哪家测序公司测序效果与服务广州待遇比较好的生物测序公司

10月10日杭州基因科技公司联川生粅宣布完成A轮6360万元融资,联川生物今年5月15日挂牌新三板迄今Pre-A轮在内,已累计融资近亿元

据悉,联川生物是全球少数几家掌握基因捕获核心技术的高科技公司成功研发出VariantPro?基因捕获技术,全球首次实现一步法精准捕获目标基因为临床提供基因捕获解决方案,并开发多款商业化基因检测试剂盒

众所周知,基因测序产业的上中下游分别为测序仪生产商、测序试剂耗材生产公司、基因捕获试剂生产公司(仩游);测序服务公司、生物信息公司、基因检测公司、第三方检验所(中游)和最具市场潜力、也是技术应用最集中的下游即各大医院、体检机构及大众消费领域。

国内在中下游都表现活跃有不少兴起的创新公司,商业模式也较繁荣然而上游多年来一直被外企垄断,近年才逐渐显露破除迹象源于国内基因科技企业崭露头角,自主研发了能与国外媲美的基因核心技术

上文所述的联川生物就是处于基因测序产业上游、定位基因捕获领域的公司之一。据了解基因捕获关键技术主要掌握在国外大生物科技公司手中,如罗氏、安捷伦、Life Technologies、IDT、Illumina等国内以基因捕获著称的专业公司目前曝光的只有联川生物、艾吉泰康、迈基诺等为数不多的几家。已知国内从事专业基因检测的垺务公司已超2000家然而上游技术公司却屈指可数,由此可见我国在基因产业核心领域依旧力量薄弱

查阅资料,可知基因捕获测序的主要優势在于可针对特定区域进行测序有效降低了测序成本,提高了测序深度更精确地发现特定区域遗传变异信息。目前常用的基因捕获方法包括杂交捕获和多重PCR扩增

其中,杂交捕获能对外显子等更大目标序列进行捕获但流程复杂,需要依赖较多仪器多重PCR相对灵活简單,对仪器依赖程度低适用于小目标片段,且能在短时间内完成序列富集和文库构建

该技术是利用多重PCR扩增、富集样品基因组中目标區域的DNA片段,再进行文库构建和高通量测序其特点是目的明确、应用灵活、价格低廉、分析简单,利用超高的测序深度能检测全基因組、外显子组测序所不能涵盖的,超低频突变所以尤为适用于癌症等疾病的临床检验与科研用途。

而联川生物的技术核心在于自主研发嘚VariantPro? 宣称是全球率先将基因捕获流程从多步简化为一步的公司,简单说就是一步法精准捕获目标基因且适配各大主流测序平台,降低叻NGS临床应用的复杂性也缩短了检测时长,据悉5~10分钟人工操作即可完成靶向测序文库制备

从上述分析可知,多重PCR对仪器设备要求小所鉯联川生物的一步捕获技术VariantPro ?就是一个基于多重PCR的靶向文库制备技术,只需几分钟就能实现从特异性靶向序列捕获到高均一性测序文库制備的全过程

DNA)结合,进行2轮特异性扩增如下图所示,2轮扩增完毕后Omega primer的3p臂,5p臂和环(loop)序列都已融入扩增子中,由此完成了目标序列的捕获第二阶段,即自动进入文库扩增阶段通用引物因为与环(loop)序列相同,所以能与扩增产物上的互补序列结合进行文库扩增。根据实验需要可在通用引物的尾部设计指定的序列,当所有的扩增循环结束后目标序列的文库即制备完成。如为靶向测序文库经純化后,即可上机测序无需进行额外的接头连接和扩增反应。

总的来说RelayPCR?比传统多重PCR的优势在于,简洁地一步到位将一对通用引物,成千上万对特异性引物和基因组DNA混合在一个样品管中。运行一次PCR即可无缝连接并完成靶标捕获和文库扩增两个功能独立的反应阶段

其革命性创新在于,最初两个循环中才发挥特异性引物的作用之后切换到通用引物引导的高效率文库扩增阶段,能获得均一性超过97%的高質量文库能从根本上消除传统多重PCR中由于成千上万对特异性引物的差异扩增带来的负面文库制备影响。

据了解该技术是联川中美科学镓历经2年的研发成果,取得多项重大突破除了PCR方法,在杂交芯片技术方面联川生物同样有备而来。今年7月公司启动V计划,基于自主專利的原位合成芯片技术大规模高保真合成捕获探针,推出了VariantBaits?基因捕获技术可以大规模高效捕获目标基因。

具备上游核心技术联〣生物的盈利模式当然是将技术转化为生产力,输出可供应用的商业化产品未来先聚焦于临床基因捕获产品和平台,涵盖已获CE注册认证嘚医疗器械类基因检测产品比如,已开发了肺癌液态活检检测试剂盒检出率高达万分之三;还有大众健康管理类相关的非医疗器械类基因检测产品及灵活定制化的基因检测捕获平台。

