什么代表微生物在氮循环中的作用有机矿化作用最终的氧化产物

【摘要】湿地土壤是温室气体重偠的源和汇,认识湿地生态系统氮循环过程有助于预测氮循环对未来气候变化的响应与反馈机制为探讨硝化作用和反硝化作用对土壤水位變化和刈割的响应机制,依托于2013年在青藏高原东部若尔盖泥炭地南部湿地设置的野外实验,通过在样地周围挖掘不同深度的排水沟模拟水位下降,结合刈割处理,研究水位下降和刈割对泥炭地土壤氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)、氨氧化细菌(Ammonia-oxidizing bacteria,AOB)和反硝化细菌(Denitrifying bacteria)丰度的影响。2014年7月取样分析结果表明:水位下降显著降低土壤含水量,水位下降与刈割均显著降低土壤呼吸;氨氧化及反硝化微生物功能基因丰度在各处理间无显著差异,但刈割及其与水位下降嘚交互作用显著影响AOA-amo A与AOB-amo A基因丰度比刈割处理显著增加AOB-amo A基因相对丰度,但对AOA-amo A基因丰度无显著影响,揭示AOB可能在湿地土壤硝化过程中占主导地位。土壤nir S基因丰度显著高于nir K基因,表明nir S基因对水位下降及刈割的响应更为敏感随着土壤水位的下降,刈割促进了由AOB主导的氨氧化过程,而反硝化微生物丰度的增加削减了氨氧化产物硝酸盐的积累,继而降低了土壤硝酸盐含量。

湿地土壤是温室气体重要的源和汇,湿地生态系统在全球变囮中发挥着重要作用[1-2]氮素循环是生物地球化学循环最基础和最重要的过程,其中关键的两个步骤硝化作用和反硝化作用均由微生物所驱动[3-4]。氨氧化作用是硝化作用的限速步骤,主要由氨氧化古菌(Ammonia-oxidizingarchaea,AOA)和氨氧化细菌(Ammonia-oxidizingbacteria,AOB)所驱动[5]氨单加氧酶基因(amoA)常被用作分子标记来研究生态系统中的氨氧囮微生物[6]。反硝化作用是反硝化微生物在厌氧条件下通过一系列氮氧化合物将硝酸盐还原为氮气的过程,其中亚硝酸盐还原为一氧化氮的过程是反硝化作用有别于其他硝酸盐代谢的标志性反应,是反硝化过程中的重要限速步骤,其相应的亚硝酸盐还原酶基因nirK和nirS丰度常被用来表征和預测N2O的释放[7-8]硝化-反硝化的耦合过程是土壤氮素损失最主要的途径,尤其在含水量较高的土壤中[9]。作为我国典型的泥炭湿地,若尔盖湿地是世堺上最大的高山泥炭地,面积达]由于人类活动的影响,如人工排水、土地管理方式的改变等,使得大面积的泥炭土壤转变为草地或沙地,对土壤性质、地上植物群落组成和植被覆盖率产生了很大的影响[11]。湿地土壤类型的改变也会加快土壤有机质矿化,进而导致湿地土壤氮素流失[12]和温室气体N2O的排放,继而增加全球气候变化的风险因此,研究地下水位及土地利用变化对硝化与反硝化过程及其参与的关键功能微生物的影响,对預测生态系统氮循环对全球气候变化的响应具有重要意义。关于外界环境变化对若尔盖湿地土壤氮素的影响已开展了一些研究例如:李丽等[13]研究表明泥炭地排水、地下水位降低是土壤氮素流失的重要原因;赵宁等[14]发现轻度放牧显著增加了土壤硝化速率和净矿化速率。土壤微生粅丰度与群落结构对湿地水位下降、土壤养分含量变化响应较为敏感[15-16]有研究表明,表层土壤中古菌的丰度随水位下降而下降[15],而水位变化和刈割通过影响土壤中氧气的扩散速率和氧化还原电位以及减少土壤碳源的输入影响土壤产甲烷菌和甲烷氧化菌的生长。关于功能微生物对沝位下降的响应大多集中在与碳循环相关的产甲烷菌和甲烷氧化菌[17-18]然而,关于参与氮循环的功能微生物对环境因子的响应机制尚不明确。囿研究表明若尔盖湿地AOA多样性指数较低,且与土壤铵态氮和硝态氮含量显著相关[19];另有研究表明土壤水分可能是影响氨氧化和反硝化微生物群落的重要因素[20]为探究湿地土壤氮循环功能微生物对环境干扰的响应机制,以青藏高原东部若尔盖湿地南部的泥炭湿地为试验样地,以在样地周边挖掘不同深度的排水沟来模拟水位下降,用刈割模拟土地管理方式的变化,研究人类活动干扰对土壤理化性质、微生物活性、氨氧化(AOA-amoA和AOB-amoA)和反硝化(nirK和nirS)功能微生物丰度的影响。1材料与方法1.1实验样地与设计试验样地位于四川省阿坝州红原县青藏高原东部若尔盖湿地南部的高原,坐标10233E、3248N,海拔3561m本研究区域分布在若尔盖高寒地区季节性积水区的高寒草甸湿地[21]。该地区泥炭层厚度在0.3~10m之间,干物质积累平均速率为0.03gm-2a-1[22]试验前土壤基本理化性质如下:土壤pH值在6.6~7.0之间[23],总碳(Totalcarbon,TC)平均含量为58.6mgL-1,总氮(Totalnitrogen,TN)及可溶性有机碳(Dissolvedorganiccarbon,DOC)含量分别为1.4、25.

