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作用的改造，但是仍然保留着生物面貌及部分生物结构的作用

囮石化作用有三种方式：矿物质填充作用、交替作用和升馏作用。

矿物质填充作用是指某些无脊椎动物贝壳或脊椎动物骸骨中的有机物汾解消失以后留下了中空的部分，在地层下被埋藏日久以后溶解在地下水中的矿物质(主要是碳酸钙)往往在其孔隙中经重结晶作用变成了較为致密、坚实、并且增加了重量的实体化石。