反应，若1mol有机物生成2mol银，则该有机物分子中含有一个醛基；若生成4mol银，则含有二个醛基或该物质为甲醛。 ②与金属钠反应，若1mol有机物生成0.5molH2，则其分子中含有一个活泼氢原子，或为一个醇羟基，或酚羟基，也可能为一个羧基。 ③与碳酸钠反应，若1mol有机物生成0.5molCO2，则说明其分子中含有一个羧基。 ④与碳酸氢钠反应，若1mol有机物生成1molCO2，则说明其分子中含有一个羧基。 根据反应条件推断反应类型:①在NaOH水溶液中发生水解反应，则反应可能为卤代烃的水解反应或酯的水解反应。 ②在氢氧化钠的醇溶液中，加热条件下发生反应，则一定是卤代烃发生了消去反应。 ③在浓硫酸存在并加热至170℃时发生反应，则该反应为乙醇的消去反应。 ④能与氢气在镍催化条件下起反应，则为烯、炔、苯及其同系物、醛的加成反应（或还原反应）。 ⑤能在稀硫酸作用下发生反应，则为酯、二糖、淀粉等的水解反应。 ⑥能与溴水反应，可能为烯烃、炔烃的加成反应。
根据反应类型推断官能团：利用官能团的衍生关系进行衍变(从特定的转化关系上突破)：（1）（2）芳香化合物之间的相互转化关系
发现相似题
与“烃A是一种重要的基本化工原料，用质谱法测得其相对分子质量为28．..”考查相似的试题有：
1353301027591036708086172091245811&您现在的位置：&>&&>&&>&
共有&28&人回复了该问答新手气质遇到大问题
热电的dsq2&
全扫全是毛刺，sim才有峰，前段时间仪器被人用dmf跑过一针药物。是不是离子源被污染了？是不是柱子不行了？刚换没多久的新柱子。
快速回复【花三五分钟，帮别人解决一个问题，快乐自己一天！】
回复于： 10:32:06
跑0.01的，直接不出峰了。
回复于： 11:26:02
今年已经被热电的质谱折腾疯了，刚修好了分子涡轮泵，现在气体校正模块又失灵了，需要维修......
回复于： 11:54:07
第一张图看不到左边标尺
回复于： 12:09:47
原文由 forth(forth) 发表:第一张图看不到左边标尺& 请问 能从左边标尺看到什么信息呢 ？需要看哪个参数？
回复于： 12:16:13
原文由 风宁江(v2886868) 发表:原文由 forth(forth) 发表:第一张图看不到左边标尺& 请问 能从左边标尺看到什么信息呢 ？需要看哪个参数？看锯齿波动范围
回复于： 12:35:45
E4的基线，不能说很离谱。0.01SIM，通常组份，不能说有把握出峰。
回复于： 13:43:15
打开tune界面，看看空气水峰、背景、PFTBA的质谱峰正常不？如果都正常，说明质谱部分（包括离子源）没有问题。就你的第二张SIM的图来看，我觉得你的质谱没有问题。感觉是你的标样的浓度太低，或者进样口的分流开太大，全扫描的灵敏度本来就比不上SIM。用全扫描的数据提取离子看看，EIC图上有峰就没问题。如果EIC图上也没有峰，提高标样浓度再试试看。如果同样浓度的标样，以前出峰，现在不出峰。两个可能：1、标样失效，需要重新配置标样。2、进样口需要维护，更换衬管，必要时切割色谱柱进样口端。
回复于： 13:55:35
原文由ruan651209发表： E4的基线，不能说很离谱。0.01SIM，通常组份，不能说有把握出峰。走了一个序列0.01& 0.02 0.05 0.1 0.5&
到0.5才有峰出来，测的是扑草净& 热电的气质不能够灵敏度这么低吧。
回复于： 13:56:48
原文由ruan651209发表： E4的基线，不能说很离谱。0.01SIM，通常组份，不能说有把握出峰。到了0.5才出明显的峰，这可让我怎么扩项啊。
回复于： 17:20:35
原文由 风宁江(v2886868) 发表:]走了一个序列0.01& 0.02 0.05 0.1 0.5&
到0.5才有峰出来，测的是扑草净& 热电的气质不能够灵敏度这么低吧。单极的，T家灵敏度可说最高，但限于新机。LZ要做的是找出现用机和新机的差别并调整。
回复于： 23:19:36
谱图上看不到纵坐标，不过从图形上看应该是基线。
回复于： 23:46:47
原文由matt_zheng发表： 谱图上看不到纵坐标，不过从图形上看应该是基线。纵坐标就是0-100呀
回复于： 10:38:41
灵敏度降低了。感觉硬件出现问题的可能性很小。这种情况99%以上都是使用和维护的问题，当然无法完全排除硬件问题。1、85%的问题都是进样口的问题，这话可不是我说的，建议垫片石墨垫衬管全套更换，柱子切去一段。如果十字平板用的过久也可以考虑更换或清洗。2、充分抽真空。3、换个其他物质，正常使用的标物进一下，如果正常，那您就冤枉机器了小心他投诉你，是标准溶液的问题。4、如果离子源太久没清洗要考虑清洗了。
