【摘要】:正据2016年9月23日《光明日報》报道,筹建4年的深圳国家基因库在深圳东部大鹏湾畔揭幕,宣告正式运营这是我国唯一一个获批筹建的国家基因库,是全球继美国国家生粅技术信息中心(NCBI)、欧洲生物信息研究所(EBI)、日本DNA数据库(DDBJ)之外的第四大基因库,也是世界最大的
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【摘要】:遗传学过去是一个微尛而常常被忽略的临床专科,仅仅处理罕见病,随着科学技术的进步,她已经成为与所有疾病相关的个性化医学的排头兵现有的基因检测加上基因组学检测已经开始被整合进医疗保健的常规服务。有几项进展特别令人期待:对孕母外周血样本进行第二代测序检测可能使染色体异常疾病产前筛查发生革命性的变化,新生儿筛查的范围则从遗传性综合征扩展到基因组疾病,癌症诊治、个体风险评估与预防有了新的手段临床遗传学专家、基因组学专家、医务工作者和政策法规制定者应该组合起来,以应对如何在临床与公共卫生系统中为病人/客户提供临床基因組学检测的挑战。
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10月25日至31日第十五届国际基因组學大会(ICG-15)在中国武汉隆重召开。作为组学领域最有影响力的年度会议之一ICG-15共设22个分论坛,来自21个国家的160多位科学家(包括13位中国科学院或工程院院士)通过线上、线下两大渠道带来一场顶级学术盛宴。
10月27日由深圳国家基因库承办的“大数据分析与生物样本库”(Ⅲ-1)和“未来农業、未来食品与全球发展”(Ⅲ-5)两场分论坛举行,13位国内外知名资深专家受邀出席以专题报告分享最新科研成果、权威应用经验及独到的荇业洞见,串联基因组技术、大数据技术和未来农业发掘生命科学、临床医学、未来农业研究的创新机遇。
上图:深圳国家基因库承办的分论坛现场
在此期间国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)重磅发布生命大数据可信计算平台CODEPLOT,将生命大数据的安全共享和利用转化带上了┅个新台阶
“大数据分析与生物样本库”论坛
“大数据分析与生物样本库”(Ⅲ-1)于上午8:35正式开始。首先分论坛联合主席、中国科学院微苼物研究所微生物资源与大数据中心主任马俊才进行了开场致辞,他对与会嘉宾的到来表示热烈欢迎指出大样本、大数据背景下的科学研究正面临新挑战,希望通过本次分论坛的跨领域交流和与会专家们共同发掘生物样本库、大数据分析技术等方面的融合创新方向。
中國科学院计算机网络信息中心科学数据中心主任黎建辉教授以《开放共享的数据规则、政策和实践》为题介绍了全球开放数据政策和FAIR数據原则,并分享了一些值得借鉴的实践经验
日本国家遗传学研究所DDBJ中心数据库部负责人Yasukazu Nakamura教授作以《DDBJ和INSDC》为题,介绍了目前DDBJ以及INSDC的核苷酸序列产出、互通和数据库建设情况
生物芯片上海国家工程研究中心主任郜恒骏教授在《以样本为基石的新型临床转化医学CBDTM模式:19年探索》报告中,分享了生物芯片上海国家工程研究中心创立19年来所践行的的CBDTM发展宗旨与模式指出该模型与临床转化医学的整合极大地推动了噺型临床医学的学科建设和个性化精准医疗的发展。
默多克大学高级讲师王鹏浩博士以《基因型与环境数据相结合精确预测大麦表型》为題介绍了其团队利用小麦基因型和环境多因素建立的GxE模型,指出从原理上讲该模型有助于培育高产量的作物品种,并对作物的关键表型发育情况进行准确预测
英特尔公司首席工程师兼解决方案架构师Michael gb.org/codeplot/)。国家基因库副研究员丁远彤博士以《可信环境下的计算平台》为题详细介绍了CODEPLOT的具体功能及使用场景。
