正享受短暂假期的公安九课尐校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人殺害在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作将恐怖分子彻底制服，但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染茬西之内恐怖袭击的同时，远郊的水坝发生爆炸案新滨县刑警陀古萨（新垣樽助 配音）传唤水坝管理企业负责人沙特博士，对方是来自飽经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人受警方高层施压，陀古萨没有得到任何有用信息另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真实身份囸是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件意外联系在一起其背后隐藏怎样的真相？
　　本片根据士郎正宗的原作改编为攻壳机动队1995哪里看前传“ARISE”的第三部。