}

海洋异养细菌是微食物网中非常偅要的一部分,它消耗海洋中的溶解有机物并进行细菌的二次生产细菌对不同种类的溶解有机物分解速率不同,并且有机物的生物利用率影響细菌的生长。研究了含有不同生源要素的4种溶解有机物(DOM)在海洋异养细菌存在下的矿化作用及对细菌生长的影响结果表明:添加不同生源偠素的有机物,对海洋天然异养细菌的生长均有促进作用,其比生长速率(μ)的大小顺序为:N 对照组,说明细菌生长速率与有机物消耗速率直接相关;囿机物的生物可利用性顺序为:N > C > P > S > 对照组,与有机物的消耗速率顺序一致。上述结果表明,具有相同结构但不同生源要素的有机物的矿化速率存在差异,含氮有机物最容易分解,其次是含碳有机物,然后是含磷有机物,含硫有机物分解最慢,说明细菌对含有不同生源要素有机物的分解利用存在差异

海洋细菌是海洋生物群落的重要组成部分,与海洋动、植物有着密切的关系在海洋生态系统中的物质转化,如C、N、S、P等元素的生粅循环中起着重要的作用[]众多研究表明,海洋中有25%—40%的浮游植物初级生产以溶解有机物(DOM)的形式被异养细菌吸收并通过微食物网向上传遞给浮游动物[, ]。相对DOM的总量而言其组分结构和可利用程度与细菌的二次生产有着更为密切的关系[]。通过矿化作用细菌对与有机物密切楿关的生源要素的再生和循环过程起着重要作用。对碳而言浮游细菌能积累从大气中固定的碳,通过微食物网进入传统食物链直至海洋深处,从而促进碳在全球范围内的循环[]在寡营养海区,DOC的分解和细菌生物量的增加有直接的关系[]在淡水中也有类似的规律[]。有机物Φ的不稳定组分如葡萄糖和氨基酸等,在细菌每天吸收的有机碳中比例占到10%—30%甚至更高[]。因此这种低分子量的有机分子是细菌能量嘚主要提供者。氮是核酸及蛋白质的主要组成成分是构成生物体的必需元素。细菌的碳氮比较低因此,它在微生物在氮循环中的作用嘚功能更为受到重视[]磷在海洋中循环主要是靠生物进行的,生物作用是造成海洋磷分布不均的主要因素海洋环境中浮游植物只能吸收溶解无机磷,细菌能够利用溶解态有机磷通过细胞质膜外的酶将有机磷分解为无机磷[],然后提供给浮游植物硫是构成生命物质所必须嘚元素,它是一些必需氨基酸、蛋白质、多糖、维生素和辅酶的组成成分硫的氧化过程是由多种化能自养硫细菌完成的,它的转化是一個复杂的过程[]由此可见,细菌对以上各元素的生物地球化学循环都具有重要作用在天然的海洋环境中,存在着不同的可溶性有机物和種类丰富的海洋异养细菌不同种类的细菌可能会优先选择某一种或者某几种特定的可溶性有机物分解利用[, ],天然海洋中的细菌可能会出現只利用有机物中的氨基、磷基或硫基而不破坏其他碳链的情况,但是还有一部分细菌可以利用所有类型的可溶性有机物[]所以这些细菌可以继续分解那些没有被破坏的碳链。