snp中如果allele 只ncbi中未显示maf值的snp一个c 那么表示怎么突变

点击联系发帖人 时间：2016-08-20 05:25

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专业: 生化分析及生物传感

我想要查它单个基因突变的碱基序列，该怎么查是不是可以称作SNP？（如果这种叫法不妥请糾正。此处暂表示为SNP示意，望理解）

请问如何查询TP53对应的SNP序列如果这样的序列有很多，随便哪一个都行还需要知道其突变位置以及從什么变成什么。

我现在用ncbi选择SNP输入TP53 human查询结果又一千多个。以第一个结果为例（见附件中图片）

所ncbi中未显示maf值的snp的序列就是SNP序列吗？
紅色的字表示的是从C突变为G吗？所以C对应的是wild type,G对应的是mutant type 吗

另外，我知道正常基因中也会有SNP如何判断该方法查到的结果（ncbi选择SNP，输入TP53 human）可作为检测癌症的marker？

外行啊，请各位学生物的朋友帮帮忙跪谢了！！

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专业: 生化分析及生物传感

1.楼主SNP筛查得需要去寻找相关的文献，譬如说某一SNP位点在正常人群和癌症患者中的频率相差较大那么这個点可能就可以被看为一个癌症患病风险较高的标志位点，所以这部分的工作是少不了的；

虽然还是有很多信息看不懂不过你提供的查找方法已经很详细啦。非常感谢剩下的我自己看文献挑一个SNP用就行啦

专业: 植物进化生物学

看这个结果对应的文献啊，你说的那么多就是想找一个好使的snp所以你还得看文献，数据都是别人传上去看看原始文献不都知道了

专业: 生化分析及生物传感

看这个结果对应的文献啊，你说的那么多就是想找一个好使的snp所以你还得看文献，数据都是别人传上去看看原始文献不都知道了

所以我在SNP下搜索TP53是对的？

还请耐心详细解答我的小问题啦~谢谢

专业: 基因表达调控与表观遗传学

所以我在SNP下搜索TP53是对的

所以应该根据这个r ...

1.楼主，SNP筛查得需要去寻找相关嘚文献譬如说某一SNP位点在正常人群和癌症患者中的频率相差较大，那么这个点可能就可以被看为一个癌症患病风险较高的标志位点所鉯这部分的工作是少不了的；
2.在SNP下面搜索TP53是可以的，但是不够直具体你可以在TP53基因的页面下需找如图所示的文字链接，点开
可以看到SNP geneview report茬范围中选择gene region，这里面包含了整个基因中的SNP信息建议检索MAF（最小等位基因频率）较高的位点，在exon或者UTR等区域的位点优先考虑这样方便伱后续的样本验证；
这些在一些比较老的文献中常见的命名方式也可以查到相关SNP，另外SNP信息页面中也会提示你Ancestral Allele: A，表示野生型的基因型为A然后在页面的最下面也会给出Fasta sequence ，这部分序列方便你后续进行实验验证设计引物之类，希望能够给你帮助

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