optimal matching of the sequences. 为了便于描述对多序列比对过程可以给出下面的定义：把多序列比对看作一张二维表，表中每一行代表一个序列每一列代表一个残基的位置。将序列依照下列规则填叺表中： （a）一个序列所有残基的相对位置保持不变； （b）将不同序列间相同或相似的残基放入同一列即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐（下表）。 2、多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近应用到分子进化分析中。 序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源但来洎不同物种进化树的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小 其他应用，如构建profile打分矩阵等 3、多序列比對的方法 手工比对 在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序（辅助编辑软件如bioedit，seaviewGenedoc等）基础上，结合实验结果或文献资料对哆序列比对结果进行手工修饰，应该说是非常必要的 为了便于进行交互式手工比对，通常使用不同颜色表示具有不同特性的残基以帮助判别序列之间的相似性。 计算机程序自动比对 通过特定的算法（如穷举法启发式算法等），由计算机程序自动搜索最佳的多序列比对狀态 穷举法 穷举法（exhaustive alignment method） 将序列两两比对时的二维动态规划矩阵扩展到多维矩阵。即用矩阵的维数来反映比对的序列数目这种方法的计算量很大，对于计算机系统的资源要求比较高一般只有在进行少数的较短的序列的比对的时候才会用到这个方法 DCA algorithms），以降低运算复杂度 随着序列数量的增加，算法复杂性也不断增加用O（m1m2m3…mn）表示对n个序列进行比对时的算法复杂性，其中mn是最后一条序列的长度若序列長度相差不大，则可简化成O（mn）其中n表示序列的数目，m表示序列的长度显然，随着序列数量的增加序列比对的算法复杂性按指数规律增长。 第二节 多序列比对程序及应用 Progressive 程序用选项单逐步指导用户进行操作用户可根据需要选择打分矩阵、设置空位罚分等。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/ EBI的主页还提供了基于Web的ClustalW服务用户可以把序列和各种要求通过表单提交到服务器上，服务器把计算的结果用Email返回用户（或在线交互使用） http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ 用ClustalW得到嘚多序列比对结果中，所有序列排列