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第二代高通量测序/转录组测序/基因组测序/转录因子结合位点的检测/特定区域测序/目标序列捕获测序/甲基化测序ChIP-seq 测序服务
技术服务信息
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威斯腾生物
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第二代高通量测序/转录组测序/基因组测序/转录因子结合位点的检测/特定区域测序/目标序列捕获测序/甲基化测序ChIP-seq&测序服务/
威斯腾生物是一家从事生命科学研究、产品开发和技术服务的专业机构。目前主要从事基因诊断试剂的研发以及生物医学相关领域科研项目承接。经过多年努力现在已拥有多个在全国领先的服务平台，分别为分子生物学检测平台、蛋白组学研发平台、慢病毒与腺病毒生产平台、基因芯片检测平台、动物实验和细胞实验服务平台、鸭乙肝新药筛选平台、病理学检测平台、MicroRNA研发平台、分子靶向用药筛选平台。
& & & &本平台的高通量测序是依托上海复旦大学生命科学院，华中师范大学生命科学院，中国国家南方基因组研究中心，做为测序平台。专业，专注，高效，一对一解析和量身设计，让您的课题可以真正达到您的需要。我们的数据分析团队是来自哈佛和生物信息学的科学家为您进行数据分析。让您的科研数据有更高的利用价值。
高通量测序（High-Throughput&Sequencing）又名下一代测序（Next&Generation&Sequencing，NGS），是相对于传统的桑格测序（Sanger&Sequencing）而言的。高通量测序是DNA测序发展历程的一个里程碑，可一次对几十万到几百万条&DNA&分子进行序列测定，因其具有可对完全序列未知的样本进行直接测序的特点，使得研究者对一个物种的转录组和基因组进行细致全面的分析成为可能，所以又被称为深度测序&(deep&sequencing)&。目前高通量测序的主要平台代表有罗氏公司(Roche)的454测序仪（Roch&GS&FLX&sequencer），Illumina公司的Solexa基因组分析仪（Illumina&Genome&Analyzer）和ABI的SOLiD测序仪（ABI&SOLiD&sequencer）。&
随着高通量测序技术的迅猛发展，NGS技术开始越来越多地被应用来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序（de&novosequencing），获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测序（resequencing），在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序（whole&transcriptome&resequencing），从而开展可变剪接、编码序列单核苷酸多态性（cSNP）等研究；或者进行小分子RNA测序（small&RNA&sequencing），通过分离特定大小的RNA分子进行测序，从而发现新的microRNA分子。在转录组水平上，与染色质免疫共沉淀（ChIP）和甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技术相结合，从而检测出与特定转录因子结合的DNA区域和基因组上的甲基化位点。
一、威斯腾测序平台：
基于创新的&Illumina&的&Hiseq2000&、&Genome&AnalyzerIIx&与&Roche&454&的高通量测序平台，威斯腾生物可帮助您对样本的&microRNA&、&mRNA&、&ncRNA&或&DNA&在进行各种预处理&(&片段化与建库&)&后进行高通量的测序。根据样本&RNA&或者&DNA&的不同应用可分为转录组测序、&microRNA测序、&ncRNA测 &序、基因组测序等。
图&1&Illumina&Hiseq2000
图2&Roche&GS&Junior&System
二、服务种类：
1、基因组测序
1）人类基因组重测序
2）动植物基因组测序（de&novo）及重测序
3）细菌基因组测序（de&novo）及重测序
4）真菌基因组测序（de&novo）及重测序
2、转录组测序
1）真核转录组
2）细菌转录组
3）数字表达谱分析
4）MicroRNA测序
5）降解组测序分析
3、转录因子结合位点的检测
4、特定区域测序
5、目标序列捕获测序
6、ChIP-seq&测序服务&&
7、甲基化测序
三、服务内容：
1、基因组测序:&
全新物种基因组测序：对全新的微生物、植物或动物物种基因组进行整体揭示，包括片段测序、序列组装、基因预测与注释等环节，可以从整体水平对目标物种进行研究。&&
基因组重测序：全基因组重测序是对已知基因组序列的物种的个体进行测序，并在个体或群体水平进行差异分析的方法。如微生物的不同菌株、不同疾病患者、不同表型个体等的基因组测定及与已有标准基因组进行比较分析。&
2、转录组测序:&
特定组织或者细胞中的&mRNA&经分离后制备成片段化的&cDNA&文库，通过&Illimina&测序仪对&cDNA&文库高通量测序，从而获得一个细胞或生物个体的全转录组信息，用于寻找差异表达基因与可能的新的可变剪接形式。
3、microRNA&与&ncRNA&测序&:&
可对细胞或者组织中的全部&Small&RNA&或&Noncoding&RNA&进行深度测序及定量分析。用于作用靶基因的预测和鉴定、样品间差异表达分析、表达谱分析、miRNA&或&ncRNA&聚类等科学应用。&
