1.降低孩子的免疫力：在市场上有佷多不良私人诊所打着保健灌肠疗法的招牌却用一些含有激素的药物对小儿进行灌肠，他们是为了达到更快的效果但是会影响孩子的身体本来的免疫系统，从而使抵抗力降低
2.引起过敏：很多医疗机构在灌肠使用药物时，不重视用药安全并没有给孩子们进行皮试检查。直接用药可能会导致体质敏感的孩子发生严重过敏反应
3.肠胃菌群环境失调：肠道内有许多细菌，这些细菌是维持肠道健康的重要角色灌肠很有可能会破坏这些有益菌的菌群环境，使肠道菌群失调会使肠道消化不良导致便秘或者腹泻等症状的出现。