佩贾·斯托贾科维奇出生于克罗地亚，父母是塞尔维亚国籍，南斯拉夫内战时他们一家人逃到了塞尔维亚首都贝尔格莱德。斯托贾科维奇，其实并不叫佩贾，而是叫普雷德拉格·斯托贾科维奇（Predrag Stojakovic）  

1993年，时年17岁的斯托贾科维奇取得希腊国籍（并保留了塞尔维亚国籍）同时从贝尔格莱德红星转投PAOK Thessaloniki俱乐部。正昰在PAOK俱乐部效力的这段时间他得到了“佩贾”的绰号。在希腊联赛里声名鹊起后佩贾决定挑战NBA。在1996年NBA选秀中佩贾被萨克拉门托国王隊在首轮第14位选中，但因为跟PAOK的合同还没有履行完毕1997年到1998年继续在PAOK效力，1998年拿下希腊联赛MVP同年进入NBA。  

佩贾·斯托贾科维奇参加71场希腊聯赛平均得分。