四、实验步骤及品控
1、实验步骤（以基因组测序为例）：&
实验方案确定
基因组DNA的随机打断
DNA片段的末端修复
修饰，末端加上接头(adapter)
PCR扩增连上接头的DNA片段
DNA的成簇扩增
生物信息组装/分析
2、品质保证：&&
1）全程采用&Illumina&或&Roche&标准试剂；&&
2）严格各环节质控，包括&RNA&电泳、基于&Nanodrop&与&Angilent&Bioanalyzer&的&RNA&分析、库指标、测序数据质量等&&
3）按客户需求严格保证数据总量与质量，并配以完备的数据分析服务。&&
五、样品要求：
1、动物、植物、微生物组织：
&&&&提供足量的新鲜柔嫩部位样品；新鲜程度要求：采样后将样品立即液氮速冻－80℃保存（保存期不超过1个月），干冰运输，样本保存期间切忌反复冻融。
2、RNA样品
&&总RNA＞500ug，浓度＞1ug/ul；
&&mRNA＞3ug，浓度＞50ng/ul；
&&OD260/OD280为1.8-2.0；
3、DNA样品
OD260/280为1.8-2.0之间；样品浓度越高越好，最好不应低于30ng/ul，总量不低于20ug；基因组需保证完整，无明显降解。
六、结果提交：
1、原始数据报告，包含所有测序序列的序列信息，碱基读取质量评估。
2、基本数据分析报告（Excel表格），包含有效序列的序列信息
3、高级数据分析（应客户要求定制）
&1）基因组组装：包括原始数据统计、覆盖度计算、组装结果相关统计；
&&2）基因组组分分析：编码基因预测，以及基因功能预测；
&&&&3）比较基因组分析：以客户提供的近源物种的序列为参考序列，进行SNP分析、共线性分析。
【本平台合作项目】分子诊断、病理诊断、药效学评价、毒理学实验、细胞药筛、动物建模、PDX模型、CRISPR/Cas9基因编辑、病理检测、基因芯片、蛋白组学、代谢组学、高通量测序、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务！【全国免费热线】：400-675-6758【电话】&023--【邮箱】&china-【官网网址】【地址】&重庆市高新区二郎创业大道高科创业园D栋2楼
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摘要 : 美国杜克大学医学院人类基因组变异中心以及国家癌症研究所的研究人员将高覆盖度全基因组测序和RNA-Seq所鉴定出的变异体进行了比较，来系统研究RNA-Seq在鉴定人类编码变异体方面究竟效果如何。这个研究结果发表在5月28日的《Genome Biology》上。
过去，人类常见病的研究主要是利用全关联研究(GWAS)来筛查共有的变异体。近年来，测序技术的蓬勃开展以及个性化医疗的目标让科学家们从共性转移到个性，努力发现稀有的变异体。尽管新一代测序平台的出现让测序费用迅速下降，然而每个碱基的费用仍然阻碍了更多完整测序的基因组出现。除了经济上的限制，人们还普遍意识到很难从如此多的变异体中鉴定出真正起作用的位点。
基于这些原因，研究人员通常一开始就关注编码区的变异体，这也就催生了外显子捕获技术。罗氏NimbleGen于去年初最先推出了外显子捕获芯片，从基因组DNA中抓出外显子部分，然后测序。这一步也是价格不菲，于是人们退一步，以转录组测序()作为替代。尽管这种方法无疑将错过一些低表达基因，但它的优势是产生了更多的信息，比如基因表达水平和剪接模式。
为了比较各个方法的优势和劣势，美国杜克大学医学院人类基因组变异中心以及国家癌症研究所的研究人员将高覆盖度全基因组测序和RNA-Seq所鉴定出的变异体进行了比较，来系统研究RNA-Seq在鉴定人类编码变异体方面究竟效果如何。这个研究结果发表在5月28日的《Genome
研究人员从同一个个体的外周血单核细胞(PBMC)中提取出DNA和RNA，并利用的Genome Analyzer
II测序仪对cDNA和gDNA分别测序。gDNA的测序产生了14.5亿个读数，每个读长75 bp。cDNA的测序产生了2.8亿个读数，一半读长75
bp，一半读长68
bp。之后，研究人员利用SAMtools来检出两个序列中的单核苷酸变异体(SNV)。插入缺失和大的结构变异体不包括在内。在gDNA中，SAMtools检出了外显子中的51,055个SNV，在cDNA中则检出了64,128个。其中，gDNA的48,740个和cDNA中的40,605个通过了质量控制过滤。
研究人员还直接评估了RNA-Seq在鉴定变异体上的灵敏度和特异性，并评估了覆盖度和基因的表达水平这些关键因素如何相互作用。研究人员发现，在中所鉴定出的外显子变异体中，只有40%被RNA-Seq所捕获，然而，若只集中在PBMC表达的基因，这个数字就上升到81%。研究人员还发现，在处理RNA-Seq数据时，假阳性率高可能是个问题，特别是当覆盖度水平高时。
综合所有研究成果，作者认为，只要有高表达的组织来源，并执行了适当的质量控制筛选，在发现高水平表达基因的编码变异体时，RNA-Seq是一种快速廉价的替代方法。
原文摘要：
ing the human exome: a comparison of whole genome
and whole transcriptome sequencing
Background：There is considerable interest in the development of methods to
efficiently identify all coding variants present in large sample sets of humans.
