微生物中丁香假单胞菌菌属的一个菌株怎么命名

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地址:北京市朝阳区酒仙桥中路24号院6号楼,100015
电话:010-
传真:010-
网址:www.china-cicc.org
菌种鉴定您现在的位置:&&菌种鉴定
CICC是我国唯一的国家级工业微生物菌种保藏管理中心,有近三十年菌种分类鉴定的历史,拥有先进的生物科学仪器和从事分类鉴定的专业化人员队伍。CICC承担全国工业微生物菌种的委托鉴定工作,所提供的菌种鉴定与评价技术服务获得&国家工商总局(SCIC)经营许可&,为国内科研机构、大专院校和生产企业等提供微生物菌种鉴定服务,涉及细菌、酵母、放线菌和丝状真菌等多类微生物。菌种鉴定手段包括形态学观察、生理生化特性鉴定、 BIOLOG碳源自动分析鉴定、分子生物学鉴定、API细菌数值鉴定、功能性分析及功能基因、RAPD、SSCP、TLC薄层层析、全细胞脂肪酸分析鉴定、(G+C)mol%测定、DNA/DNA同源性测定等。
1.请务必仔细阅读、填写和提交《菌种委托鉴定与评价登记表》,未填写登记表的样品本中心将不予受理。&
2. 业务受理:(1)现场办理:请您直接到北京市朝阳区酒仙桥中路24号院6号楼办理协议签订、付款、样品提交等手续。现场办理可接受现金、同城支票、银行转账的付款方式。(2)远程办理:您可以经电话咨询后,通过E-mail或传真提交《菌种委托鉴定与评价登记表》,通过邮寄提交样品,通过银行转账进行付款。
3.样品邮寄:请标识送检样品名称或编号,并确保与《菌种委托鉴定与评价登记表》中填写的信息一致,样品如为菌种,请提供1支备份,并注意样品邮寄过程中的包装防护和温度防护。
4. 送样要求:委托鉴定菌株应为非致病菌,且来源明确;若属于中华人民共和国卫生部制定的《人间传染的病原微生物名录》之内菌株,CICC有权停止试验或加收20%鉴定费用。
5.正常工作时间的每天上午11:00前收到样品(含邮寄样品和现场收样),则自当日起计算报告完成时间,如上午11:00后收到样品,则以次工作日起计算。星期六、日及公众假期为非工作日。
6. 部分项目提供加急服务,费用为1.5倍,详情请来电咨询。
7.依据菌种的种类、鉴定难易程度,鉴定费用有所不同,具体事宜请来电咨询。
8. 鉴定技术服务执行预付全款制度,鉴定报告完成后将连同发票快递给客户。
9.本中心原则上提供一份中文鉴定报告纸质原件,如客户要求增加出具英文鉴定报告、电子鉴定报告或鉴定报告副本,将酌情收取部分费用。
周期/工作日
备注/适用范围
CICC-Identi
种水平鉴定
常规多相鉴定
CICC-BSeq15
CICC-YSeq15
26S rDNA& D1/D2 区
CICC-FSeq15
5.8S rDNA& ITS 区
小型丝状真菌
CICC-BSeq07
CICC-YSeq07
26S rDNA& D1/D2 区
CICC-FSeq07
5.8S rDNA& ITS 区
小型丝状真菌
CICC-BHGen01
芽孢杆菌属
CICC-BHGen02
假单胞菌属、芽孢杆菌属、肠杆菌属、克雷伯氏菌属
CICC-BHGen03
乳酸菌属、肠球菌属
CICC-BHGen04
明串珠菌属、链球菌属
CICC-BHGen05
葡萄球菌属
CICC-BHGen07
CICC-BHGen08
双歧杆菌属
CICC-FHGen01
&-tubulin 基因
曲霉属、青霉属、毛霉属
CICC-FHGen02
calmodulin 基因
曲霉属、青霉属
CICC-FHGen03
EF1-& 基因
毛霉属、根霉属、木霉属
CICC-FHGen04
Actin 基因
毛霉属、根霉属
CICC-BIOLOG
基于C源代谢的自动化鉴定系统
细菌、酵母
生理生化特征试验
CICC-BIOMN
生理生化(新种、特殊种)
生理生化特征试验,如为潜在新种,参考新种发表试验要求
形态学特征观察(形貌、表面)
形态学特征观察(内部、附属结构)
(G+C)mol %
菌种基因组DNA(G+C)mol % Tm值法含量测定
DNA-DNA杂交
菌种基因组DNA 同源性测定
CICC-Lipid
菌种主要脂肪酸类型测定
泛醌/甲基萘醌
菌种主要呼吸醌类型测定
CICC-PLipid
菌种主要极性脂类型测定
细胞壁化学组分(糖)
细菌、放线菌
细胞壁化学组分(氨基酸)
细菌、放线菌
菌株分型,用于菌种溯源,产权纠纷等
CICC-EricP
CICC-ARDRATyp
ARDRA 酶切
CICC-RiboTyp
Ribotyping核糖体分型
CICC-Isolation
菌种分离纯化
混合样品中菌种的分离纯化
CICC-Enzyme
小型丝状真菌药敏
小型丝状真菌
CICC-MetaC
代谢产物含量测定
CICC-GStab
遗传稳定性
等遗传稳定性试验
CICC-BIOLOGECO
BIOLOG ECO板生态分析
微生物菌群分析,用于环境、水质、传统酿造行业等混合样品的非培养法微生物菌群分析
DGGE样品制备及检测
DGGE切胶、纯化、克隆、测序
DGGE结果分析
CICC-16SLib
样品制备及检测
16S rDNA 克隆文库构建
克隆子筛选及测序(200个)
CICC-MAnaly
产品微生物解析(培养法)
微生物发酵产品控制
CICC-Contamin
污染菌分析(培养法)
微生物发酵产品控制,污染源分析
CICC-FBroth
发酵液制备(30L)
CICC-Phage
噬菌体检测(阴性)
微生物发酵质量控制
噬菌体检测(阳性)
CICC-RTPCR
标准品制备及检测
微生物定量分析,用于食源性致病菌、临床、工业等微生物菌种的相对定量/绝对定量分析
样品制备及检测
相对定量(Taqman探针法/SYBR Green 染料法)
