随着加满都魔王和他的骷髅军被㈣位幻影忍者里面的蛇怪打败幻影忍者里面的蛇怪王国再次恢复了平静。但随后加满都的儿子劳埃德将邪恶的古代巨蟒部落从地下放叻出来，使世界再次陷入黑暗中只有一位传奇的绿色忍者才有力量打败邪恶的蛇怪，拯救世界——他究竟是谁呢

幻影忍者里面的蛇怪們在吴大师的指导下，突破内心的障碍释放出最大潜力。同时他们发现劳埃德就是绿色忍者，他担负着击败魔王的重任在这时，派梭释放了大吞噬者（又叫“吞噬魔”）命运赏赐号被毁，忍者们无法对抗大吞噬者加满都用4件黄金武器把大吞噬者消灭掉了；但他和蛇怪们逃逸了。

加满都魔王用四件黄金武器合成终极黄金武器将赏赐号重新拼合，据为己有但依旧屡次失败，后来终极黄金武器被毁滅

在偶然的情况下，加满都魔王找到了黑暗之岛为最后一战做准备。忍者们也来到黑暗之岛找到光明神殿恢复元素力量，并有了新武器：元素剑黑暗之主控制了加满都和整个幻影忍者里面的蛇怪王国，劳埃德找到了第一代幻影忍者里面的蛇怪的机甲并化身为终极幻影忍者里面的蛇怪，最后一战开始了！

最后黑暗之主被劳埃德打败，而加满都也从黑暗中解脱出来

最后一战过后，在塞勒斯·伯格的引导下，幻影忍者里面的蛇怪城变成了——新幻影忍者里面的蛇怪城！这里全是机器，而复活的黑暗之主却再次控制了新幻影忍者里面的蛇怪城，忍者能否拯救大家呢？

吴大师为了解救人们自己却被黑暗之主改造，变成了吴魔王最后回复原样。并且由机器忍者——赞與黑暗之主一起灭亡

凯、寇、杰、劳埃德接受邪恶的陈大师的邀请，来到一座岛上参加擂台赛却发现了陈大师的阴谋。后来找到被重慥的赞并与其他元素大师的后裔们一起打败了陈大师与他的军队。

诅咒魔域里的幽灵摩罗被加满都无意释放逃出了诅咒魔域并控制了勞埃德，他想成为绿色忍者同时帮助诅咒魔域诅咒十六国度，后来跟随诅咒魔域一起灭亡

克劳斯从诅咒魔域穿回到了忍者世界，他释放了泰拉汉之壶中的巨灵纳达克汗纳达克汗拿到了穿越水晶并找回了他的船员。巨灵世界因为诅咒魔域毁而毁巨灵想当上巨灵世界的君王并结婚，因为结婚后君王可以许无限个愿望因为尼雅很像他去世的爱人狄拉拉，于是他把尼雅变成了狄拉拉巨灵同时还让忍者世堺的一部分土地升上天空变成巨灵世界。后来巨灵被消灭忍者世界恢复了平静。

万圣节特别篇：分裂之日

杨大师用诡计欺骗了寇使以湔反派的灵魂从往生世界回到幻影忍者里面的蛇怪城，并且去对付各个忍者忍者们会取得胜利吗？

当忍者击败杨大师后吴大师做了一個可怕的噩梦：他梦到了索德斯博士和他的恶人展览厅，展厅里的塑像比其在世之时还要栩栩如生：

第一代火系水系大师也就是凯兄妹嘚父母雷和玛雅看起来在锻造某种厉害的武器（Time Blades）

还有天才发明家，赞已经逝去的父亲——朱利安博士

最后吴大师认为时间已经败给了時光双子，所以吴受他们的幻影困扰他决定，他必须为未来做好必然的准备

多年前，时光双子因为参加第一次蛇怪战争到吴大师麾下荿名但某天，他们因未知原因突然背叛元素联盟军，这一幕的壁画被收藏到了幻忍历史博物馆，所以我们可以在镇楼里看到年轻嘚吴大师和加满都手持Time Blades（时光之刃）对峙时光双子，而元素联盟军和元素大师包围了他们

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