参加合作医疗的农民无论门诊診或住院，实际发生的医疗费用只要符合合作医疗相关规定，均可获得一定比例的补偿
1、门诊补偿。参合农民在定点医疗机构门诊就醫其医药费用，可按县市制定的门诊补偿办法及补偿程序获得补偿，但在非定点医疗机构就医的不予补偿
 
2、住院补偿。参合农民因疒需住院治疗必须在合作医疗定点医疗机构住院，其补偿方式及补偿比例需按县市制定的实施细则(方案)要求进行补偿。
(1)参合农民在定點医疗机构住院治疗所发生的医疗费用首先扣除起付标准规定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊检查费后按仳例补偿。
 起付标准按不同级别的医疗机构确定。越是基层医疗机构起付标准越低．越是上级医疗机构，起付标准越高确定起付标准，是按一级医院(乡镇卫生院)、二级医院(县市级医院及部分州级医院)、三级医院和省级及以上医院四个等级划分的
(2)参合农民在定点医疗機构住院发生医疗费用，减去起付标准的金额
 再减去应当自付的部分金额，就是计算补偿的范围以此为基数。按补偿比例计算出应当補偿参合人的具体数额具体补偿比例，也是按照一级医院、二级医院、三级医院和省级及以上医院级别确定的具体比例分别为60％、50％、30％、20％。个别县市在制定方案时适当提高了基层定点医疗机构的补偿比例，属正常情况
 希望对你有用。