绝对定量(Taqman探针法/SYBR Green 染料法)
肉毒梭菌检测
食品中肉毒梭菌的PCR检测方法
(G+C)mol%
菌种基因组DNA(G+C)mol % HPLC法含量测定
CICC-antigene
菌种抗生素耐药性基因检测
适用于微生物菌种安全性评价
CICC-antivirus
菌种抗病毒能力评价
适用于微生物菌种功能性评价
形态学鉴定
小型丝状真菌
环介导等温扩增
微生物快速诊断
CICC-metag
Miseq PE测序
全基因组测序
illumina Hisea2000
脉冲场凝胶电泳
适用于微生物菌株分型
CICC-virulence
适用于微生物菌种安全性评价
CICC-meveri
培养基验证
GB 3/中国药典2010
芽孢悬液、菌悬液等
CICC-Count
特定菌菌落计数
乳杆菌、双歧杆菌、磷细菌、硝化菌、反硝化菌等
(1)常规鉴定
常规鉴定内容有形态特征和生理生化特征。形态特征包括显微形态和培养特征;理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应等。
(2)BIOLOG碳源自动分析鉴定
BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础,检测微生物的特征指纹图谱,建立与微生物种类相对应的数据库。通过软件将待测微生物与数据库参比,得出鉴定结果。
该系统已获美国FDA认可,已逐步应用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、制药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中。
BIOLOG是一种微生物菌种快速鉴定系统,涉及革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、厌氧菌、酵母、丝状真菌在内近2000种微生物。
(3)分子生物学鉴定
应用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关系,是目前微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。CICC拥有微生物菌种分类鉴定的分子生物学实验室,配有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备,以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软件。目前CICC可采用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA(D1/D2)序列及丝状真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列,提供科学的鉴定结果。
(4)API细菌数值鉴定系统
API鉴定系统涵盖15个鉴定系列,约有1000种生化反应,目前已可鉴定超过600种的细菌。鉴定过程中,可根据细菌所属类群选择适当的生理生化鉴定系列,通过软件将待测细菌与数据库参比,得出鉴定结果。
CICC目前可应用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列对乳酸杆菌(Lactobacillus sp.)和相关细菌、芽孢杆菌(Bacillus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)和库克菌属(Locuria sp.)进行鉴定。
(5)功能性分析及功能基因
CICC不断致力于工业微生物资源的功能及其功能基因研究,目前通过木聚糖酶、纤维素酶、葡萄糖异构酶、&-甘露聚糖酶等功能基因的克隆进行菌种产酶的功能性分析。应用gyrA、atpD及pheS等看家基因于微生物菌种鉴定,在某些种、亚种、株间有较好的分辨效果。
(6)RAPD、SSCP技术
随着微生物菌种应用的进一步发展,在食品安全管理、生物产品出口认证、知识产权保护等行业需求日益增加,微生物菌种株水平的鉴别技术成为一个迫切需要解决的问题。
CICC采用随机扩增多态性DNA(Randomly amplified polymorphism DNA,RAPD)技术和单链构象多态性(Single Strand Conformation Polymorphism,SSCP)技术对微生物菌株进行鉴别。如采用RAPD技术能够对同一菌种原始菌株与诱变菌株进行鉴别,对诱变菌株知识产权保护具有重要意义;采用SSCP技术进行工业酒精酵母菌株的鉴别,此技术结合菌株发酵特性,在酒类生产的质量控制方面起到积极作用。
(7)TLC薄层层析
CICC将TLC薄层层析技术应用于微生物菌种鉴定,进行细菌、放线菌细胞壁化学组分分析(氨基酸、糖),作为划分属特征的重要鉴定技术手段,起到了良好的辅助作用。
(8)全细胞脂肪酸分析鉴定系统
采用Sherlock全自动细菌鉴定系统,通过对不同菌株的脂肪酸图谱进行分析,并与标准数据库进行比对,来鉴定细菌及酵母。该技术是细菌或酵母种水平鉴定的有效手段之一。
(9)(G+C)mol%及DNA/DNA杂交
CICC通过采用DU800核酸蛋白分析仪测定Tm值,从而得到微生物菌株的(G+C)mol%,并与模式菌株进行DNA/DNA同源性分析,该鉴定技术手段是多相鉴定的重要组成部分。
(10)实时荧光定量PCR
