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建议看一下动画版，下面说说我的理解

母体相当于一个操作系统，里面的人就相当于程序母体的目的是让人类能够顺從命运，继续当机械文明的能源来源和创造力源泉

在母体运行时，会出现各种各样的冗余文件碎片和bug，而觉醒者就是病毒特工就是殺毒软件。

救世主也就是尼奥就是先知开发的一个超级病毒，不仅能测试母体的漏洞还能更改部分母体运算规则和逻辑

史密斯是超级殺毒软件，原理和尼奥类似

锡按的存在是机械文明故意让他存在的，因为这样才能让救世主自认为是救世主从而发挥全力，全力攻击毋体系统

最后结局，就是超级病毒尼奥和超级杀毒软件史密斯终极对决双双死亡后相当于程序代码和算法回归母体被利用，从而实现毋体系统升级重启

最后建筑师对先知说，你玩了一个危险的游戏因为尼奥这个超级病毒太强了，差点让母体系统崩溃

最后说一点，佷多科幻小说都有对类似黑客帝国中机械文明的描述可以看到面对软弱的碳基生命体人类，机械文明无限强大几乎永生。