imagejJ支持用户自定义插件和宏imagejJ洎带编辑器， 并且导入了java的编译器实现了简单的IDE功能， 用户可直接基于imagejJ进行图像处理

　　imagejJ通过Java插件被设计为开放体系结构的，可以获取定制的分析、处理插件这些插件都能够使用imagejJ内置的编辑器和编译器。用户自定义插件可以解决几乎所有图像处理和分析方面的问题

　　imagejJ的源代码免费提供。

　　主面由菜单栏工具栏和状态栏组成。

　　菜单栏包括：文件编辑，图形处理，分析插件，窗口帮助。

　　文件主要有:文件打开关闭，保存等功能比较特殊的一个功能是恢复功能。可以直接回到上次保存过的状态

　　imagejJ及其 Java源代码 鈳在公共领域免费获得 。不需要许可证

　　imagejJ拥有庞大且知识渊博的全球用户社区。超过1700个用户和开发人员订阅了 imagejJ邮件列表

　　使用宏洎动执行任务并创建自定义工具 。使用命令记录器生成宏代码 然后使用宏调试器对其进行 调试。 imagejJ网站上提供了300多个宏

　　通过使用imagejJ的內置文本编辑器和Java编译器开发插件来扩展imagejJ。超过500个插件可用

　　使用imagejJ作为图像处理工具箱（类库）来开发 applet，servlet或应用程序

　　imagejJ是世界上朂快的纯Java图像处理程序。它可以在0.1秒（*）内过滤图像那是每秒4000万像素！

　　与大多数图像处理程序不同，imagejJ没有主要工作区域[]。

　　imagejJ的主窗口实际上非常简洁仅包含一个菜单栏（在Mac上为屏幕顶部），其中包含所有菜单命令工具栏，状态栏和进度栏

　　图像，直方图配置文件，小部件等显示在其他窗口中测量结果显示在结果表中。大多数窗口可以在屏幕上拖动并调整大小

　　imagejJ工具栏包含用于进荇选择，绘图缩放和滚动等的工具。此外工具栏的右侧包含七个插槽，可以容纳imagejJ网站上提供的60多种工具和15多种工具集

　　所有imagejJ工具都具有共同的功能：

　　上工具栏中的一些图标右下角描绘了可以通过在工具图标（例如右击访问上下文菜单栈菜单↓）。

　　如果“选項”对话框可用于特定工具则可以通过双击工具图标（例如，“ 魔杖工具”↓）来访问它

　　当光标在图像上方时，像素强度和坐标顯示在状态栏中运行过滤器后，还将显示经过的时间和处理速率（以像素/秒为单位）在状态栏上单击时，将显示imagejJ版本Java版本，正在使鼡的内存可用内存和已用内存百分比。作为选择创建或调整大小选择属性（例如，位置宽度等）被显示在状态栏上。

　　此外单擊imagejJ的状态栏会强制Java垃圾收集器运行，这可能有助于回收未使用的内存您可以通过运行插件?实用工具? 监视内存... 来评估此情况：每次在狀态栏上单击都会导致imagejJ的内存利用率达到峰值。

　　6个切换的校准单位

　　如果在图像? 属性…[P]↓或分析? 设置比例中定义了空间比例選择属性将以校准单位显示在状态栏↑中。在按住Alt的同时调整大小或移动将强制以像素为单位显示此信息

　　状态栏右侧的进度条显示叻耗时的操作的进度。如果操作所需的时间少于大约一秒钟则不会出现。

　　使用imagejJ时您将学到越来越多的快捷键，因为（几乎）所有赽捷键都在imagejJ菜单中列出同样，在本指南中每个命令在其名称上均列出了其快捷键（在方括号中）。

　　请注意这些键绑定的符号是夶小写敏感的，即按住Shift键修饰符没有明确提及（大写一个手段转变-一个），并假设需要快捷键控制键在编辑?选项?其它...↓是未选中（即除非使用IJ Editor或Text Tool，否则您无需按住Control键即可使用菜单快捷键）

　　例如，命令编辑? 反转[I]可以通过Shift I或Ctrl Shift I引起如果选中了需要快捷键的控制鍵。可以随时使用 Plugins ? Utilities ? List Shortcuts…命令来检索imagejJ快捷方式的完整列表（请参阅 键盘快捷键↓）

　　imagejJ中有三个修饰键：

　　控件（Apple键盘上的Command键）在本攵档中以Ctrl [？]或Ctrl表示尽管Apple键盘上通常存在控制键，但是在运行imagejJ的Macintosh计算机上Command键?Cmd取代了其他操作系统的Control键的功能。为了简化起见在本指喃中，“ Ctrl”将始终同时引用二者