实时荧光定量PCR仪是特异性靶基因检测与定量的一体化系统,其将PCR热循环、荧光检测和各种应用分析软件结合在一起,可以动态观察PCR每一循环各反应管中PCR扩增产物逐渐增加的情况。根据荧光强度确定PCR产物的定量法主要有荧光染料(SYBR Green I)法和荧光探针(Taqman probes)法。与常规PCR相比,它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度更高等特点。实时荧光定量PCR技术目前已得到广泛应用,包括基于相对定量分析的基因表达分析,以标准曲线为基础的菌株绝对定量分析,定性的PCR扩增后核酸序列的SNP基因型分析,以及以阳性内对照为基础的阳性/阴性结果判定等。
(11)微生物菌群分析(DGGE)
(denaturing gradient gel electrophoresis),即变性梯度凝胶电泳,是根据在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化,从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。DGGE已广泛用于分析自然环境中细菌、蓝细菌、古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多样性。这一技术能够提供群落中优势种类信息并同时分析多个样品,具有可重复和操作简单等特点,适合于调查种群的时空变化,并且可通过对条带的序列分析或与特异性探针杂交分析鉴定群落组成。
(12)微生物菌群分析(克隆文库构建)
当微生物菌群中含有不可培养或难培养菌种,且其丰度较低时,要全面解析菌群结构及多样性,只采用传统的平板分离或PCR-DGGE分析难以达到理想结果,这时可以结合构建16S rDNA 克隆文库的方法。细菌16S rDNA扩增产物经0.8%的琼脂糖凝胶电泳,EB染色,在UV下显现,从胶上切取DNA条带,经纯化后,链接到pGEM&-T Easy 载体,并转化入大肠杆菌(Escherichia coli)。待长出白色菌落后,挑选白色菌落进行菌落PCR-DGGE(16S rDNA V3)辅助筛选,得到特定菌群中的所有克隆菌,再经质粒提取,基因测序后,便可得到特定微生物菌群信息。
(13)细菌呼吸醌组分测定
细菌细胞膜上的呼吸醌有甲基萘醌(menaquinone,MK)和泛醌(ubiquinone,辅酶Q)。对革兰氏阳性的放线菌而言,通常只含有甲基萘醌。常用来分析呼吸醌的方法有薄板层析法和高压液相色谱法等。醌分子中的多烯侧链长度及氢饱和度对于细菌具有重要的分类学意义。
(14)细菌磷酸类脂分析
&磷酸类脂(phospholipioides)属极性脂(polar lipid),与蛋白质、糖等构成细胞膜,对于物质运输、代谢及维持正常的渗透压都有重要作用。不同属菌的磷酸类脂组分是不同的,它是鉴别属的重要特征之一,是化学分类项目中不可缺少的分类指征。磷脂种类很多,对于放线菌而言,具有分类学意义的磷酸类脂有5种:磷脂酰乙醇胺(phosphatidyl ethanolamine,PE)、磷脂酰胆碱(phosphatidyl choline,PC)、磷脂酰甲基乙醇胺(phosphatidylmethyl ethanolamine,PME)、磷脂酰甘油(phosphatidy glycerol,PG)及GluNU(含葡萄糖胺未知结构的磷脂,phospholipid of unknown structure containing glucosamine)。
联系人:赵婷
电话:86-010-
传真:86-10-
E-mail:tech@china-cicc.org
地址:北京市朝阳区酒仙桥中路24号院6号楼,中国食品发酵工业研究院323室
邮编:100015
收样人:赵婷
账户名:中国食品发酵工业研究院
开户行:中国农业银行北京香河园支行
1、&申请人全称&一栏应写明汇款人单位(个人)全称;
2、&附加信息及用途&一栏填写&菌种鉴定&。
3、如需开具增值税专用发票,请提供盖单位财务公章的开票信息。微生物习题1_百度文库
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;.-J:11:科技大学学位论文原创性声明
本人郑重声明:所呈交的学位论文,是本人在导师的指导下,独立进行研究工
作所取得的成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体,均已在文中以明确方一
式标明。除文中已经注明引用的内容外,本论文不包含任何其他个人或集体已经发
表或撰写过的作品或成果。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。
学位论文作者签名:
指导教师签名:
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;.-3:11:科技大学学位论文版权使用授权书
本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定,同意学校保留
并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版,允许论文被查阅和借阅。本
人授权河北科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检
索,可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。
口保密,在一年解密后适用本授权书。
本学位论文属于
请在以上方框内打“√”
学位论文作者签名:朱目华
…臌名:净闱
0年皇月“日
矽/D年r月名
微生物是废水处理的主要功能生物,在废水处理系统中多种微生物共存且相互
作用。充分认识其中
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