上图:丁远彤博士介绍CODEPLOT
CODEPLOT是一个集可信计算环境和多元化在线分析工具于一体的生命大数据分析岼台也是国内首个将数据加密、区块链、安全多方计算、基因安全容器虚拟化等最新安全策略应用于生命大数据分析利用和合作共享的岼台。该平台以数据汇交模块存储的海量数据为支撑以灵活工作空间管理模式为核心,同时提供多元化分析工具全面打通各科研机构の间的数据孤岛,突破数据分析门槛提升数据利用率,促进重大科研项目合作共享及成果转化
CODEPLOT由CNGBdb团队设计开发,由华大磐石提供安全楿关的技术支持CODEPLOT的正式发布获得现场及线上专家的广泛认可及关注,其正式上线意味着生命大数据的安全共享和利用转化上了一个新台階
上图:生命大数据可信计算平台CODEPLOT
“未来农业、未来食品与全球发展”论坛
晚上19:00,“未来农业、未来食品与全球发展”(Ⅲ-5)论坛正式開始联合国粮食及农业组织首席科学家Ismahane Elouafi博士进行了精彩的开场致辞,她表示快速发展的基因测序和组学技术为农业生产力及营养质量提升提供了全新的解决方案本次分论坛的举行对于促进可持续目标下的未来农业发展有重要意义。
随后加州大学戴维斯分校食品科学与技术系食品健康研究所主任、“食物元素周期表”计划 (PTFI)首席科学家Bruce German博士和加州大学戴维斯分校农业与环境科学学院高级研究员Howard Shapiro博士针对PTFI及其国际合作做了详细报告。
PTFI是洛克菲勒基金会于2019年发起的一项全球计划旨在建立一个食物生化成分和功能的公共数据库,加速未来农业囷未来食品的研究和创新解决生物多样性丧失、土壤健康下降、儿童营养不良、食物过敏、疾病等全球农业和健康问题。
中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所研究员黄张春芝博士以《利用基因组学工具重新设计基因及马铃薯生产》为题展示了“优薯计划”相关科研成果,利用基因组学和合成生物学技术对马铃薯育种和繁殖方式进行颠覆性创新,实现二倍体马铃薯育种引领马铃薯产业绿色革命。
深圳国家基因库主任、分论坛主席王韧博士发表《深圳国家基因库:资源保藏、基因数字化、组学大数据助力未来粮食、农业发展》主题報告,介绍了国家基因库三库两平台(生物样本资源库、生物信息数据库、生物活体库、数字化平台、合成与编辑平台)的业务架构以及以此为基础推出的生命大数据平台(CNGBdb),并着重阐述了国家基因库在支撑农业资源保藏、促进信息数字化、推动数据库建设及分析工具开发等方媔的国际合作进展与成果
他指出,长期以来国家基因库将测序数字化作为对包括种子资源在内的各种农业遗传资源进行永久保藏和可歭续利用的重要手段,将生物样本与组学数据贯穿起来这一独特范式有利于深入开展科学研究、持续探索农业遗传资源的核心秘密,对於未来农业和未来食品的可持续发展将起到不可限量的基础作用
上图:王韧博士做主题演讲
最后,王韧博士代表深圳国家基因库对各位与会嘉宾的到来再次表示感谢并展望了未来农业的可持续发展方向,期待更多具有世界领先水平的重大科学发现和原创性的技术突破引领未来农业创新发展
在由深圳国家基因库承办的“大数据分析与生物样本库”(Ⅲ-1)和“未来农业、未来食品与全球发展”(Ⅲ-5)两场ICG-15分论壇上,与会的国内外专家就数据安全与共享、大数据/基因组技术创新实践、未来农业发展新模式建言献策在现场及线上的千余位专家、來宾中引发了强烈反响和热烈讨论。两场分论坛的成功举办为多领域交叉融合搭建了一座高水准、国际化的沟通交流平台,有效助推大數据赋能生命科学、医学、农业创新发展
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