从此他就开始支持佛洛依德。1996年他发表了一篇论文支持佛洛依德，题目叫做《佛洛依德的歇斯底里理论：回应阿夏芬伯格》两名德国教授提醒他，这样做是在危害自己的学术生涯但是他不为所动，照样支持佛洛依德1907年佛洛依德邀请他们夫妇前來维也纳家一游。由于这是19实际两个伟大心灵的交会笔者在此摘录两段记录，一是荣格派的观点一是佛洛依德派的观点：
荣格这方也ゑ着认识佛洛依德。他记载说佛洛依德是他当时见过最杰出的人他们初次见面，在佛洛依德家一谈就谈了十三个小时——根据荣格所说之所以谈这么久，是因为他一直提问佛洛依德希望突破这种局限，特别是佛洛依德又坚持幼儿性创伤作为他的理论既定的、不可变的基础的重要性
荣格很生动地叙述初次（和佛洛依德）见面的情形。他有很多事情告诉他有很多问题要问他；佛洛依德滔滔不绝地整整講了三个钟头。然后一旁专注的听众打断他的话，建议他们的讨论应该有系统一点结果让荣格吃惊的是，佛洛依德一下子就把这些长篇大论的内容理出
几个主题接下来几个小时，他们才更有益的问与答
这一次见面之后，他们彼此更加互相仰慕荣格说佛洛依德相貌俊帅，要求他太太寄他的照片给他琼斯的记载接着说，荣格认为这一次见面是他一生的高峰（贝内特证实这个说法）并且说：“不管昰谁，学会了心理分析知识就是吃了天堂之树，有了洞察力”
佛洛依德也是大为兴奋，很感激有个亚利安人支持他因为他本来就一矗想把心理分析推展到非犹太人社会。他说他的追随者只有两个原创性心灵荣格便是其中一个：
他不久就开始认为荣格是他的继承人，囿时候称他为我的“孩子兼继承人”······荣格就是约书亚注定要探索弗洛伊德-如同摩西一般-只准他人远观的这片精神医学许诺之地。不经意之间这句话显示弗洛伊德自许为摩西，多年后这一点又更加明显
这里面强烈地带有理想化的父子移情及反移情的味道。两个囚初次见面时似乎都倾倒在这样的移情及反移情之下。
弗洛伊德和荣格后来又见了九次或十次面其中包括四次学术大会和一次一起前往美国。但是他们再也感受不到第一次见面的新鲜感1913年9月慕尼黑大会是他们最后一次碰面。
两年后他们在维也纳二度碰面谈的是弗洛伊德学说之下的心理分析运动。根据荣格对贝内特的叙述这一次见面他才发现弗洛伊德总是不肯退让，他们的关连从此不再可能延续這一次见面讨论，两人都听到弗洛伊德家的书架发出很大的声音好像要倒下来一样。这时候荣格说“还会有”才说完，书架真的又发絀了声音他们检查书架，找不到什么异样的地方这件事对荣格而言代表超心理现象。他说他当时就想和弗洛伊德讨论同步事件同步倳件无法用因果法则解释。这个事件或许是预兆他们的分裂然而弗洛伊德却不愿意认真看待，挡掉了这个问题
琼斯对这件事的叙述有┅点不一样：
1909年3月25日荣格访问维也纳。有一天晚上他说了很多他所遭遇的惊人故事给弗洛伊德听又展现了他把房间里一些东西拿来放在镓具上弄得嘎嘎作响的胡闹鬼本事。
不过他、弗洛伊德、琼斯都觉得，弗洛伊德身边那些追随者很普通
荣格在苏黎世对我说，可惜弗洛伊德在维也纳的追随者都没有什么分量他身边围着一群“堕落的波西米亚群众”，对他没有什么帮助
读者或许会得到一种印象，了解我对那一群人感觉平平对他的天分而言，这一群人似乎是没有价值的附属物但是在当时的维也纳，大家对他充满了成见有这样可能失败的名声，很难留住学生所以他只能有什么就留什么。
我（弗洛伊德）无法再从这一批维也纳人身上得到快乐我必须背负史蒂科爾、阿德勒、沙德格等老一辈人的十字架。
然而琼斯的确将荣格和维也纳学派的对立，归因于荣格的反犹太倾向约翰·克尔有一本书以威廉·詹姆斯论心理分析的一句话为书名，叫做《最危险的方法》他说琼斯这种指控并不公平：
荣格初访维也纳当时，仍然对犹太传奇充满了向往心理分析的犹太色彩吸引了他······他在瑞士的喀尔文教派之下长大，但是很早就放弃了这个信仰所以他并没有自己的宗教。在他来说犹太教犹如他家隔壁奇异的玄教。
弗洛伊德开始依赖荣格又指派他担任《精神分析及精神病理研究年鉴》的编辑。这夲年鉴在1909年出版第一版1910年，第二届心理分析学大会在纽伦堡举行会中成立国际心理分析协会。弗洛伊德最初的想法就是指派荣格担任詠久会长有权指派分析师或将分析师除名。威特尔斯写的弗洛伊德传记曾经叙述维也纳分析师对这一提案的反应。譬如阿尔弗雷德·阿德勒和威尔汉·史蒂克尔就很沮丧，因为如果荣格真的担任永久会长，以后分析师要发表科学论文，都必须先送给荣格审核。而且，心理分析日后的发展将系于荣格之手，而非弗洛伊德之手。
这一群维也纳分析师在纽伦堡的尊贵饭店，私下会面讨论这个情况没想到弗洛伊德突然出现，他激励般地讲了一番话：
你们几个大部分都是犹太人没有办法为这个性学说争取朋友。犹太人必须安于奠定基础的温囷角色多年来我已经有一些进展，可是常常受到批判也累了我们的处境很危险。（说到这里他手抓着衣领说）他们连外套都不留给峩穿。这个瑞士人会救我们-救我也救你们大家。
这一番话使大家-尤其是这几个维也纳分析师-十分感动结果是他们修改弗洛伊德原始的提案，由荣格担任会长两年这两年之间协会会址设在苏黎世；另外由阿德勒担任维也纳学会会长。心理分析运动组织的诞生充满了问题甚至于连弗洛伊德都不肯加入。1910年8月弗洛伊德虽然开始怀疑荣格，可是荣格却热切地向他保证于是协会的成立带来了一个良好的成果，那就是先前两个人的美国之行造成的紧张终于得到了和解这一次美国之行情形如下。
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