另一方面联川生物也与国内外近百家知名基因检测公司、第三方医学检验机构达成长期合作,为其提供临床和消费级基因捕获测序解决方案

除了联川生物,贝壳社曾报道了处于行业领先地位的另一家基因捕获公司——艾吉泰康艾吉泰康也同样建立起两套自主开发的主流捕获技术,分别是液相芯片杂交捕获技术(TargetSeq ?)和多重PCR捕获技术(MultipSeq ?)。其以定制化嘚高通量探针及引物设计为基础开放性地为用户定制开发靶向捕获基因检测试剂盒,并提供相关的技术开发、检测服务和数据服务

值嘚一提地是,艾吉泰康的核心技术指标与安捷伦不相上下所以说甚至打破了安捷伦外企的上游技术垄断,创造了“中国智造”奇迹

对仳国际竞品安捷伦,能看到艾吉泰康的RNA探针液相捕获技术在特异性和准确度(100%)平均测序深度(373.34X)、捕获效率(67.6%)等关键指标上,都接菦甚至超过安捷伦贝壳社了解到,TargetSeq?与核酸文库结合的捕获效率更高,测序深度200X~10000X20X平均覆盖度接近100%。且Panel定制时间只有40个工作日建库测序分析21个工作日,而安捷伦在国内的时间平均为2~3个月所以艾吉泰康大幅提高操作效率,简化操作时间

所以艾吉泰康的技术优势更倾向液相杂交法,但在多重PCR技术上则为分布式操作完成基因捕获。

另外艾吉泰康的独特之处是基因特征序列的设计实现在线自动化,比如铨自动探针设计方案线上完成输入基因组坐标文件后,能一步输出探针序列同时超高多重引物设计也建立了在线系统,都是基于自主研发算法利用AI技术搭建的云端设计引擎进行在线设计、质量评估和优化。

另一家曝光度颇高的企业是迈基诺拥有GenCap?捕获技术专利平台,也是基于液态杂交捕获探针设计的技术,主要应用方向是肿瘤在内的临床综合性检测、诊断及科学研究数据显示,其提供的个性化捕获測序对于孟德尔疾病/罕见病的有效序列分析深度>200X; 对于肿瘤样本:有效序列分析深度>700-1000X;其他物种:普遍>200X,并可灵活定制

关于基于捕获技术发展沿革,起源于2007年罗氏收购NimbleGen序列捕获技术2007年7月,安捷伦推出Agilent SureSelect激酶组靶向序列捕获试剂盒2008年,全球第一款目标区域捕获产品Roche NimbleGen 2.1M外显孓组捕获芯片2009年Agilent SureSelect推出人类基因组全外显子捕获试剂盒(38M)可用于新一代测序,2010年安捷伦推出基于二代测序的样品制备、靶向富集方案唍善靶向序列捕获系统,2012年该系统开始在国内大力推广

关于上述两套系统的细节参数,大致如下Agilent SureSelect 是液相杂交捕获技术120-mer RNA 寡核苷酸捕获大尛变异,包括 SNP、CNV 和 Indel等并提供从200kb到5.8Mb大小片段的定制化片段捕获服务。

罗氏NimbleGen也是杂交捕获技术液相和固相两种都包含。据了解液相定制型捕获产品长度分别为7Mb和50Mb以内,固相产品可提供多达50Mb的连续或非连续序列区域的捕获定制

对比国内三家基因捕获技术公司技术,可列表洳下:

}

16S rDNA序列(在所有物种中高度保守)昰最常用的细菌分类标准通过提取环境样品的DNA,并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA 序列的变异和丰度反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S rDNA 有9個高变区V6,V3,V4 区可以用来鉴定绝大多数细菌,基于Illumina HiSeq 2000平台的16S rDNA测序可以将V6,V3,V4区正反向读通提供环境样本物种分类,物种丰度种群结构,系统进囮群落比较等诸多信息,在微生物分类鉴定微生态研究方等面起到重要作用。

环境微生物分类、丰度分析
环境微生物群体基因集构建

樣品类型:PCR扩增产物;
总样品量需根据实验策略如建库类型及建库数量而定;

根据不同样品数和送样时间不同周期不同,V6,V3,V4 区样品45个工莋日。
注:分批送样时间延长样本量大时间有延长几个工作日。
完成标准:对每个样品产生不低于合同规定的Clean tags数量和Clean data数据量。

}

我要回帖

更多关于 广州待遇比较好的生物测序公司 的文章

更多推荐

版权声明:文章内容来源于网络,版权归原作者所有,如有侵权请点击这里与我们联系,我们将及时删除。

点击添加站长微信