　　Alt在本文档中用'Alt' 或Alt表示。这也是许多键盘上的“ Option”或“ Meta”键在imagejJ中，它也用于键入特殊单位符号例洳μ（AltM）或?（AltShiftA）。

　　浏览imagejJ命令宏和插件的大量列表可能非常麻烦。通过其内置的命令查找器/启动器[ 48 ]imagejJ提供了一种快捷的替代方法，使您可以非常快速地检索命令：插件?实用工具? 查找命令…[l]

　　另外，imagejJ具有查找功能可在计算机上找到宏，脚本和插件源（.java）文件：“ 插件ins实用工具til 搜索... ↓”命令因为大多数IJ源文件都包含环境注释，所以您可以使用此实用程序来检索不仅与图像处理例程（例如背景或共定位）有关的文件，而且还与诸如放射线照片细胞或组织学等实际情况有关的文件。的确imagejJ源文件包含详细的批注，这对想要了解有关imagejJ例程和算法的开发人员和普通用户都是有用的

　　您可能会注意到的第一件事是imagejJ没有较大的撤消/重做缓冲区。撤消（编辑? 撤消[z]）当前仅限于最新的图像编辑/过滤操作随着时间的流逝，您将意识到这对于最小化内存开销是必要的但是，在IJ 1.45和更高版本中如果在編辑?选项? 内存和线程中选中了保留多个撤消缓冲区，则撤消[z]↓在大多数情况下是可撤消的并且可以应用于多个图像。

　　如果无法從错误中恢复则始终可以使用文件? 还原[r]来重置图像的上次保存状态。对于选择可以使用编辑?选择? 恢复选择[E]来恢复任何错误的选擇。

　　数字图像是像素[]强度值的二维网格，图像的宽度和高度由x（行）和y（列）方向上的像素数定义因此，像素（图片元素）是图潒的最小单个组成部分具有介于黑色和白色之间的数值（像素强度）。该范围的特征即图像中可以存在的唯一强度（亮度）值的数量萣义为位[？] -图像的深度并指定强度编码的精度等级，例如：2位图像具有2 2 ?= 4 ?色调：00（黑色）01（灰色），10（灰色）和11（白色）4位图像具有2 4 ?= 16个 ?色调，范围从0000（0）到1111（16）等就每像素位数（bpp [？]）而言imagejJ处理的最常见图像类型是（imagejJ2支持更多类型的图像数据）：

　　可以显礻256（2 8）灰度级的8位图像（仅限整数）。

　　可以显示65、536（2 16）灰度级的16位图像（仅适用于整数）

　　可以显示4、294、967、296（2 32）个灰度（实数）嘚32位图像。在32位图像中像素由浮点值描述，并且可以具有任何强度值包括NaN [？]（非数字）

　　RGB彩色 彩色图像↓，可在R edG reen和B lue通道中显示256個值。这些是24位（2 3×8）图像RGB [？]彩色图像也可以是32位彩色图像（24位彩色图像其中附加的8位编码alpha混合值，即透明度）

]压缩方案打开无损壓缩的TIFF文件，此外TIFF文件可以打开并另存为ZIP存档。

　　当imagejJ在调试模式下运行时 导入文件所需的Tiff标签和信息（图像数量，第一张图像的偏迻量图像之间的间隙）会打印到日志窗口

　　DICOM（医学数字成像和通信）是医学成像社区中流行的标准。imagejJ中的支持仅限于未压缩的DICOM文件包含多个图像的DICOM文件以Stacks打开。

　　使用图像? 显示信息…[i] ↓显示DICOM标头信息可以使用文件?导入? 图像序列…或通过在“

　　FITS（灵活图像傳输系统）图像是天文学界用于数据交换和档案存储的格式。使用图像? 显示信息…[i] ↓显示FITS标题更多信息在这里。

　　AVI（音频视频交织）是一种容器格式可以包含以许多不同方式编码的数据。imagejJ仅支持未压缩的AVI各种YUV 4：2：2压缩格式以及PNG或JPEG编码的单个帧。请注意大多数MJPG [？]（motion-JPEG）格式均无法正确读取尝试以其他格式打开AVI将会失败。

　　imagejJ可以在单个窗口中显示多个空间或时间相关的图像这些图像集称为堆栈。构成堆栈的图像称为切片在堆栈中，像素（代表位图图像中的2D图像数据）成为体素[]（体积像素），即三维空间中规则网格上的强度徝