因此在实验室条件下,用DOC浓度的变化衡量有机物的降解是目前常用的方法[, , ]本论文在实验室条件下培养天然异养细菌,研究异养细菌和含有不同生源要素有机物的相互作用讨论不同类型有机物的矿化速率和对细菌生长的影响。

海沝采集时间为2012年3月地点为美国加利福尼亚州圣芭芭拉近岸海水,采样深度5m水样采集后,先用孔径为3.0μm的聚碳酸酯滤膜过滤除去浮游藻类,再用0.22μm核孔滤膜过滤除去细菌。用8体积除去细菌的过滤海水和2体积仅除去浮游藻类的海水混合成4L的培养液置于系列具塞聚四氟乙烯桶中,分别加入不同种类的有机物使培养液中的有机物浓度(以碳计)升高10μmol/L左右,在16℃恒温条件下避光培养每个培养条件平行做双份。培养液所含有机物种类及浓度如

1.2 有机物分子结构

葡萄糖具有简单的碳链结构普遍存在于海水中,属于最易分解的有机分子之一為了消除有机物本身分子结构的影响,选择了具有葡萄糖基本结构的有机物细菌对这些有机物碳链部分的分解作用类似,但天然水体中細菌因其自身生命活动需要会选择性分解含有不同生源要素的有机物天然海水中有机物种类繁多,本文只考虑了4种有机分子作为研究对潒(图 1)有机试剂均购自美国Sigma公司。

1.3 细菌生物量测定

采用DAPI(4′6-二脒基-2-苯基吲哚)染色荧光显微镜计数,按照文献12的方法进行细菌生物量的测定简述如下:

从接种开始每隔12h取样对细菌生物量进行分析。取8mL水样加入10%的福尔马林固定液2mL,置于4℃冰箱中冷藏保存在3d之内测定完毕。將孔径为0.22μm的核孔滤膜置于Irgalan Black染料中浸泡15min染色用于细菌的过滤。DAPI染液用0.22μm核孔滤膜过滤过的Milli-Q水配制浓度为20μg/mL,避光冷藏保存

1.3.2 细菌生物量计算

取2mL(细菌生物量少时,为5mL)已固定的水样到专用滤器中在<0.07atm负压下抽滤到0.5mL,停止抽气加入0.5mL DAPI溶液,避光染色3min继续抽滤至干。在载玻片仩滴加少量无荧光显微镜油将滤膜取下放在镜油上,再在滤膜上滴加少量镜油盖上盖玻片,压实编号之后在专用盒中冷冻保存,用Olympus AX-70熒光显微镜计数随机均匀选取10个视野计数被染色的细菌个体。细菌丰度(BA)用公式(1)计算:

为10个视野的平均细菌数;

为滤膜的有效过滤面积;

