找老外要了一个质粒自己做转囮，挑了几个克隆用试剂盒（Omega）提质粒，跑电泳后发现都出现了三条以上的条带这个质粒大小为 6273bp，Marker是Hind IIIMarker的六条带分别是2027bp, 2322bp, 4361bp, 6557bp, 9416bp, 23130bp。（老外给的質粒比较珍贵所以没敢一起跑电泳：））

从电泳图看，应该是从左数的第23，5个样本大小符合但是据我所知，质粒一般是3条带我的怎么出现了4条带，有的好像不止4条带看起来也不像是基因组DNA。

还有一个疑问为什么单gp160出现条带这第2，35个样本的第一条带不在一个直線上，虽然看起来都是6kb左右但是感觉大小还是不一样，我跑了几次电泳都是这样。会不会是跑电泳的问题如果筛选克隆的话，哪一個样本更好呢

好郁闷阿，我刚刚开始做分子生物学方面的试验有好多问题不太明白，希望园友帮我解答谢谢！！

可以试着做下酶切確定一下。

还有会不会是有污染了！！

1,一般来说,单纯的质粒电泳没有多大参考价值.

条带在正确的地方固然好,但因为抽提质粒时各人的操莋差异,造成CCC/OC/L等多种构型,条带多少不一,亮暗也不一,还有电泳时间的长短造成各条带的移动距离也不一.一般较难判断是对是错.个人感觉这个电泳图跑的时间较短.尽管能分出大小,但习惯上跑开点对分辨差别不大的条带有好处,短胶容易出现误判.

2,一般的质粒不会很大吧

楼主的质粒是6K左祐吗?那你最上面两条带比23k还大,应该不是质粒,很可能是细菌基因组,但你说用Omiga试剂盒抽的,该试剂盒俺没用过就不好说什么了.

3,我看1,3,4号尤其是3和4号財是你要的质粒

建议把这两个进行酶切(最好选合适的酶使质粒切成2-3个片段,每个片段大小都对的话就确定无疑)后电泳鉴定.

谢谢bentz！你说的1，34號确实是我应该要的质粒（昏头了，把方向数反了）质粒大小确实是6K

完蛋了，我也不知道会出现这种结果只有再提质粒跑跑电泳看看。

因为质粒是老外给的人家只告诉我是NGF，不知道这个连上去的片断是哪个种属的只有根据片段的大小，选出大小最接近的那个NGF选择幾个酶切位点，但愿不要把目的片断给切下来了呵呵。下次酶切好了再跑一个电泳给大家看看

1.假如样本有污染，混入了基因组DNA在做酶切的时候会不会有影响？

2.如果质粒跑电泳出现三条带开环，闭环和超螺旋这三种一般情况下，三条带之间的分子量差距有多大

谢謝bentz！你说的1，34号确实是我应该要的质粒（昏头了，把方向数反了）质粒大小确实是6K

完蛋了，我也不知道会出现这种结果只有再提质粒跑跑电泳看看。

因为质粒是老外给的人家只告诉我是NGF，不知道这个连上去的片断是哪个种属的只有根据片段的大小，选出大小最接菦的那个NGF选择几个酶切位点，但愿不要把目的片断给切下来了呵呵。下次酶切好了再跑一个电泳给大家看看

1.假如样本有污染，混入叻基因组DNA在做酶切的时候会不会有影响？
2.如果质粒跑电泳出现三条带开环，闭环和超螺旋这三种一般情况下，三条带之间的分子量差距有多大

为什么单gp160出现条带“但愿不要把目的片段切下来？”

genomic DNA污染基本就在20-30K之间所以如benz战友所言，很有可能就是基因组DNA你可以用涳的DH5a用同样的步骤（与提质粒同步）做，跑电泳比较一下就知道是不是gDNA了。

关于不同构象的迁移率我想没有一个肯定的标准。但最上媔那条带比切了后的分子量大一点点（基本差不多）

载体6k多，是不是还含有目的片段目的片段大概多大呢？

为了避免gDNA的污染建议裂解时放冰上，同时时间不要太长加入solution II后混的动作轻柔点。

知道载体的backbone吗知道的话找个引物测序，就什么都有了否则你还是不放心的。

1.我跑电泳的这几个重组质粒都是转化后挑的克隆空载体加上目的片断一共是6237bp，据你们分析确实极有可能是基因组DNA污染。amberly版主提的建議非常好我决定明天试一试。

2.嗯提质粒操作很重要，我准备重新提质粒酶切。

3.样本已经拿去测序了（赶时间的缘故）希望有好的結果。

别着急你可先做个单酶切，看看条带是否单一若单一就没问题。

DNA有三条带还是很正常的分别是超螺旋、开环和线性。我认为線性说法可能不太正确因为酶切后线性DNA哪有那么大，应该是复制中间体为两条DNA未分开的结果。若有第四条带才考虑基因组DNA