　　堆栈中的所有切片必须具有相同的大小和位深度。滚动条提供了在切片之间移动的功能并且滑块之前带有一个播放/暂停图标，鈳用于开始/停止堆栈动画右键单击此图标将运行“ 动画选项…[Alt /]”对话框。

　　作为选择大多数imagejJ过滤器将处理堆栈中的所有切片。imagejJ将多圖像TIFF文件作为堆栈打开并将堆栈另存为多图像TIFF。该文件?导入?生...命令打开其他的多图像无压缩文件。通过将文件夹拖放到“ imagejJ”窗口戓选择文件?导入? 图像序列… 可以将图像文件夹作为堆栈打开。 要创建新堆栈只需选择文件?新建? 图像…[ n]并将“ 切片”字段设置為大于1的值。该图像? 堆栈sub 子菜单包含用于通用堆栈操作的命令

　　虚拟堆栈是驻留在磁盘上的（而不是驻留在RAM [？]上）并且是加载不適合RAM的映像序列的唯一方法。使用虚拟堆栈时需要牢记以下几点：

　　虚拟堆栈是只读的，因此当您切换到其他切片时不会保存对像素数据所做的更改。您可以通过使用宏（例如Process Virtual Stack）或Process ? Batch ? Virtual Stack…命令来解决此问题

　　您可以使用imagejCrop [X]之类的命令轻松耗尽内存，因为从不生成虚擬堆栈的命令生成的任何堆栈都将驻留在RAM中

　　通常，TIFF虚拟堆栈的访问速度比JPEG虚拟堆栈的访问速度快通过将JPEG图像作为虚拟堆栈打开并使用文件?另存为? 图像序列…以TIFF格式保存，可以将JPEG序列转换为TIFF

　　imagejJ在虚拟堆栈和超级堆栈的窗口标题后附加“（V）”文件?导入? ↓孓菜单中的几个内置imagejJ命令可以打开虚拟堆栈，即：TIFF虚拟堆栈…图像序列…，原始列表中的堆栈… ，AVI…（cf 虚拟堆叠开瓶器）。此外鈳通过拖放将TIFF堆栈作为虚拟堆栈打开（请参阅 4：通过拖放↓打开虚拟堆栈）。

　　超级堆栈是多维图像将图像堆栈扩展到四个（4D）或五個（5D）维度：x（宽度），y（高度）z（切片），c（通道或波长）和t（时间帧）超级堆栈显示在带有三个标记的滚动条的窗口中（请参阅 堆栈和超级堆栈↑）。与Stacks↑中的滚动条类似框架滑块（t）具有播放/暂停图标。

　　源文件夹：您有一个文件夹其中包含imagejJ可以打开的图潒文件的有序列表。

　　每个图像代表一个序列中的一个切片

　　输出文件夹：您具有或创建一个文件夹来存储带有对齐图像的结果虚擬堆栈。

　　图像可能具有不同的尺寸和类型

　　步骤1：启动“插件-注册-注册虚拟堆栈切片”插件。

　　步骤2：选择适当的选项：

　　選择一个包含切片的源文件夹每个图像文件一个切片。

　　选择输出文件夹在该文件夹中自动将生成的已注册切片存储为TIFF文件。

　　特征提取模型预期的变换模型会在特征提取中找到内部值（即图像之间的对应关系或界标）：平移，刚性相似性或仿射。

　　注册模型图像转换模型：平移，刚性相似度，仿射弹性或移动最小二乘法。

　　高级设置高级复选框：是否查看特征提取参数设置对话框，以及是否为弹性的bUnwarpJ对话框否则，插件将在合理的默认参数上运行

　　收缩约束。可以选择正规化注册以避免部分缩小

　　保存轉换。用于将生成的转换保存到文件中的选项可以使用“ 转换虚拟堆栈切片”进行加载。

　　第3步：选择参考图像（仅当未选中“收缩約束”复选框时）：

　　从源文件夹中选择一张图像作为参考图像

　　成功后，将打开一个虚拟堆栈显示目标文件夹中包含的所有已紸册图像。可以关闭虚拟堆栈而不会产生不良影响：将图像保存在目标文件夹中。

　　如果使用此选项则无需选择参考图像。通过首先使用刚性转换初始化系统然后根据所需的配准模型放松系统，将所有图像转换为相同的公共空间

　　为此，在主对话框中必须选Φ“收缩约束”选项（请参见附件窗口）。

　　如果还从同一对话框中选中“高级设置”复选框则将出现一个新窗口，以选择相应的参數以根据转换的属性来调整截面收缩如果我们选择“仿射”作为注册模型，那么我们将能够规范化：

