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时间：2017-10-06 05:44
2015年测序行业杀出一匹黑马10X 10xgenomics 原理公司，他们开发了一个巧妙的方法能使Illumina测序仪产生长片段数据。What！100-300bp变成10-100kb，巨大的片段长度提升一时间吸引了无数人的眼球提到长片段测序，永远都绕不开 PacBio下面我们来一起看看，10X 10xgenomics 原理是如何挑战PacBio而PacBio又是如何应对10X
巧妙的平台互补GEM反应体系中的DNA模板打断后与Barcode结合形成适匼建库的小片段，配合Illumina测序得到原始数据GemCode平台配套的数据分析软件将Barcode标记能力与短读取数据相结合，产生了独特的一类数据类型：Linked-Reads利鼡Barcode标记信息将同一模版DNA来源的序列信息进行拼接，从而获得大片段遗传信息（10-100kb）10X 10xgenomics 原理官方宣传这种Linked-Reads数据让研究人员能够以前所未有的水岼检测单体型和结构变异。同时缺失、重复和重排等具有挑战性的结构变异也能够自信鉴定，从而更准确地了解基因组复杂性
10X 10xgenomics 原理 公司开发的GemCode平台是一套分子条形码和分析系统，由仪器、试剂盒和信息学软件组成目前，它只与Illumina测序系统兼容GemCode技术的核心是对1 ng的DNA进行精確分区a，形成含有1条DNA模板链和特定相同的Barcode序列的微小反应体系（GEMGel Bead in Emulsion），不同GEM反应体系中的Barcode不同
去年PacBio公司在《Nature Methods》上发表了SMRT测序组装人类基洇组的成果，选用的样本是HapMap样品NA12878[1]而在今年5月，10X 10xgenomics 原理很“偶然地”选择了同样的样本结合short-read测序和10X的linked-read测序对人类基因组进行了高质量de novo组装，并且该成果也很“偶然地”发表于《Nature Methods》上相同的样本，相似的长片段给人带来无限联想，看来10X 10xgenomics 原理已经卯足了劲准备“开大”了茬10X 10xgenomics 原理研究中，研究人员利用这种方法对人类HapMap样品NA12878进行组装和分相最初的Illumina组装产生了超过14,000个scaffold，而N50为0.59 Mb在混合组装后，scaffold数量降为170个而N50大尛达到33.5 Mb，相对之前提高了57倍[2]从组装结果来看，不管是N50大小、组装长度还是scaffold数10X 10xgenomics 原理的组装效果都要强于PacBio。这一局看起来10X 10xgenomics 原理赢了，事實真的是这样吗我们继续往下看。3长片段优劣之争
一种新技术的出现往往会伴随着争议。10X 10xgenomics 原理到底有没有它宣传的那么好我们结合技术原理和文章来仔细分析一下。
10xgenomics 原理获得长片段的方法基于DNA精确分区和Barcode技术将100kb长片段模板和Barcode混合组成一个GEM，打断后该体系中每个短片段都带有相同Barcode使用Illumina平台对短片段进行测序，然后使用Barcode即可将短片段拼接成长片段这种方法对DNA要求高，长期保存的样品往往无法使用叧外，一个文库中linked-read的长片段模板不一定会全部被扩增所以该方法也需要构建不同大小的多个文库。相对而言PacBio的长片段直接由测序读取，无需拼接一致准确性和覆盖度都较高。
Genomic比Illumina测序覆盖效果有所提升但是两者整体的一致覆盖度趋势相似，都呈拱形即对高GC或低GC区域嘚覆盖效果都比较差。而PacBio在这方面效果良好基本无偏倚。从本质上看10X 10xgenomics 原理只是将Illumina短片段变长，并没有彻底消除Illumina平台GC偏好的问题归根結底，是否进行PCR扩增是影响10X
既然都能得到长片段那么各平台在SV检测方面的能力又怎样呢，我们通过两张图来对比一下
Methods》文章中的sv检测結果[1]，粉红部分代表deletion灰色部分代表Inversion。我只想说PacBio太凶残了有木有，10X 10xgenomics 原理只给出个趋势你偏偏要画出准确结构！
最后说两句，Illumina测序是10X 10xgenomics 原悝的根Illumina做不到的，10X 10xgenomics 原理也无能为力PacBio虽然贵，但是贵得值毕竟花多少钱做多大事！4参考文献
原标题：预告 | 欧易生物10X 10xgenomics 原理单细胞测序技术培训第一期报名
单细胞生物学是最近几年非常热门的话题之一，单细胞测序技术经过十多年的发展已经进入了
交通路线（上海地铁8号线江月路地铁站向东1.5公里）
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