【图文】核酸序列分析_百度文库
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核酸序列分析
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你可能喜欢如何分析内含子和外显子啊(外显子,内含子,序列,基因) - DNA技术 - 生物秀
标题: 如何分析内含子和外显子啊(外显子,内含子,序列,基因)
摘要: [如何分析内含子和外显子啊(外显子,内含子,序列,基因)] 偶有一段CHI基因的genomic DNA序列，如何分析它的内含子和外显子？？？ 关键词:[外显子 内含子 基因 序列]……
偶有一段CHI基因的genomic DNA序列，如何分析它的内含子和外显子？？？
回复在GENE BANK中看CDS(外显子部分),之间未内含子回复谢谢啦~~！！
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电话：021-已知一基因mRNA序列，不知DNA序列时，欲扩增该基因的DNA序列，引物怎么设计？ - 实验交流 - 生物秀
标题: 已知一基因mRNA序列，不知DNA序列时，欲扩增该基因的DNA序列，引物怎么设计？
摘要: 已知一基因mRNA序列，不知DNA序列时，欲扩增该基因的DNA序列，引物怎么设计？ 已知一基因mRNA序列，不知DNA序列时，欲扩增该基因的DNA序列，引物怎么设计？
我做的是绵羊的FAS基因，mRNA序列已知，但DNA序列未发布，现想扩增该基因片段，参考牛的相关序列，但发现mRNA序列差距较大，不知该怎么设计引物，保证能扩增，能跨内含子最好。敬请高手知道……
已知一基因mRNA序列，不知DNA序列时，欲扩增该基因的DNA序列，引物怎么设计？
我做的是绵羊的FAS基因，mRNA序列已知，但DNA序列未发布，现想扩增该基因片段，参考牛的相关序列，但发现mRNA序列差距较大，不知该怎么设计引物，保证能扩增，能跨内含子最好。敬请高手知道回复:
怎么没人理呀回复:
考虑下race扩增吧回复:
根据mRNA扩增DNA序列引物是不好哦设计啊！因为设计的引物只能在外显子上，与内含子有多大的错误引发率不知道啊，万一太大的话都根本不知道那个是目的片段。
因此建议：1.多查一下参考文献，应该会有更多信息的。
2.可把参考DNA序列上升到整个牛科甚至偶蹄目再不行就哺乳纲，好多研究都是这样进行的。
3.上述办法不行就多合成几对引物碰运气吧。
这是就我知识面的建议，期待有高手帮你解决回复:
sadie版主所说的race扩增是cDNA末端快速扩增，Rapid Ampliphication of cDNA Ends吗？我今天上不了Google，查不到具体消息。不懂，想了解一下。回复:
版主为什么说要用RACE呢？我感觉楼主不是那个意思。&&楼主是不是想以基因组DNA为模板，然后根据已知的mNRA序列设计引物，然后扩增得到全部的内含子 外显子序列？&&那其实就很简单了。回复:
我的意思是以基因组DNA为模板，然后根据已知的mNRA序列设计引物，然后扩增得到全部或者部分的内含子 外显子序列，进行SSCP和PCR-RFLP，研究其多态性及与生产性状的关联度分析。
版主说的RACE应该不会起作用吧回复:
版主能不能把你用RACE的思路说的更明白一些呢？回复:
RACE肯定没作用啊。版主估计是对你的意思产生了错误的理解。我觉得楼主的引物应该很好设计，你是怕设计的引物同时跨越内含子外显子。我觉得你应该大胆设计，大不了多设计几对。 同时跨内含子，外显子的机会并不是那么高。总有一对可用的。回复:
我的意思就是除了创大运以外，有没有更高的，更科学的办法
除楼上说的外，还有一种可能就是引物刚好骑在内含子和外显子之间，也是没法扩呀回复:
你把mRNA序列投进NCBI里进行比对，找出同源序列来试试回复:
可以考虑直接用RNA 做PCR.回复:
首先你先blast一下这段序列的同源序列，将得到的序列进行比对，用primer 5来设计，oligo评价 。但引物到底取在哪段可以避开内含子，确实有这个问题：一是你可以查查同源序列的内含子的位置，来做为参考；二是你可以多设计几对引物，总有可以用的。
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电话：021-献给初学者：如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter
来源：生物学霸
作者：urbest
有不少人询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对...... 其实这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。我将结合我自己使用 NCBI 的一些经历跟大家交流一下 NCBI 的使用。主要有以下四部分内容：如何查找基因序列、mRNA、Promoter。如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列。运用 STS 查找已经公布的引物序列。如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性。今天我们就先讲第一部分：如何查找基因序列、mRNA、Promoter。这里主要用到的是 Map viewer，我们以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤。1. 打开 Map viewer 页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html，在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如下图所示。2. 点击 GO 出现如下界面。3. 在步骤 2 图示的右下角有一个 Quick Filter，在 Gene 前面的小方框里打勾，然后点击 Filter。出现下图:染色体上的红色区域即为你的目的基因所处位置。下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的。经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的 一个序列。我也推荐大家使用这个序列。4. 点击上述三条序列第一条序列，即 reference 对应的 Genes seq，出现新的页面，页面如下图所示。5. 点击上图出现的 Download/View Sequence/Evidence ，即下载查看序列等功能，结果如下图所示。在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。我推荐大家选择 GenBnak 格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA 格式只有基因序列。6. 在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示，由于网页较大，只截取一小部分以作示范。在上述打开的网页中，你可以看到基因长度、基因序列以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。mRNA join(,,,, ) ，这代表了从基因的 3598 位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在 DNA 序列上分成了几段。CDS join(,,,, )CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从 3660 开始（ATG），由于剪接作用所以 CDS 区也是不连续的。promoter：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置。如果你要研究 promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的 2000 个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到 0 这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。怎么样，学会了吗？你不妨试试去找到自己的目的基因序列和启动子。
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