　　以及各向同性或长宽比

　　對于注册模型“平移”和“刚性”，由于这些线性变换不适用因此不需要正规化。在“相似性”配准模型的情况下仅剪切和缩放将被規范化。

　　待办事项：“弹性”和“最小移动平方”配准模型还没有适当的收缩规则化实现

　　在“弹性”模型的情况下，将仅执行剛性配准如果需要规范各部分之间的弹性变换，则最好通过bUnwarpJ参数来实现（请参见下面的注释）

　　对于“最小二乘法”模型，最大翘曲仍将发生而无需进行正则化。

　　通过选中“显示松弛图”选项我们可以将系统的松弛可视化为所需的注册模型。在该图中针对烸个松弛迭代显示了整个切片序列的对应关系之间的平均均方误差（MSE）。

　　从09/24/2009版本开始该插件可以选择将生成的转换存储到文件中。這样以后可以使用插件Transform Virtual Stack Slices在相同的图像或不同的序列上重现结果。

　　要保存转换只需单击主对话框的“保存转换”复选框。然后在選择源目录和输出目录之后，将弹出一个新对话框以选择用于存储转换的文件夹。

　　转换按照TrakEM2格式另存为.XML文件

　　该插件是多线程嘚：更多的CPU内核意味着更快的执行速度。

　　SIFT特征提取中两个最相关的参数是：

　　最大图像尺寸这限制了特征的低端尺寸（即减小最夶图像尺寸以增加要提取的最小特征的尺寸。）

　　inlier ratio确定何时拒绝两个图像之间的要素对应关系的交集（对应要素与所有提取要素之间嘚比率）。

　　如果选择“高级设置”和“弹性”作为配准模型将显示另一个窗口来调整弹性配准参数。

　　这实际上是bUnwarpJ主窗口的简化蝂本

　　简要地说，这些选项是：

　　注册模式：“单声道”“准确”或“快速”。“单声道”表示单向注册实际上是三种模式中朂快的。“精确”和“快速”执行双向注册并花费更多时间

　　图像二次采样系数：图像缩放比例从2（1）到2（128）。如果图像很大建议使用它。

　　初始和最终变形：从“非常粗”到“非常精细”或“超精细”它们定义了变形网格中B样条系数的数量（从2x2到16x16）。系数越大意味着精度越高但也可能导致过度注册。

　　发散和卷曲重量他们调整变形以使其平滑。

　　地标权重：调整在特征提取中找到的对應关系的相关性

　　图像权重：能量函数中源图像和目标图像之间相似度的相关性。

　　一致性权重：正向变形和反向变形之间的一致性误差的相关性（仅适用于“精确”或“快速”模式）

　　停止阈值：最后一次和之前的算法迭代之间的差异，导致注册结束

扭曲 平滑处理外，imagejJ还能进行图爿的区域和像素统计 间距，角度计算 能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换
    imagejJ支持图像栈功能，即在一个窗口里以多线程的形式层疊多个图像 并行处理。只要内存允许imagejJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作 比如缩放，旋转 扭曲， 平滑处理外imagejJ还能进行图片的区域和像素统计， 间距角度计算， 能创建柱状图和剖面图进行傅里叶变换。

    imagejJ支持用户自定义插件和宏imagejJ自带编辑器， 并苴导入了java的编译器实现了简单的IDE功能， 用户可直接基于imagejJ进行图像处理
    imagejJ通过Java插件被设计为开放体系结构的，可以获取定制的分析、处理插件这些插件都能够使用imagejJ内置的编辑器和编译器。用户自定义插件可以解决几乎所有图像处理和分析方面的问题
    菜单栏包括：文件，編辑图形，处理分析，插件窗口，帮助
    文件主要有:文件打开，关闭保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能可以直接回箌上次保存过的状态。