There are three approaches possible: whole-genome sequencing, whole-exome
sequencing using exon capture methods, and RNA-Seq. While whole-genome
sequencing is the most complete, it remains sufficiently expensive that cost
effective alternatives are important.
Results：Here we provide a systematic exploration of how well RNA-Seq can
identify human coding variants by comparing variants identified through high
coverage whole-genome sequencing to those identified by high coverage RNA-Seq in
the same individual. This comparison allowed us to directly evaluate the
sensitivity and specificity of RNA-Seq in identifying coding variants, and to
evaluate how key parameters such as the degree of coverage and the expression
levels of genes interact to influence performance. We find that although only
40% of exonic variants identified by whole genome sequencing were captured using
RNA-S this number rose to 81% when concentrating on genes known to be
well-expressed in the source tissue. We also find that a high false positive
rate can be problematic when working with RNA-Seq data, especially at higher
levels of coverage.
Conclusions：We conclude that as long as a tissue relevant to the trait under
study is available and suitable quality control screens are implemented, RNA-Seq
is a fast and inexpensive alternative approach for finding coding variants in
genes with sufficiently high expression levels.
作者：cici6880 点击：次
热门文章TOP同样是全长转录组测序，为什么隔壁实验室可以发高分文章？
天气炎热，但小伙伴们对全长转录组的研究却更加火热，小编已被小伙伴们的科研精神所感动。为给各位的科学研究添砖加瓦，今天特意带来三代测序高分文章秘籍，全方面多角度解析全长转录组测序，走过路过不要错过~
目前，转录组测序已成为研究物种基因功能、基因表达调控的主要手段。但由于二代测序本身的读长限制，无法满足对转录本的精确分析。基于第三代测序技术的全长转录组测序能够直接获得单个RNA分子从5’端到3’端的全长转录本，无需拼接组装就能够精确发现新基因和转录异构体，鉴定可变剪接及基因融合现象。
全长转录组测序已经越来越多地被应用到基因组学和转录组学的研究中。小编整理了近两年发表的全长转录组测序高分文章，让我们先睹为快。
全长转录组测序发表文章
现在小编以玉米的全长转录组文章为例，跟大家聊一聊三代测序怎么发高分文章？
图1 玉米（Zea mays）全长转录组测序[1]
玉米基因组序列早在2009年就已公布，随后利用EST（Expressed Sequence Tag）和二代RNA-seq测序数据对玉米基因组进行了注释。但由于测序读长较短无法提供转录本的全长序列，因而限制了对玉米转录组可变剪切事件的鉴定和新转录本的发现。
图2 文章研究思路
新基因和转录异构体注释
测序数据下机后经过质控得到全长转录本序列为1,553,692条，再经过质控处理得到643,330个高质量的冗余的转录本序列，其中606,145个序列（94.2%）能够比对到玉米RefGen_v3参考基因组上。将冗余序列进行聚类得到了111,151个非冗余的isoform，其中829个来源于转座子，剩余的isoform来源于26,943个基因，涵盖了玉米参考基因组RefGen_v3注释的70%的基因。测序得到的57%的isoform来自已知基因位点的新isoform，17%的isoform来自于已知基因的已知isoform，3%的isoform来源于2,253个新基因。
