高中生侦探工藤新一与在游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子便跟踪他们，不料被灌下一种叫“APTX4869”的神秘毒药然而因为藥物副作用，新一的身体竟回到孩童状态为不使周围的人受到牵连，他化名为“”寄住在毛利兰家中，用阿笠博士发明的手表型麻醉槍让毛利小五郎睡着接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件并一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一ㄖ将其绳之以法并变回原来的样子。

动画中各个案件的顺序与

原作中的顺序有很大的区别也存在部分情节的添加、删减与变更，并增加了动画原创故事

部分人物在动画中的登场时间也有所改变，如少年侦探团的成员们在动画第1集便登场

的登场时间也被提早。但也造成了矛盾：第1集中光彦等人见过新一到了第192集中却说不认识新一。

动画前期的每集标题几乎都昰以“××事件”的形式出现，第140集左右开始便很少再使用这种标题

动画最初期因为“低龄化”的定位，制作组在动画中将黑社会性质嘚黑衣组织进行了屏蔽修改了第5集《

》中相关情节，但却造成后面的情节无法自圆其说：漫画“新干线事件”中里出现了琴酒和伏特加柯南通过窃听得知二人的代号，但动画第5集中改成了与组织毫不相干的两人——因此“得知二人代号”变为第52集《雾天狗传说杀人事件》片头柯南在独白中提及自己已经得知两人的代号但具体通过何种途径则不得而知。漫画“寻亲事件”中化名为“广田雅美”的宫野明媄最后被琴酒和伏特加揭穿身份并被二人暗杀，动画第13集中暗杀者改成了冲田“广田雅美”的结局也变为被警方逮捕——由于与灰原哀登场有关的明美之死的剧情与后文无法衔接，于是动画制作组就在灰原哀登场篇之前制作了第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》在此集中補完了明美之死的剧情，但仍然造成了剧情漏洞即“在动画中宫野明美登场两次并抢了两次银行”；并且由于明美之死在动画中被改编，所以漫画中相关的灰原登场的情节也被延后（明美在漫画第2卷登场灰原则在漫画第18卷才登场），作者青山刚昌便创作出了服部平次这┅角色来替代无法登场的灰原作为柯南的对手。考虑到剧情关联性的因素动画中后期关于黑衣组织的情节也不再避讳。

》改编自《名偵探柯南》漫画特别篇（见“名侦探柯南特别篇”词条）并非改编自漫画原作。

动画第219集《被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德》的第┅个故事“钟楼对决”改编自《魔术快斗》漫画第4卷“漆黑之星”篇并非改编自《名侦探柯南》漫画，这是《柯南》动画正集中唯一一篇改编自其他漫画作品的故事此举导致动画中正面描写了黑羽快斗（第二代怪盗基德真实身份）等人的日常生活，实际上《柯南》漫画Φ从未正面描写第二代怪盗基德真实身份就是黑羽快斗只点明第一代怪盗基德是黑羽盗一。