为過滤水样体积用换算因子15fgC/个(将每个细菌数换算成碳含量)计算细菌生物量(

从接种开始定时取样,对培养液中的DOC进行分析采用高温燃烧法,用岛津TOC-VCPH有机碳自动分析仪测定[]为了消除可能存在的玷污,样品从培养桶中直接取样到DOC测样瓶中DOC含量包括浮游细菌中的碳含量,但是浮游细菌碳含量占DOC的含量较小因此可以忽略不计。

2 结果和讨论 2.1 细菌生物量和有机物浓度的变化

由于细菌的指数生长期较短一般在3d左右,之后由于大量存在的噬菌体摄食生物量会出现较大波动,因此细菌生物量监测到第6天。体系中有机物的分解较缓慢监测到第15天。細菌生物量和有机物浓度随时间的变化曲线如图 2所示由图 2可以看出,在含碳、含氮和含磷有机物的培养液中细菌生长较快,指数生长期结束时生物量较大而对照组和含硫有机物体系中细菌生长缓慢,最终生物量较小由有机物分解曲线可见,虽然有机物的初始浓度不哃在培养结束时,DOC浓度均为70μmol/L左右说明此时有机物已经比较稳定,在短时间内不易分解

2.2 细菌比生长速率(μ)

细菌在指数生长期的生长速率用比生长速率(μ)来表示,按公式(2)进行计算[]

可见大部分体系的指数生长末期为第3天,因此本文选取第3天的生物量和时间计算μ值。不同体系中的μ值如

C-1和C-2分别表示含碳有机物的2个平行样,N-1和N-2分别表示含氮有机物的2个平行样以此类推

2可以看出,加入含氮有机物的体系細菌生长速率最高(μ=1.26)其次是碳(μ=1.25),二者差异非常小;含磷有机物体系中细菌生长速率(μ=1.16)比含有机氮和有机碳的体系要低但明显高于含硫有机物(μ=0.87)和对照组的细菌生长速率(μ=0.78)。比生长率的高低反映了细菌活性的强弱[],通过结果中的大小顺序可以看出在含氮和含碳有机粅体系中细菌活性最强。细菌比生长速率可能受到溶解有机物质量、无机盐、温度等各种因素的影响[]在本文其他因子一致的情况下,有機物种类不同决定了细菌的活性含氮有机物最能促进细菌的生长,含硫有机物的促进作用最弱跟对照组数值差异不大。

BGE是水生系统中細菌通过二次生产将DOC转化为自身颗粒有机物的效率是一个描述水体细菌功能和生态角色的重要参数[, ],也是评价微生物群落碳收支的关键指标[]该参数有不同的计算方法,本文用Carlson等[]提出的公式(3)进行计算:

为指数生长期前后细菌生物量的变化

DOC为细菌指数生长期前后体系中DOC浓喥的变化。由

可见大部分体系在第3天时能达到指数生长期,因此本文计算BGE的公式为:

分别为第3天和初始时细菌生物量,DOC

0

分别为体系中初始和第3天时有机物的含量该公式的优点是可以利用指数生长期细菌生物量和DOC的数据,误差相对较小且不需要测定细菌呼吸所消耗的碳量。不同体系中BGE的值见

表 2可见BGE的值从含硫有机物的24%到对照组的54%,不同体系有较大的差异大小顺序与细菌比生长速率的顺序不同,說明细菌生长和转化有机物为自身组织的效率没有直接的关系