图3 PacBio测序结果与RefGen_v3注释结果比较
可变剪接事件分析
本研究进一步分析统计了玉米不同组织内可变剪接的发生情况。从整体上看，内含子保留（intron-retention）类型的可变剪接在不同组织中所占比例最高，大约有40%。其次是3’可变剪接（alternative 3’-splicing)，而外显子跳跃（exon skipping）在不同组织内发生的频率都是最低的。此外，不同玉米组织内的可变剪接类型存在显著的差异。
图4 不同玉米组织中可变剪接事件差异分析
LncRNA鉴定与特征分析
本研究中鉴定得到了867个新的lncRNA，平均长度为1.1 kb。分析发现lncRNA表达具有明显的组织特异性，不同组织内lncRNA种类和数量存在显著的差异。对lncRNA的产生位置进行统计分析发现，58%的lncRNA来自基因间区，21%来自基因反义链，15%来自正义链，5%来自内含子区域。
图5 lncRNA特征分析
可变剪接位点的甲基化水平分析
本研究利用已发表的甲基化数据结合PacBio全长转录组数据综合分析甲基化对RNA可变剪接的影响。研究结果发现CHG甲基化在剪接受体位点（acceptor site）显著富集，而CG甲基化水平在供体位点（donor site）处明显升高。并且进一步分析发现剪接受体位点的CHG甲基化水平与可变剪接发生频率呈现负相关，这表明高水平的CHG甲基化可能会抑制可变剪接发生。
图6 可变剪接与DNA甲基化关联分析
本研究利用三代测序技术对玉米不同组织内的全长转录本进行了测序分析。作者在已有的玉米基因组B73 RefGen_v3注释之外发现了大量新基因和新的转录异构体，进一步对不同组织进行差异分析，鉴定到了许多组织特异性的转录本和可变剪接事件。结合已发表的甲基化测序数据，作者发现可变剪接位点的甲基化水平与可变剪接事件紧密相关，具体的机制还有待后续深入的研究。小编说了这么多，你都听明白了吗？掌握了上面这些小套路，你离高分文章就不远了！
高分文章亮点：
样本选择的多样性；
新基因和新的转录异构体鉴定；
组织特异性和差异性分析；
转录组数据与DNA甲基化数据联合分析。
可参考指数：★ ★ ★ ★ ★
2016年4月，安诺优达率先引进当时全球通量最高的HiSeq X Ten测序平台。2017年，安诺优达将引入最新发布的NovaSeq测序平台。同时安诺优达也将引入PacBio Sequel测序平台，Sequel测序平台以其超长的测序读长可满足多样化的测序需求。届时，我们会利用先进的二代及三代测序平台提供高质量的测序服务，满足广大客户需求， 进一步发挥行业领先优势，推动基因测序技术在精准医疗和科技服务领域更广泛的应用，为全面建立多组学解决方案提供更强有力的平台支持。
参考文献：
[1]Wang B, Tseng E, Regulski M, et al. Unveiling the complexity of the maize tranome by single-molecule long-read sequencing[J].Nature Communications, 708.
文案：三代测序产品经理 辛颖
责任编辑：
声明：本文由入驻搜狐号的作者撰写，除搜狐官方账号外，观点仅代表作者本人，不代表搜狐立场。
今日搜狐热点转录组测序,武汉菲沙基因信息有限公司,以生物信息学助推生命科学的研究，以基因组医学促进人类健康的发展
>&转录组测序
转录组测序
三代全长转录组
转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径，然而传统二代转录组测序无法直接获得单个分子由到的全部序列。基于三代测序平台的转录组研究，无需打断扩增，直接读取反转录的全长，能够有效的获取高质量的单个分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本，进一步结合二代测序数据还可以进行时期或组织特异性转录本分析，获得更加全面的注释信息。
案例一 &小麦全长转录组注释升级
图1. 对小麦基因注释进行修复
图2. RT-PCR验证TRAES_1DS_114C78BF4基因的isoform表达差异
基因检测到了、两种；、验证结果显示时期型未表达
案例二 &单分子长片段测序揭示玉米转录组复杂性
案例三 &利用SMRT测序长读长片段鉴定融合基因扫二维码下载作业帮
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在转录组测序分析中,对于没有参考基因组信息的序列怎样进行注释,差异分析 此外,在转录组结果分析中,转录本有没有通俗一点的解释,或者,转录本有没有一个固定的含义还是说不同情况下含义不同?
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转录本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA.以前说转录本都是说表达蛋白的.现在LncRNA的研究多了,也说是一个转录本了.还有没有参考基因组序列的,一般是不可能去GO功能注释的.因为去功能注释的时候要有一个背景.
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