回复于： 10:43:29
楼上说的齐全了，T　家是分流锥，也可以清洗下。
回复于： 14:07:21
原文由 hhfyy(hhfyy) 发表:灵敏度降低了。感觉硬件出现问题的可能性很小。这种情况99%以上都是使用和维护的问题，当然无法完全排除硬件问题。1、85%的问题都是进样口的问题，这话可不是我说的，建议垫片石墨垫衬管全套更换，柱子切去一段。如果十字平板用的过久也可以考虑更换或清洗。2、充分抽真空。3、换个其他物质，正常使用的标物进一下，如果正常，那您就冤枉机器了小心他投诉你，是标准溶液的问题。4、如果离子源太久没清洗要考虑清洗了。好的 谢谢你 我已经重新安装了柱子 和 进样口换了垫子和称管& 下周一来开机 期待一下效果
回复于： 0:11:26
原文由 xiaowei_zhuang(xiaowei_zhuang) 发表:今年已经被热电的质谱折腾疯了，刚修好了分子涡轮泵，现在气体校正模块又失灵了，需要维修......换安捷伦的，好使
回复于： 8:31:33
原文由 有点无聊(v2672160) 发表:原文由 xiaowei_zhuang(xiaowei_zhuang) 发表:今年已经被热电的质谱折腾疯了，刚修好了分子涡轮泵，现在气体校正模块又失灵了，需要维修......换安捷伦的，好使哈哈，您的回帖太有意思了。和您的ID名字一样：带点幽默有点无聊。。。
回复于： 8:34:54
原文由 有点无聊(v2672160) 发表:换安捷伦的，好使我也觉得确实是无聊回贴，是否是江湖中传说的高级黑呀。
回复于： 11:09:23
原文由 风宁江(v2886868) 发表:原文由ruan651209发表： E4的基线，不能说很离谱。0.01SIM，通常组份，不能说有把握出峰。走了一个序列0.01& 0.02 0.05 0.1 0.5&
到0.5才有峰出来，测的是扑草净& 热电的气质不能够灵敏度这么低吧。有可能是进样口或者离子源被污染了。换衬管，隔垫再试试。
回复于： 20:03:06
咋叫有意思？
回复于： 23:14:03
原文由 有点无聊(v2672160) 发表:咋叫有意思？刚好六个字，够简洁。试图说明一个问题，可以列一些你的根据。比如你觉得安捷伦的好，好在哪里。这里不是聊天栏
回复于： 22:41:45
原文由 fwonder(fwonder) 发表:[quote]原文由 有点无聊(v2672160) 发表:咋叫有意思？刚好六个字，够简洁。试图说明一个问题，可以列一些你的根据。比如你觉得安捷伦的好，好在哪里。这里不是聊天栏废话多了还懒得看的，好用肯定是在用过两家厂家设备后对比出来的，你没用过，我说再多的好，你还以为我是在推销产品，我们公司买了上千台安捷伦的气相/气质/液相，一致认为安捷伦好用。
回复于： 15:47:21
原文由 有点无聊(v2672160) 发表:废话多了还懒得看的，好用肯定是在用过两家厂家设备后对比出来的，你没用过，我说再多的好，你还以为我是在推销产品，我们公司买了上千台安捷伦的气相/气质/液相，一致认为安捷伦好用。不会啊，这些话相关性就很强啊，绝对不是废话。搞分析的嘛，什么都要用事实说话
回复于： 22:44:06
一般检查顺序，进样针，衬管，调谐，，老化柱子，清洗离子源，实在不行，打电话给客服
回复于： 11:23:15
原文由 有点无聊(v2672160) 发表:废话多了还懒得看的，好用肯定是在用过两家厂家设备后对比出来的，你没用过，我说再多的好，你还以为我是在推销产品，我们公司买了上千台安捷伦的气相/气质/液相，一致认为安捷伦好用。是不是买了很多五菱宏光的的运输公司，就有资格笑话奔驰车卖得太少了。
回复于： 13:31:03
不知道你用的什么柱子呢？如果是5MS，进DMF是没问题的。
回复于： 15:30:16
进样口污染了或者是柱子污染了或者是完全没进到样品
回复于： 5:40:27
原文由 有点无聊(v2672160) 发表:原文由 fwonder(fwonder) 发表:[quote]原文由 有点无聊(v2672160) 发表:咋叫有意思？刚好六个字，够简洁。试图说明一个问题，可以列一些你的根据。比如你觉得安捷伦的好，好在哪里。这里不是聊天栏废话多了还懒得看的，好用肯定是在用过两家厂家设备后对比出来的，你没用过，我说再多的好，你还以为我是在推销产品，我们公司买了上千台安捷伦的气相/气质/液相，一致认为安捷伦好用。这位大哥，你们公司买了上千台A的气相，气质和液相啊？？那你们单位也太有钱了，太牛啦。是不是搞错了，你们是卖了上千台？ 你们是经销商或者代理商吧？？？
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