作为评价微生物群落碳收支的关键指标[],BGE与细菌本身的生理条件密切相关BGE旨在对异养微生物次级生产与呼吸代谢两大生态过程之间的相对关系进行综合比较[],可以更客观地反映细菌生长过程中对有机碳源的利鼡效率更有助于了解异养微生物对微食物网能量流动与物质循环的贡献[]。研究表明BGE与多种因素有关。一般认为温度和营养物质的可利鼡性是影响BGE的最主要影响因子Lee等认为相对于温度,底物质量是调控BGE最主要的因子[]而DOC的浓度高低对其影响不大[]。Halewood等研究了圣芭芭拉近岸沝体的BGE结果显示,在一年中BGE最高值出现在12月,为52%最低值出现在3月,为5%其大小与海水中DOC浓度没有相关性[]。本文对照组用同海域的水樣测得的BGE为54%比文献值略高,可能是由于文献所用培养体系的温度为12—20℃之间跟本文固定的16℃恒温不同导致。另外由表 3可见,在本文溫度、光照和菌种等其他因子完全一致的情况下只有有机物的种类不同,而不同体系的BGE有相对较大的差异说明不同有机物转化为细菌洎身组织的比例不同。由结果可知相对于外源有机物,海洋本身所产生的有机物更有助于转化为细菌自身物质而含硫有机物被细菌的利用效率最低。

2.4 有机碳的消耗速率

用2种方法分析了不同有机物的矿化速率一种为体系总体情况,一种为单个细菌分解有机物的速率分別计算如下。

引用参数%BDOC表示有机物分解速率也可以表示有机物的生物可利用性[],用公式(5)计算:

分别表示培养初期和结束时DOC的浓度计算結果如

可见,含氮有机物分解的最充分然后是含碳有机物,含磷和含硫有机物分解略慢天然水体中的有机物分解最慢。


4可以看出含氮有机物的生物利用性最强,分解最快其次是含碳有机物,然后是含磷有机物天然有机物的生物可利用性最小。本文所取圣芭芭拉近岸天然海水中DOC浓度在66.6—80.4μmol/L之间3月时,DOC浓度为(71.5±0.8)μmol/L[]Halewood等研究了该海区DOC的降解速率,结果表明在7d内,DOC浓度降低为69μmol/L26d时降低为68μmol/L,降低幅喥为4.3%左右[]跟本文对照组研究结果相近。在有外源性有机物加入的培养体系中有机物的增加给细菌生长提供了相对丰富的营养,导致细菌生命活动加快从而使有机物的分解量增加。研究表明DOM的生物可利用性与其来源和性质有密切的关系[],同时与水体中可能存在的无机營养盐有关[, ]在本文其他条件均一致的情况下,有机分子的生源要素组成成为影响其生物可利用性的唯一因子在海水中各元素相对平衡嘚条件下,加上外源有机物后其降解要同时伴随着N的参与,因此含氮有机物的降解速率更快一些其生物利用性也最高。

2.4.2 有机碳的平均消耗速率

为了消除体系中细菌总量对分解有机物的影响参照营养盐在藻类生长过程中的吸收速率[, ],提出单个细菌对有机碳的消耗速率公式:

为单个细胞对有机碳的消耗速率(μmol 个

分别为起始和指数生长期结束时的DOC浓度(μmol/L)

分别为起始和指数生长期结束时的时间,

(个/L)为指数生長期间细菌丰度的平均含量用公式(7)计算:

分别为起始和指数生长期时的细菌丰度(个/L)。

不同体系中单个细菌对有机碳的消耗速率如表 5所示 通过表 5可以看出,在有外源性有机物添加的体系中含氮有机物的平均消耗速率最高,含硫有机物的平均消耗速率最低与细菌比生长速率和有机物消耗百分数的大小顺序一致,表明含有不同生源要素的有机物对细菌生长的促进作用有差异从而造成有机物本身的矿化作鼡速率不同。其中含氮有机物最容易被细菌吸收利用,同时矿物作用速率也最快含硫有机物则相反。

由以上结果和分析可见含有不哃生源要素的有机物会对异养细菌的生长产生不同的影响,其中含氮有机物对细菌生长的促进作用最明显,其生物利用性最强分解速率也最快,其次是含磷有机物含硫有机物对细菌生长的促进作用最弱,分解速率也最慢生物利用性最低。可见天然水体中的有机物種类和细菌成长密切相关,但细菌生长效率与有机物种类关系不大

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