飞船上那帮人真的是智商感人居然在宇宙里晃荡20年，让地球上的哥斯拉有2w年的时间慢慢长大改造地球就不知道在地球附近轨道慢慢观察發展科技吗，怕死的话也完全可以在月球背面建立基地

首先第三集接上第二集的結尾優子瀕死的時候，幸得雙子在附近趕到為她治療剛好脫離危險時期，但是納米金屬的侵蝕令她成為了機械哥斯拉唯一的生體單元就像德魯薩德星人一樣金屬化現象。

晴生因為優子瀕死的時候刺激了記憶喚醒了被艾克希夫星人視為記憶禁忌的基多拉。基多拉是艾克希夫煋人產生出來的禁忌能量體 只要有人記得衪，衪就等於接近不滅的存在就像神依賴人類對衪的信仰一樣。

基多拉以晴生為中心出現鈈止哥斯拉對衪有反應，連摩斯拉也馬上孵化出來迎戰

但是哥斯拉和摩斯拉都不敵基多拉強大的能量，而陷入劣勢

梅德菲斯認為造成這種局面是自己應該負全責，隨後跟優子駕駛禿鷲利用納米金屬侵蝕將亞種哥斯拉殘骸融合，成為新的機械哥斯拉迎戰

最後梅德菲斯犧牲自己將晴生從基多拉救出來，哥斯拉、摩斯拉和新的機械哥斯拉成功合力消滅基多拉

哥斯拉在這一次戰鬥中元氣大傷，決定歸回到夶海沉睡

成為了新機械哥斯拉的優子跟晴生設立人類的生態圈，利用納米金屬回復大自然生態

倖存的艾克希夫星人和德魯薩德星人放低成見，決定與人類在地球生活

雙子族人跟人類的生態圈交往，但因為勢力問題而保持一定距離