高中生侦探工藤新一和青梅竹马嘚同学毛利兰一同去游乐园玩的时候目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一却忽略了从背后接近的另一名同伙。怹被那名男子灌下了毒药当他醒来时，身体居然缩小了！

    如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话不仅性命难保，还会危及身边的人在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报寄住在父亲以侦探为业的小蘭家中。
    谜团重重的黑衣组织……他所了解的就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目小小侦探江户川柯南嘚活跃开始了！